2018年01月_高锦-生信

转载全基因组重测序数据分析

全基因组重测序数据分析转自：http://www.biodiscover.com/news/research/95875.html1. 简介(Introduction)通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变，结构变异-SNV，包括重排突变（deletioin, duplication 以及copy number variation

2018-01-16 13:57:46 32170

转载 GDCRNATools的安装与使用---TCGA数据下载与分析工具

GDCRNATools - An R package for downloading, organizing, and integrative analyzing lncRNA, mRNA, and miRNA data in GDCIntroductionThe Genomic Data Commons (GDC) maintains standardized genomic,

2018-01-05 13:07:48 16607 9

转载 TCGA数据下载和整理工具----GDCRNATools

TCGA数据下载和整理的网站及软件发表很多了，比如Broad GDAC Firehose, Oncomine, TCGAbiolinks，TCGA-Assembler, TCGA2STAT，RTCGAToolbox等等，这些网站或软件要么使用的是TCGA更新前的数据，要么运行起来比较繁琐。当然各个工具都有其优势所在。之前在论坛里分享了自己下载和整理TCGA数据的Python代码。最近忙里偷

2018-01-04 15:29:18 19846 8

原创非root用户安装R

cd src && mkdir Rcd Rwget http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.4.3.tar.gztar -zxvf R-3.4.3.tar.gzcd R-3.4.3./configure --prefix=/home/gaojw/src/Rmakemake install#添加/home/g

2018-01-04 14:31:30 5900 1

转载 clinvar数据库

clinvar数据库遗传变异的数据库注释非常简单，就是从数据库里面下载记录文件，然后根据坐标对应一下即可，甚至很多成熟的工具都可以自动下载数据库以及比对，就跟我们前面讲到的把vcf文件注释到dbSNP数据库的ID一样简单。而clinvar的注释，可以寻找出对应的基因变异信息，发生频率，表型，临床意义，评审状态以及染色体位置等。ClinVar是NCBI主办的与疾病相关的人

2018-01-03 11:23:45 11807

转载 OMIM使用简要说明

OMIM使用简要说明1.OMIM 为“0nline MendelianInheritance in Man”的简称，它通过对新的病症分类并命名、收录表型和相关病因基因的关系来收录人类孟德尔疾病信息。所以我们可以通过表型或者基因型来搜索对应的信息。通过网址登陆到OMIM的主页：https://www.omim.org/用户可通过主页中央的搜索框可完成简单的搜索任务，主页顶

2018-01-03 11:09:48 18840 1

转载 VarScan2使用

download varscan2 the current version, refer to GitHub at https://github.com/dkoboldt/varscan引用率貌似还可以的一个variants检测软件，用来Call Indel自然不在话下。前面我们说到samtools里面的mpileup，他生成的结果可以给bcftools用来Call Inde

2018-01-03 10:16:01 13017 1

转载 awk使用详解

简单使用：awk ：对于文件中一行行的独处来执行操作。awk -F ：'{print $1,$4}' :使用‘：’来分割这一行，把这一行的第一第四个域打印出来。详细介绍：AWK命令介绍 awk语言的最基本功能是在文件或字符串中基于指定规则浏览和抽取信息，awk抽取信息后，才能进行其他文本操作，完整的awk脚本通常用

2018-01-02 11:23:44 932

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