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2024-04-23 20:58:30
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原创 linux下openCV的安装
# linux下openCV的安装安装OpenCV一直存在问题，因此这次写一个文档首先利用conda install opencv-python ，发现一直报错然后查看自己的python版本 whereis python切换python版本，alias python='/usr/bin/python3.6' 查看当前使用的python版本python --version切换了，但是使用conda install opencv-python ，还是宝一样的错，尝试无果，决...
2021-11-14 15:52:44
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原创 深入学习R语言
深入学习R语言如何查看R包中某函数的源码新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入如何查看R包中某函数的源码方法一：直接写函数名称，如查看reshape2包中的melt函数> meltfunction (
2021-11-14 15:27:24
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原创 重新系统后conda无法使用的问题
服务器重装系统之后，发现原来装的conda环境现在不能用了，检查之后发现存在两个问题：重装之后anaconda的安装路径发生了改变；用户的配置文件缺少anaconda的环境变量解决方案：在用户主目录下使用：ls -al 可以看到所有的隐藏文件找到./bashrc 和./bash_profilevi ~/.bashrc# 将以下代码插入最后一行export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH# 保存后退出source ~/.bashrcvi ~/.bash_p
2021-11-14 15:16:22
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原创 R包开发实例
目录R包开发准备DemoR包开发准备加载devtools包，它是一组支持包开发的各个方面的包的公开面library(devtools)仅出于表示的目的，我们使用fs(用于文件系统工作)和tidyverse(用于轻量级数据处理)。library(tidyverse)library(fs)包中常见的功能 满足特定需求的功能，如处理factors的功能。 访问已建立的安装工作流、获取帮助和检查基本质量。 版本控制和开放的开发过程。 .
2021-11-14 15:10:32
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原创 BERT预训练模型微调
预训练模型微调：最近预训练了BertForMaskedLM模型，需要将训练好的模型用到分类任务BertForSequenceClassification中进行微调。微调时发现在加载优化器状态的时候出现如下的问题：optimizer.load_state_dict(torch.load(os.path.join(args.model_name_or_path, "optimizer.pt"))) File "/var/lib/docker/lib/python3.8/site-packages/to
2021-10-28 20:41:30
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原创 不同参考基因组版本转换hg38tohg19 vcf
下载hg19的2bit文件wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.2bit下载2bit to fasta工具，将2bit格式的参考基因组转换为fasta格式rsync -aP rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/genome/admin/exe/linux.x86_64/ ./...
2021-10-06 11:36:18
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原创 已解决：RuntimeError: CUDA error: out of memory
1. 检查是否使用了合适版本的torchprint(torch.__version__) # 1.9.1+cu111print(torch.version.cuda) # 11.1print(torch.backends.cudnn.version()) # 8005print(torch.cuda.current_device()) # 0print(torch.cuda.is_available()) # TRUE2.检查是否显存不足，尝试修改训练的batch size，修
2021-09-26 15:07:06
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原创 R语言入门
R语言入门R介绍R的特点R的安装与运行R的基本原理与核心一个简短的R对话R的数据结构数据的存储与读取R的图形功能R编程注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入R介绍R的特点1、R同Matlab一样不需要编译就可执行代码；2、不依赖于操作系统；3、大约有25个包和R同时发布(被称为“标准”和“推荐”包)，更多的包...
2020-06-27 17:29:11
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原创 残差神经网络
梯度衰减添加神经网络的隐藏层，模型可以处理更加复杂的分类函数，但是随着网络的层数越深，可能会有梯度衰减等问题使得模型的性能大幅度的下降。那么什么是梯度衰减呢？累乘中一个梯度小于1，那么不断累乘，这个值会越来越小，梯度衰减很大，迅速接近0。在神经网络中是离输出层近的参数，梯度越大，远的参数，梯度越接近0。其根本原因是sigmoid函数的缺陷。残差神经网络基本思想对于卷积神经网络来说，每一...
2020-03-05 17:34:42
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原创 MATLAB在数学建模中的应用——神经网络
神经网络 人工神经网络是由众多的神经元可调的连接权值连接而成，具有大规模并行处理、分布式信息存储、良好的自组织自学习能力等特点。BP神经网络 BP神经网络是一种按误差逆传播算法训练的多层前馈网络，是目前应用最广泛的神经网络模型之一。BP网络能学习和存贮大量的输入-输出模式映射关系，而无需事前揭示描述这种映射关系的数学方程。神经元模型在这个模型中，神经元接收到来自n个...
2018-09-02 11:17:53
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空空如也
牛顿迭代法的MATLAB程序，为什么无论输什么初始值，得到的结果f都为零呀？
2018-10-07
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