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RSS订阅原创 perl 哈希值是多个的情况
其实问题非常简单，如果读取文件后需要提取的值是多个值，可以直接用数组来定义，在perl中直接 用[]来定义数组就好。今天指导小朋友写一个脚本，突然忘记hash的值是数组的情况该怎么处理了，找了好久的资料，在这里记录一下。“AMPK” => [1,“AMPK”,“苷酸激活蛋白激酶”], 这样操作就可以了。“GENE1” => [1,“GENE SYMBOL”,“苷酸激活蛋白激酶”],比如我需要从文件中提取序列号，名称，还有汉语注释。
2023-06-06 19:35:57
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原创 NCBI安装影响因子插件
NCBI上安装显示影响因子插件查询NCBI1 pubmedplus插件2 Scholarscope3 两个插件的设置查询NCBINCBI查询的时候显示影响因子会比较方便，最近公司有几个新电脑，查询NCBI很不方便，为了以后方便安装查询，特意总结了一下如何安装相关插件。https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/1 pubmedplus插件这个插件下载地址https://service.pubmedplus.com/pubmedplus-extension这个插件最大的好处是
2021-08-15 16:16:52
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原创 mount.nfs: Stale file handle的问题解决办法
mount.nfs: Stale file handle的问题解决办法最近集群出现磁盘突然掉的问题，按照其他高手的方法解决，有三种方法umount -f /directoryfuser –k /path3：暂缺按照网络上给的方法处理，发现umount 之后可能会出现umount.nfs: /data: device is busy[1]或者umount了以及出现mount.nfs...
2018-10-11 13:16:51
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原创 SGE维护中的一些小问题
1：安装包下载https://arc.liv.ac.uk/trac/SGE/2：sge_shepherd won’t run – dynamic library missing?有博主提到需要删掉yum的f /etc/yum.repos.d/*，其实根本用不到，可以到gridengine/bin/lx-amd64目录下运行一下sge_shepherd程序，会具体提示缺了什么库，比如本人...
2018-08-24 11:01:40
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原创 centOS7 安装sun javajdk删除OPENJDK
1：删除系统openjdk通过 rpm -qa | grep java查看JDK相关的包，然后通过命令删除下面三个相关的包：rpm -e –nodeps java-1.7.0-openjdk-1.7.0.75-2.5.4.2.el7_0.x86_64rpm -e –nodeps java-1.7.0-openjdk-headless-1.7.0.75-2.5.4.2.el7_0.x...
2018-07-16 10:05:11
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原创 pip 安装
最近新买了一些服务器，需要安装python，以前都是直接下载安装包，比较麻烦，现在发现一个比较方便的方法，特别记录一下,不知道怎么安装包的可参考1中链接自己去找，其实也可以看pip的help 以下是Pip安装过程curl “https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py” -o “get-pip.py” python get-pip.py python3 get
2018-01-13 16:08:59
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原创 centOS7 无法ping
systemctl disable NetworkManager systemctl enable network centOS7重启后无法联网，但是也没有办法用service network restart的命令找了很久发现用上面的命令可以，这一点和以前的版本不一样http://serverfault.com/questions/660210/cant-start-centos-7-netwo
2016-07-06 16:10:05
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原创 生产环境中centOS7最简版安装
与生产环境中，centOS最好采用最简版，如果需要其他功能可以根据需求安装，最近读到一篇文章，提到安装最简版后要做的30件事情，故依次记之，上一篇文章提到centOS6.5升级到centOS7，后来发现问题多多，所以就索性直接安装一下centOS7系统， 1：u盘安装centOS7系统2：安装完毕后要做的三十件事情http://www.linuxidc.com/Linux/2015-04/1167
2016-03-23 09:32:29
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原创 centOS6.5升级到ceontOS7
过年这几天在家里没事，就升级一下服务器，当时安装的系统环境是centOS6.5，最近随着软件的升级，发现很多软件都没发安装了，只有升级系统才好，网上找了一下教程比较好的如linux公社上的一篇文章[1],基本上按照上面的安装就好了,各安装博客介绍的内容之间也是大同小异，最近redhat实现了在线更新升级，虽然还需要重启[3].步骤如下：就介绍详细来说，[1]中最具操作性，感兴趣
2016-02-14 15:46:29
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原创 centOS集群repeatmarker软件安装
1. 安装RMBlast序列搜索引擎repeatmasker安装的时候需要安装g++，如果直接输入 yum install g++ 会提示 No package g++ available. Error: Nothing to do 查了一下[1]，在centOS系统上，g++的真实姓名是gcc-c++ 执行 yum install gcc-c++ 就可以安装成功了往后可以专
2016-01-15 14:34:09
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翻译 TensorFlow：谷歌机器学习白皮书翻译（1）
TensorFlow: Large-Scale Machine Learning on Heterogeneous Distributed Systems基于多样分布系统的大规模机器学习 （heterogeneous这里翻译成多样的，可能不准确，欢迎大家指正）TensorFlow [1] is an interface for expressing machine learning algorit
2015-11-25 23:42:30
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原创 gcc在window系统环境下的安装
MinGW是指只用自由软件来生成纯粹的Win32可执行文件的编译环境，它是Minimalist GNU on Windows的略称。 实际上 MinGW 并不是一个 单纯的C/C++ 编译器，而是一套 GNU 工具集合。除开 GCC 以外，MinGW 还包含有一些其他的 GNU 程序开发工具 (比如 gawk bison 等等)。 开发 MinGW 是为了那些不喜欢工作在
2015-11-25 21:19:27
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原创 centOS安装scipy
前几个月安装python包的numpy和scipy一直不成功，今天把服务器联网，用pip试着安装一下，发现用pip install numpy可以成功 安装pip install scipy，报错，说是blas包没有安装，上网找一下，有ancy网友的帖子说[1]利用yum 安装相应的几个包就行了，试一下，果然管用，下面列一下python安装scipy的相关安装流程： 安装scipypip ins
2015-10-20 10:40:15
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原创 关于ggplot改变背景报错的问题
今天打算画一个barplot，然后加上方差，后来想要把背景去掉，加上theme主题，结果发现总会报错，Error in inherits(x, “theme”) : argument “e2” is missing, with no default 搞了两个小时，终于发现错误的原因并不是网页上说的加号太多了，需要写到一起去，而是需要分开写才可以，下面将把具体代码演示如下，如果小伙伴遇到类似问题，可
2015-09-07 18:05:19
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原创 若干点连接成平滑曲线
最近做折线图，想把几个点平滑处理，以前做过，但是不记得怎么搞了，在网上查一下，发现有人已经给出来代码了，具体如下:a<-c(35293 , 61916 , 36557 , 26076 , 20800 , 52524 , 83579 ,156257, 478688 ,2218997)b<-c(1:10)plot(a,b)sp<-spline(a,b,n=50)lines(s
2015-07-20 16:25:00
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转载 转载R语言实现遗传算法
转自：http://blog.fens.me/algorithm-ga-r/ 在R语言中，有一些现成的第三方包已经实现的遗传算法，我们可以直接进行使用。mcga包，多变量的遗传算法，用于求解多维函数的最小值。 genalg包，多变量的遗传算法，用于求解多维函数的最小值。 rgenoud包，复杂的遗传算法，将遗传算法和衍生的拟牛顿算法结合起来，可以求解复杂函数的最优化化问题。 gafit包，利
2015-05-29 21:30:35
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转载 R语言多元分析
转载自http://www.plob.org/2012/09/19/3465.htmlhttp://xccds1977.blogspot.comA. 主成分分析B. 探索性因子分析C. 多维标度分析D. 判别分析E. 聚类分析作者从这5个方面讨论了相关方面的内容；
2015-05-21 13:58:29
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原创 Rcurl抓取NCBI信息
Rcurl抓取网页信息的教程网上已经给了很多，最经典的当属不务正业之Rcurl【1】，不过最近发现统计之都取消了会员制度，所以也就只能是演习前半部分了，其他资源也有不错的，如aircode的【2】研究的是汽车之家的车型，代码可以跑通，很是不错，但是据说XML包对汉语支持不好，另外其作者还有几篇文章【3-5】是介绍Rcurl的，分别是新浪个股的和拉手网（我试了一下，总是报错，发现竟然，有的没有地址，
2015-05-17 16:13:15
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原创 R语言plyr包和dplyr包学习
apply族函数是R语言中很有特色的一类函数，包括了apply、sapply、lapply、tapply、aggregate等等。在这篇博文里对它们进行了简略的说明。这一类函数本质上是将数据进行分割、计算和整合。它们在数据分析的各个阶段都有很好的用处。例如在数据准备阶段，我们可以按某个标准将数据分组，然后获得各组的统计描述。或是在建模阶段，为不同组的数据建立模型并比较建模结果。apply族函数与Go
2015-05-15 22:35:40
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原创 R+kintr+makdown完成自动化报告
公司有一天突然想到了自动化报告，这个事情就落在了我的身上，花了一个星期查资料，发现业界常用的是LeTeX以及LyX，无比的汗颜，后来又找到yihui大大写的knitr包，发现这个加上markdown还是比较靠谱的一种选择，所以在这里就记录一下如何操作的。markdown作为一种轻量级语言，自己去度娘百科找找也就可以了解一个大概了，当然也可以参考[1]，这里就不细说了，说一下学习过程中觉得有用的
2015-05-14 16:46:12
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原创 R安装ggbiplot在windows下的调试过程以及使用方法
有文章说需要安装上devtools包，发现直接用install.packages("devtools")装上即可但是在library(devtools)的时候提示：WARNING: Rtools is required to build R packages, but is not currently installed.Please download and install
2015-04-24 11:44:19
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转载 解决Mysql ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost'问题
数据库root好久不登录，结果提示Mysql ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost'找了很多博客，发现下面这段是管用的，贴出来，也让小伙伴少走弯路First things first. Log in as root and stop the mysql daemon. sudo
2015-04-13 17:44:18
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原创 centOS断电重启后无法ping通网关
前天服务器断电，重启后发现无法ping 网关192.168.1.1，觉得可能是重启后网关有问题，就通过route重新看了一下，发现没有问题，但是依旧不管用所以就重启NetworkManger, /etc/init.d/NetworkManager restart,重启network service network restart，发现依旧无法连上网关今天突然想到可以重新
2015-04-13 09:58:41
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原创 相应分析的R包ca和mca，cca，RDA的R实现整理
ade4 : cca先列出来几篇文章豆瓣的几篇博文，大概介绍了一下对应分析的ca包中的ca分析函数和mjca（）函数，具体算法和具体参数的意思并没有细说http://www.douban.com/note/236880884/http://www.douban.com/note/236615553/http://www.douban.com/note/23783201
2015-04-12 19:33:02
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原创 路由器LAN1设置好，插上电脑可以用，插上H3C交换机不可以用
昨天公司突然断电，服务器重启了一次，发现思科的路由器坏掉了，所以就回家拿了一个我这边自己的一个路由器换上，但是设置好网络后，发现从LAN1口出来的网线接到电脑上是可以上网的，但是接到H3C上却上不了网，而且ping不通，提示连接超时，只要把线插上就会发现这个问题，而拔掉就正常了，而我把这根线查到电脑上，电脑能正常连接网络 ，发现度娘上有个说法叫 ：有可能存在环路导致的数据阻塞； 所以就直接重
2015-04-03 17:49:51
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翻译 HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件
Bowtie 里的FM-index 简介原文链接：http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481最近看新发表的几篇RNA-seq比对，组装的软件，发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法，所以就找了一下，原博文链接如上所示，说的很是透彻另外StringTie用到的算法叫做流神经网络，我发现在chinablog上也有一篇文章
2015-04-02 11:35:47
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原创 物理版情书
当我的混沌方程的解画了满了整个电脑屏幕想到你，我今生都没有最终解的美女根据万有引力定律当你的引力场大到无穷；我知道最后剩下的一个奇点只有黑洞；没有打算今生逃离你的视界；我知道即使我是光的速度也只能在你的边上留下一片涟漪；随着未知的原理我们慢慢的蒸发；我只想和你在一起，直到我们恢复了宇宙的常态变成尘埃，分不清彼此；
2015-03-28 20:59:10
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原创 R画corplot
相关性系数是判别两个样品之间相似度的一种度量方式，如果有多个样品，你打算看看他们之间的相似性，比较好的一种办法就是画corplot这里给出来一个R语言的ggplot版本的方法，install.packages("corrplot")library(corrplot)rnasum1min1for (k in 1:nrow(rna)){min1[k]=min(r
2015-03-16 10:49:48
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原创 R语言绘制韦恩图并在图上加线标识
绘制韦恩图常用的软件是VennDiagram包，可以先install.packages("VennDiagram") 【1】library(VennDiagram)生成几个集合并计算各个集合及其相互交集的大小：A = 1:150B = c(121:170,300:320)C = c(20:40,141:200)Length_ALength_B
2015-02-25 16:30:38
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原创 可以ping通外网，ping不通内网，同时可以Ping网关，但是外部ping不到IP
易基因公司内部用的是IBM X系列的服务器，前一段时间公司买了一个固定IP，但是设置好之后发现无法用固定IP外部访问，但是可以ping通网关，后来测试了很多方法，都不管用，今天又来找问题，把内网IP换掉，在服务器上都设置成一个外网的IP，route之后，发现：Kernel IP routing tableDestination Gateway Gen
2015-02-13 18:45:22
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原创 先来占个地方
先来占个地方吧，以后技术类博客将会留着csdn，特此声明博主研究方向介绍：深圳市易基因科技有限公司合伙人，主要研究方向是生物信息，数据挖掘和机器学习
2015-01-27 11:13:25
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