图结构选型：Gephi 、 OrientDB；maven日常用法； ssh X11Forward

图结构选型

图可视化工具

• 图结构可视化、分析（开源、完全免费、重型PC软件）：Gephi 、 Cytoscape

还有另外三个 等待确定 ： Graphexp 、 KeyLines 、 Linkurious

支持以上图可视化工具的 图数据库

• 图数据库（开源、完全免费、支持可视化工具Gephi或Cytoscape）： ArangoDB 、OrientDB、JanusGraph、hugegraph

• 丢弃的： 弃Neo4j，因此专业版收费 ；弃Amazon Neptune, 因无其源码

• 企业版收费 但 有免费版 且不开源的 ：ArangoDB

一些参考：

图数据库排名

比较 Dgraph,Neo4j,OrientDB,Titan（JanusGraph）

TODO 再问: ArangoDB、OrientDB、JanusGraph 谁导入更方便、谁更容易使用、谁的教程资料更多、谁更容易上手？

• JanusGraph ： 存储有点复杂？不适合单机？

另类的

• Pajek: 无源码、免费、只有微软windows平台、容易上手

txt2pajek

可视化库（非独立运行的工具）

理论上不喜欢可视化库，不方便

以下待确定：

• graph_tool
• networkx

Gephi

Gephi导入例子：ImportContainerImplTest.java

git clone https://github.com/gephi/gephi.git
cd gephi

javac -version #javac 11.0.21

 

maven日常用法

1. mvn走代理
   alias mvnProxy7890='mvn -Dhttp.proxyHost=localhost -Dhttp.proxyPort=7890 -Dhttps.proxyHost=localhost -Dhttps.proxyPort=7890 '
   比如 maven下载当前项目依赖的全部jar的源码 但排除传递依赖: mvnProxy7890 dependency:sources -DexcludeTransitive=true

2. mvn清理掉没有正常下载到jar的（实际上下载的html）
   alias mvnRMhtml='find ~/.m2/ -name _remote.repositories | xargs -I@ dirname @ | xargs -I% sh -c "file %/*.jar | grep HTML 1>/dev/null 2>/dev/null && rm -v %/* " '

比如 清理掉mvn因为下载不到外网依赖而导致jar被下载为html文件、 mvn镜像需要用户名密码时却没提供

hugegraph

备注 从 ip a可知： docker-proxy(即bridge网络)的ip地址为 172.17.0.1

hugegraph:server+hubble

hugegraph/hubble

文件 docker-compose.yml 内容如下，启动命令docker-compose up -d

version: '3'
services:
    server:
        image: hugegraph/hugegraph
        container_name: graph
        environment:
          - PRELOAD=true
        # set 18080:8080 to expose the port 18080 in your local machine
        ports:
          - 8080:8080

    hubble:
        image: hugegraph/hubble
        container_name: hubble
        ports:
          - 8088:8088

停止并删除docker镜像、实例： docker-compose down --rmi all

orientdb

导入例子数据库，查询边 例子

docker run -d --name orientdb -p 2424:2424 -p 2480:2480 -e ORIENTDB_ROOT_PASSWORD=root orientdb:latest, 导入例子图数据库，查询边 例子如下：

可 参照此可以导入自己的库

不足之处这是json方式，而不是可读性性更高的编程方式

1. Import-the-Database-of-Beers.html

2. etl/Import-from-CSV-to-a-Graph.html

以下这个ETL，有点泛，但至少提示性比json更强吧

3. orient/etl/OETLProcessor.java

orientDB概念

orientDB 同时支持了 文档数据库、图数据库

注意看左侧目录：文档模型、图模型

ArangoDB(不太好用?)

环境 : ubuntu 22.04 x64

1. 下载

下载页面

安装说明， 这里说的设置arangodb密码不需要做，因为 安装.deb过程会要求设置arangodb密码，所以 请完全忽略 此 安装说明

服务端+客户端 arangodb3_3.11.6-1_amd64.deb，此已经包括客户端了 因此不需要 下一行的客户端

客户端 arangodb3-client_3.11.6-1_amd64.deb，不需要此客户端

2. 安装

sudo apt install arangodb3_3.11.6-1_amd64.deb
#或sudo gdebi-gtk ./arangodb3_3.11.6-1_amd64.deb  #可以看到 .deb包中的文件列表

安装过程会要求root密码，这里root密码设置为root, 安装完已经启动了

3. 启动

sudo systemctl status arangodb3.service
#一切按照systemctl 启动、停止 服务即可

sudo systemctl start arangodb3.service

怎么知道服务名字的? 两个途径：

1. 扫一眼gdebi-gtk x.deb给出给deb包的文件列表， 其中一定有 */systemd/system/x.service即知道服务名x
2. 利用shell自动完成 , systemctl status ar<tab>会补全服务名, 比如fish shell有此功能。

4. 改监听地址为0.0.0.0

sudo netstat -lntp | grep arango, 有8529端口，但监听的是127.0.0.1

观看.deb中文件列表可知，arango配置文件为 /etc/arangodb3/*.conf

grep 8529 /etc/arangodb3/*.conf，以下配置文件都有8529端口：，但显示 arangod的配置文件应该是 /etc/arangodb3/arangod.conf

/etc/arangodb3/arangobench.conf:endpoint = tcp://127.0.0.1:8529
/etc/arangodb3/arangod.conf:endpoint = tcp://127.0.0.1:8529
/etc/arangodb3/arangodump.conf:endpoint = tcp://127.0.0.1:8529
/etc/arangodb3/arangoexport.conf:endpoint = tcp://127.0.0.1:8529
/etc/arangodb3/arangoimport.conf:endpoint = tcp://127.0.0.1:8529
/etc/arangodb3/arangoinspect.conf:endpoint = tcp://127.0.0.1:8529
/etc/arangodb3/arangorestore.conf:endpoint = tcp://127.0.0.1:8529
/etc/arangodb3/arangosh.conf:endpoint = tcp://127.0.0.1:8529
/etc/arangodb3/foxx-manager.conf:endpoint = tcp://127.0.0.1:8529

将 /etc/arangodb3/arangod.conf:endpoint = tcp://0.0.0.0:8529中的 127.0.0.1改为 0.0.0.0, 再sudo systemctl restart arangodb3.service重启arangod, 浏览器上访问http://u22:8529其中u22是arangod机器地址， 即进入arangod的web页面如下, 用户名root，密码是安装.deb时要求设置的密码

tar包安装

下载

下载页面

安装说明 ，只有一句话 arango-secure-installation

服务端+客户端arangodb3-linux-3.11.6_x86_64.tar.gz，此已经包括客户端了 因此不需要 下一行的客户端

客户端arangodb3-client-linux-3.11.6_x86_64.tar.gz，不需要此客户端

安装（被卡住了）

cd /app/
tar -zxf arangodb3-linux-3.11.6_x86_64.tar.gz
#按照 安装说明 ，应该执行 arango-secure-installation， 但是执行其 会报错找不到setup.json配置文件，解压路径下并没有setup.json文件、且 扫一眼 .deb的文件列表中 貌似也没有setup.json?  所以 tar安装 暂时亭在这里了，卡住了。
/app/arangodb3-linux-3.11.6_x86_64/usr/sbin/arango-secure-installation

启动 （TODO）

nebula(弃nebula因其explorer收费)

总体步骤说明

1. “nebula-graph ： 2. nebula-graph启动”
2. “nebula-console ：3. add hosts”
3. “nebula-studio ： 2. nebula-studio启动”
4. “nebula-import ： 2.csv导入例子” 或者 “nebula-studio ： 4. web浏览器 访问 nebula-studio导入csv例子”
5. 坑：nebula explorer（探索数据）是收费的, 杂整？放弃nebula, 然后 换什么？

nebula-graph安装启动

1. nebula-graph下载页面、启动参考

下载页面

nebula启动参考

2. nebula-graph启动举例

wget https://oss-cdn.nebula-graph.com.cn/package/3.6.0/nebula-graph-3.6.0.ubuntu2004.amd64.tar.gz

cd /app/nebula-graph-3.6.0.ubuntu2004.amd64/

tar -zxvf nebula-graph-3.6.0.ubuntu2004.amd64.tar.gz  -C /app/

ln -s /app/nebula-graph-3.6.0.ubuntu2004.amd64/etc/nebula-metad.conf.default  /app/nebula-graph-3.6.0.ubuntu2004.amd64/etc/nebula-metad.conf

ln -s /app/nebula-graph-3.6.0.ubuntu2004.amd64/etc/nebula-graphd.conf.default  /app/nebula-graph-3.6.0.ubuntu2004.amd64/etc/nebula-graphd.conf

ln -s /app/nebula-graph-3.6.0.ubuntu2004.amd64/etc/nebula-storaged.conf.default  /app/nebula-graph-3.6.0.ubuntu2004.amd64/etc/nebula-storaged.conf

# 以下 启动 、 停止  续接此处

• 启动./scripts/nebula.service start all后，立即到 nebula-console 的 “3. add hosts” 去添加hosts

如果没做 “3. add hosts” 直接浏览器访问 nebula-studio 并添加 space, 则看日志 tail -f /app/nebula-graph-3.6.0.ubuntu2004.amd64/logs/*会发现报错 “host not enough”

• 停止 ./scripts/nebula.service stop all

nebula-console安装启动

0. 下载页面

nebula-console下载页面

nebula-console-linux-amd64-v3.6.0下载地址

2. 安装nebula-console

cd /app/
wget https://github.com/vesoft-inc/nebula-console/releases/download/v3.6.0/nebula-console-linux-amd64-v3.6.0

chmod +x nebula-console-linux-amd64-v3.6.0

file  nebula-console-linux-amd64-v3.6.0 
#nebula-console-linux-amd64-v3.6.0: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), statically linked, Go BuildID=4U3dEmVWtiSpoocc6QOp/W00PAWiSBiRMb4OV52cA/liErU2om-F29DTgEedLn/AiFBelgMiY8xl8cGgKLb, not stripped


sudo ln -s /app/nebula-console-linux-amd64-v3.6.0 /usr/bin/nebula-console

3. add hosts

注意 得先执行 “2. 安装nebula-console”, 才能执行本步骤"3. add hosts"

nebula-console -addr 127.0.0.1 -port 9669 -u root -p nebula -e 'ADD HOSTS "127.0.0.1":9779', 输出如下：

(root@nebula) [(none)]> ADD HOSTS "127.0.0.1":9779
Execution succeeded (time spent 3.749ms/3.982688ms)

Wed, 03 Jan 2024 23:23:18 CST



Bye root!
Wed, 03 Jan 2024 23:23:18 CST

参考： host not enough 报错解决

nebula-studio安装启动

1. nebula-studio 下载页面、安装参考

nebula-studio下载页面

nebula-graph-studio-3.8.0.x86_64.tar.gz

nebula-studio安装启动参考

2. nebula-studio启动举例

tar -zxf nebula-graph-studio-3.8.0.x86_64.tar.gz


nohup /app/nebula-graph-studio/server -f  /app/nebula-graph-studio/etc/studio-api.yaml &
#或/app/nebula-graph-studio && nohup ./server -f  ./etc/studio-api.yaml &

#Starting server at 0.0.0.0:7001...

3. web浏览器访问 nebula-studio

浏览器访问 http://localhost:7001

默认用户名 密码， 默认用户名 root、密码 nebula

4. web浏览器 访问 nebula-studio导入csv例子

csv导入例子

下面的截图 没整理（ubuntu22 下没找到好用的类似mspaint的工具）

nebula explorer （探索数据）是收费的, 杂整？放弃nebula, 然后 换什么？

nebula explorer（探索数据）是收费的
注意 安装好的 nebula-studio 其web界面上是没有 explorer按钮的 ， 但是例子 中的视频内的web界面上是有探索按钮的，该探索按钮就是 收费的nebula explorer

nebula-import

1. 下载安装

nebula-importer下载页面

nebula-importer 安装

cd /app/
wget https://github.com/vesoft-inc/nebula-importer/releases/download/v2.6.0/nebula-importer-linux-amd64-v2.6.0

file /app/nebula-importer-linux-amd64-v2.6.0 
#/app/nebula-importer-linux-amd64-v2.6.0: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), statically linked, Go BuildID=yLraovtggnM5_ye--udT/_gW5ygtLIiXh7XsN0a8D/AMgkgP8eLVemW_mERgKE/NgyBR0CJTJQffaM3hzso, not stripped
sudo ln -s /app/nebula-importer-linux-amd64-v2.6.0 /usr/bin/nebula-import

2. csv导入例子 （TODO）

csv导入例子

TODO:

# hostname == shinelon
# pwd == /home/z/20240103/
ls ~/20240103/*
#fn.db  instrLog.db  LinuxKernelSystemMap.db

#需要从这3个db 构造出 节点.csv 、 边.csv


#节点 即 函数

#边 即 instrLog.txt 中 第k行 到 第k+1 行

ssh X11Forward

ssh服务端

1. diff /etc/ssh/sshd_config /etc/ssh/sshd_config.origin

AddressFamily inet
PermitRootLogin yes
PasswordAuthentication yes
X11UseLocalhost no #不用localhost, 这样局域网内都可以
XAuthLocation /usr/bin/xauth  #which xauth

2. export XAUTHORITY=$HOME/.Xauthority

如果没有此，则报错“X11 connection rejected because of wrong authentication.”

3. 允许display

• 允许某个display

allowLine=(xauth -f  $HOME/.Xauthority list | grep giteaz) #找到某一行display
#比如:  giteaz:13  MIT-MAGIC-COOKIE-1  6245e237c3b1ae505a6a329765867647
xauth add $allowLine

• 允许任意displayxauth +, 此命令必须在本地终端运行

ssh客户端

diff /etc/ssh/ssh_config /etc/ssh/ssh_config.origin

ForwardX11 yes
XAuthLocation /usr/bin/xauth

报错修复

修复报错X11 connection rejected because of wrong authentication.

修复报错X11 connection rejected because of wrong authentication.， 即 步骤2中的 export XAUTHORITY=$HOME/.Xauthority