TCGA数据下载和整理的网站及软件发表很多了，比如Broad GDAC Firehose, Oncomine, TCGAbiolinks，TCGA-Assembler, TCGA2STAT，RTCGAToolbox等等，这些网站或软件要么使用的是TCGA更新前的数据，要么运行起来比较繁琐。当然各个工具都有其优势所在。
之前在论坛里分享了自己下载和整理TCGA数据的Python代码。最近忙里偷闲重新写了个R包，GDCRNATools，主要功能是寻找lncRNAs相关的ceRNAs。为方便用户使用，其中也加入了TCGA数据下载、整理和常规分析工具。整个流程都非常容易上手，只要有一点R编程基础就可以。目前R包还在Bioconductor under review。在这里先提前分享一下，方便大家更好的对TCGA数据进行挖掘。个人认为这是目前使用起来最方便的TCGA工具。
先上GDCRNATools流程图：
1. GDCRNATools下载与安装
因为该R包还未在Bioconductor公布，因此暂时只能先将其下载到本地进行安装。
下载地址： GDCRNATools
安装说明： GDCRNATools安装说明
在Linux和Mac系统的安装比较容易，只要把压缩包下载，运行一条命令就可以。
Windows系统下需要先安装 Rtools ，把R和Rtools加入环境变量，然后在command prompt里输入
具体请参照 GDCRNATools安装说明
2. GDCRNATools使用说明
详细的使用说明为一个html文件，可以将该文件下载到本地然后用任意浏览器打开即可。
使用说明： GDCRNATools使用说明
3. GDCRNATools数据下载
GDCRNATools提供了两种数据下载方式：（1） 用户可以到 GDC网站 将所需数据加入购物车，下载manifest文件以及metadata文件（后续分析需要），然后在gdcRNADownload里提供该manifest文件即可； （2）用户也可以直接在gdcRNADownload里指定需要下载的project id及data type，数据便可自动下载。第2种方式只能下载RNA HTseq-Counts数据以及Isoform Expression Quantification数据。临床数据需要使用gdcClinicalDownload下载。
4.GDCRNATools数据整理
前面提到的metadata里有所下载数据的基本信息以及一些临床信息。GDCRNATools中的gdcParseMetadata可以将其中的信息整理成表格，同上，用户可以提供metadata文件，也可以直接指定project id及data type。提取出的metadata在后续分析会经常用到。
gdcRNAMerge可以将RNA counts数据整理成表格，也可以提取成熟miRNAs的数据并整理成表格。gdcClinicalMerge专门用于临床数据的整理。
5. GDCRNATools数据分析
（1）差异基因分析：用户可以在gdcDEAnalysis中自选limma，edgeR，或DESeq2进行差异基因分析
（2）生存分析：gdcSurvivalAnalysis可以进行基因批量生存分析，包括CoxPH及KM分析
（3）功能富集分析：gdcEnrichAnalysis可以同时进行GO, KEGG, DO分析，功能富集分析基于Y叔的两个R包ClusterProfiler和DOSE，这两个包使用的都是最新的数据
（4）内源竞争性RNA分析：gdcCEAnalysis是GDCRNATools的主打功能，通过lncRNA与mRNA共有的miRNA，lncRNA与mRNA表达相关性，以及共有miRNAs对lncRNA以及mRNA的调控相似性来寻找lncRNA相关的ceRNA。gdcCEAnalysis中整合了 spongeScan ， starBase V2.0 ， mirTarBase ，以及 miRcode 四个数据库中miRNA与lncRNA、mRNA的互作关系。所有基因的ID都更新到了Ensembl 90， miRNA的ID更新到了最新的miRBase release 21。
（5）其他功能：除上述分析外，用户可能感兴趣lncRNA，pseudogene等的其他分析，GDCRNATools可以帮用户提取这些基因
6. GDCRNATools的视图功能
常规的火山图，柱状图，散点图，富集分析气泡图，生存曲线等等都可以在GDCRNATools中实现。用户也可以使用GDCRNATools中三个简单的shiny工具在网页上选取感兴趣的基因，通路来观察他们的生存曲线，表达相关性，及富集的KEGG通路map。
详细流程及运行代码请参考： GDCRNATools使用说明
最后欢迎使用GDCRNATools，希望多多交流指正~
之前在论坛里分享了自己下载和整理TCGA数据的Python代码。最近忙里偷闲重新写了个R包，GDCRNATools，主要功能是寻找lncRNAs相关的ceRNAs。为方便用户使用，其中也加入了TCGA数据下载、整理和常规分析工具。整个流程都非常容易上手，只要有一点R编程基础就可以。目前R包还在Bioconductor under review。在这里先提前分享一下，方便大家更好的对TCGA数据进行挖掘。个人认为这是目前使用起来最方便的TCGA工具。
先上GDCRNATools流程图：
1. GDCRNATools下载与安装
因为该R包还未在Bioconductor公布，因此暂时只能先将其下载到本地进行安装。
下载地址： GDCRNATools
安装说明： GDCRNATools安装说明
在Linux和Mac系统的安装比较容易，只要把压缩包下载，运行一条命令就可以。
[AppleScript]
纯文本查看
复制代码
|
1
|
install.packages
(
'GDCRNATools_
0.9
9.0
.tar.gz'
,
repos
=
NULL
,
type
=
'source'
)
|
Windows系统下需要先安装 Rtools ，把R和Rtools加入环境变量，然后在command prompt里输入
[AppleScript]
纯文本查看
复制代码
|
1
|
R CMD INSTALL GDCRNATools_
0.9
9.0
.tar.gz
|
具体请参照 GDCRNATools安装说明
2. GDCRNATools使用说明
详细的使用说明为一个html文件，可以将该文件下载到本地然后用任意浏览器打开即可。
使用说明： GDCRNATools使用说明
3. GDCRNATools数据下载
GDCRNATools提供了两种数据下载方式：（1） 用户可以到 GDC网站 将所需数据加入购物车，下载manifest文件以及metadata文件（后续分析需要），然后在gdcRNADownload里提供该manifest文件即可； （2）用户也可以直接在gdcRNADownload里指定需要下载的project id及data type，数据便可自动下载。第2种方式只能下载RNA HTseq-Counts数据以及Isoform Expression Quantification数据。临床数据需要使用gdcClinicalDownload下载。
4.GDCRNATools数据整理
前面提到的metadata里有所下载数据的基本信息以及一些临床信息。GDCRNATools中的gdcParseMetadata可以将其中的信息整理成表格，同上，用户可以提供metadata文件，也可以直接指定project id及data type。提取出的metadata在后续分析会经常用到。
gdcRNAMerge可以将RNA counts数据整理成表格，也可以提取成熟miRNAs的数据并整理成表格。gdcClinicalMerge专门用于临床数据的整理。
5. GDCRNATools数据分析
（1）差异基因分析：用户可以在gdcDEAnalysis中自选limma，edgeR，或DESeq2进行差异基因分析
（2）生存分析：gdcSurvivalAnalysis可以进行基因批量生存分析，包括CoxPH及KM分析
（3）功能富集分析：gdcEnrichAnalysis可以同时进行GO, KEGG, DO分析，功能富集分析基于Y叔的两个R包ClusterProfiler和DOSE，这两个包使用的都是最新的数据
（4）内源竞争性RNA分析：gdcCEAnalysis是GDCRNATools的主打功能，通过lncRNA与mRNA共有的miRNA，lncRNA与mRNA表达相关性，以及共有miRNAs对lncRNA以及mRNA的调控相似性来寻找lncRNA相关的ceRNA。gdcCEAnalysis中整合了 spongeScan ， starBase V2.0 ， mirTarBase ，以及 miRcode 四个数据库中miRNA与lncRNA、mRNA的互作关系。所有基因的ID都更新到了Ensembl 90， miRNA的ID更新到了最新的miRBase release 21。
（5）其他功能：除上述分析外，用户可能感兴趣lncRNA，pseudogene等的其他分析，GDCRNATools可以帮用户提取这些基因
6. GDCRNATools的视图功能
常规的火山图，柱状图，散点图，富集分析气泡图，生存曲线等等都可以在GDCRNATools中实现。用户也可以使用GDCRNATools中三个简单的shiny工具在网页上选取感兴趣的基因，通路来观察他们的生存曲线，表达相关性，及富集的KEGG通路map。
详细流程及运行代码请参考： GDCRNATools使用说明
最后欢迎使用GDCRNATools，希望多多交流指正~
扫一扫
1万+
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
