在Slicer中创建Segmentation

方法1 直接把体数据加载成为Segmentation

        slicer.util.loadSegmentation("c:/tmp/tmp/Segmentation.nrrd")
        slicer.util.loadSegmentation("c:/tmp/tmp/Segmentation.nii")

方法2 将labelmap导出成Segmentation

        labelmapVolumeNode = getNode("label")
        seg = slicer.mrmlScene.AddNewNodeByClass("vtkMRMLSegmentationNode")
        slicer.modules.segmentations.logic().ImportLabelmapToSegmentationNode(labelmapVolumeNode, seg)

#将Segmentation显示到三维中去
        seg.CreateClosedSurfaceRepresentation()

        slicer.mrmlScene.RemoveNode(labelmapVolumeNode)

方法3 直接生成Segmentation

        imageFile="/home/chenxiaohui/tmp/liver-orig006.mhd"
        labelFile="/home/chenxiaohui/tmp/liver-seg006.nii"
        imageNode = slicer.util.loadVolume(imageFile)
 
        self.segmentNode = slicer.mrmlScene.AddNewNodeByClass("vtkMRMLSegmentationNode")
        #设定参考图像
        self.segmentNode.SetReferenceImageGeometryParameterFromVolumeNode(imageNode)
        self.segmentNode.SetName("liver-seg006")

        self.segmentation = self.segmentNode.GetSegmentation()
        self.segmentation.AddEmptySegment("test")

        segmentId = self.segmentNode.GetSegmentation().GetSegmentIdBySegmentName('test')
        self.segment=self.segmentNode.GetSegmentation().GetSegment(segmentId)
        self.segment.SetColor(0,0,1)

        segmentArray = slicer.util.arrayFromSegmentBinaryLabelmap(self.segmentNode, segmentId, imageNode)
        segmentArray[:] = 0  # clear the segmentation
        segmentArray[ slicer.util.arrayFromVolume(imageNode) > 200 ] = 1  # create segment by simple thresholding of an image
        slicer.util.updateSegmentBinaryLabelmapFromArray(segmentArray, self.segmentNode, segmentId, imageNode)

  • 1
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值