在Slicer中创建Segmentation

最新推荐文章于 2024-05-13 15:25:16 发布

我的辉

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分类专栏： slicer 文章标签： Slicer

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方法1 直接把体数据加载成为Segmentation

        slicer.util.loadSegmentation("c:/tmp/tmp/Segmentation.nrrd")
        slicer.util.loadSegmentation("c:/tmp/tmp/Segmentation.nii")

方法2 将labelmap导出成Segmentation

        labelmapVolumeNode = getNode("label")
        seg = slicer.mrmlScene.AddNewNodeByClass("vtkMRMLSegmentationNode")
        slicer.modules.segmentations.logic().ImportLabelmapToSegmentationNode(labelmapVolumeNode, seg)

#将Segmentation显示到三维中去
        seg.CreateClosedSurfaceRepresentation()

        slicer.mrmlScene.RemoveNode(labelmapVolumeNode)

方法3 直接生成Segmentation

        imageFile="/home/chenxiaohui/tmp/liver-orig006.mhd"
        labelFile="/home/chenxiaohui/tmp/liver-seg006.nii"
        imageNode = slicer.util.loadVolume(imageFile)
 
        self.segmentNode = slicer.mrmlScene.AddNewNodeByClass("vtkMRMLSegmentationNode")
        #设定参考图像
        self.segmentNode.SetReferenceImageGeometryParameterFromVolumeNode(imageNode)
        self.segmentNode.SetName("liver-seg006")

        self.segmentation = self.segmentNode.GetSegmentation()
        self.segmentation.AddEmptySegment("test")

        segmentId = self.segmentNode.GetSegmentation().GetSegmentIdBySegmentName('test')
        self.segment=self.segmentNode.GetSegmentation().GetSegment(segmentId)
        self.segment.SetColor(0,0,1)

        segmentArray = slicer.util.arrayFromSegmentBinaryLabelmap(self.segmentNode, segmentId, imageNode)
        segmentArray[:] = 0  # clear the segmentation
        segmentArray[ slicer.util.arrayFromVolume(imageNode) > 200 ] = 1  # create segment by simple thresholding of an image
        slicer.util.updateSegmentBinaryLabelmapFromArray(segmentArray, self.segmentNode, segmentId, imageNode)