AS3-E4X、QName

 AS3-E4XECMAScript for XML

1. AS3XML相关类只有两个了:一个XML、一个XMLListAS2时代的XMLNode已经被完全抛弃;

2. 记住以下术语:

  • 简单内容XMLsimplecontent),指没有子节点的XML。以下示例是一个简单内容XML

var xmlA:XML = <data version="1.0">this is simple content</data>;
trace(xmlA.hasSimpleContent()); //true
trace(xmlA.hasComplexContent()); //false

  • 复杂内容XML,指至少包含一个子节点的XML。以下示例是一个复杂内容XML
var xmlA:XML = <data version="1.0">
                                   <complex>
                                          this is simple content
                                   </complex>
                            </data>;
trace(xmlA.hasSimpleContent()); //false
trace(xmlA.hasComplexContent()); //true
  • 元素 (Element),指XML 文档中的单个项目,它被标识为开始标签和结束标签之间包含的内容(包括标签)。XML 元素可以包含文本数据或其它元素,也可以为空。
  • 空元素 (Empty element),指不包含任何子元素的 XML 元素。通常,将空元素编写为自结束标签(如 <element/>)。
  • 子元素,XML的子对象,对于简单内容的XML来说,其子元素就是它的文本节点(起始和结束标签之间的文字内容),对于复杂内容的XML来说,其子元素是指它的下级元素。
  • 后代(descendant),指XML元素的所有子元素、孙子元素、曾孙元素……
  • 文档 (Document),指单个 XML 结构。XML 文档可以包含任意数量的元素(或者仅包含单个空元素);但是,XML 文档必须具有一个顶级元素,该元素包含文档中的所有其它元素。
  • 节点 (Node)XML 元素的另一种称谓。
  • 属性 (Attribute),与元素关联的命名值,它以 attributename="value" 格式写入到元素的开始标签中,而不是编写为嵌套在元素内的单独子元素。
  • XMLList,包含多个XML元素的集合,本质上,它是一个数组。XMLXMLList的关系如下图所示:

 

     

3. 创建及初始化XML对象:

  • 使用MXL文本直接赋值:
var xml:XML =
<list>
       	<video>
              	<artist name="苏菲玛索" sex="女" area="欧美"/>
              	<infomation name="飘" duration="3:12" quality="高清"/>
              	<synopsis>一段发生在美国南北战争时期的浪漫爱情故事</synopsis>
       	</video>
</list>;
  • 使用XML类的构造函数生成:

var strXML:String = "<artist name='苏菲玛索' sex='女' area='欧美'>一段发生在美国南北战争时期的浪漫爱情故事</artist>"
var xml:XML = new XML(strXML);
trace(xml)


 

  • 使用数据引用生成:

var tagname:String = "image";
var attributename:String = "color";
var attributevalue:String = "0xFF00FF";
var content:String = "欧罗巴";
var xml:XML =
<dynamic>
       	<{tagname}{attributename}={attributevalue}>{content}</{tagname}>
</dynamic>
trace(xml);

  • 使用URLLoader从外部加载:

var xml:XML;
var loader:URLLoader = new URLLoader();
loader.addEventListener(Event.COMPLETE, loadCompleteHandler);
loader.load(new URLRequest("vide.xml"));
function loadCompleteHandler(evt:Event):void
{
       	xml = XML(evt.target.data);
       	trace(xml);
}

3. 记住以下E4X 符号和方法的用法:

  • .” ,子元素访问符,返回值为XMLList对象,对应的方法为child()
  • ..” ,后代访问符,返回值为XMLList对象,对应的方法为descendants()
  • @” ,属性访问符,返回值为XMLList对象,对应的方法为attribute()
  • *” ,通配符,用来搭配上面的三种符号模糊访问XML内容;

 

以下是上述4种符号的使用示例:

var xml:XML =
<list>
     	<video>
            	<artist name="苏菲玛索" sex="女" area="欧美"/>
            	<infomation name="飘" duration="3:12" quality="高清"/>
            	<synopsis>一段发生在美国南北战争时期的浪漫爱情故事</synopsis>
    	</video>
     	<video>
            	<artist name="金凯瑞" sex="男" area="欧美"/>
            	<infomation name="变脸" duration="1:54" quality="高清"/>
            	<synopsis>无厘头妄想搞笑片</synopsis>
     	</video>
</list>

trace(xml.video); 将输出如下内容:
<video>
 	<artist name="苏菲玛索" sex="女" area="欧美"/>
  	<infomation name="飘" duration="3:12" quality="高清"/>
  	<synopsis>一段发生在美国南北战争时期的浪漫爱情故事</synopsis>
</video>
<video>
  	<artist name="金凯瑞" sex="男" area="欧美"/>
 	<infomation name="变脸" duration="1:54" quality="高清"/>
  	<synopsis>无厘头妄想搞笑片</synopsis>
</video>
 
trace(xml.video[0]); 将输出如下内容:
<video>
  	<artist name="苏菲玛索" sex="女" area="欧美"/>
  	<infomation name="飘" duration="3:12" quality="高清"/>
  	<synopsis>一段发生在美国南北战争时期的浪漫爱情故事</synopsis>
</video>

trace(xml.video[0].synopsis);将输出如下内容:
一段发生在美国南北战争时期的浪漫爱情故事

[注意] 不要错误地认为xml.video[0].synopsis是字符串哦,它依然是一个XMLList,只不过trace的时候它被toString()成那个样子了而已。关 于这点,可以用如下代码验证:trace(xml.video[0].synopsis is XMLList);

 

trace(xml..artist);将输出如下内容:
<artist name="苏菲玛索" sex="女" area="欧美"/>
<artist name="金凯瑞" sex="男" area="欧美"/>

[注意后代访问符会取出元素中的所有匹配子元素;

trace(xml.*); 将输出如下内容:
<video>
  	<artist name="苏菲玛索" sex="女" area="欧美"/>
  	<infomation name="飘" duration="3:12" quality="高清"/>
  	<synopsis>一段发生在美国南北战争时期的浪漫爱情故事</synopsis>
</video>
<video>
  	<artist name="金凯瑞" sex="男" area="欧美"/>
  	<infomation name="变脸" duration="1:54" quality="高清"/>
  	<synopsis>无厘头妄想搞笑片</synopsis>
</video>

[注意] 使用子元素访问符搭配通配符将取出XML元素的所有子元素

trace(xml.video[0].artist.@name); 将输出如下内容:

苏菲玛索

trace(xml.video[0].artist.@*);将输出如下内容:

苏菲玛索女欧美

[注意] 使用属性访问符搭配通配符将取出XML元素的所有属性。此外,你可能发现一个问题,上面输出的属性全部连到一起了,非常难看,如果 想让输出结果赏心悦目一点,请改写上面的代码为:

trace(xml.video[0].artist.@*.toXMLString());

4. 掌握过滤搜寻。观察上面例子中的“trace(xml..artist);” ,我们发现,输出结果包含两条信息,如果只想要“苏菲玛索”那一条,那么如下操作:

trace(xml..artist.(@sex == "女").@name); //输出苏菲玛索
或者,我们想要得到“金凯瑞video”,可以如下书写:

trace(xml.video.(artist.@name == "金凯瑞"));

也可以如下书写:

trace(xml.video.(synopsis == "无厘头妄想搞笑片"));

[注意]需要注意,使用条件过滤时如果引用了不存在的属性或文本节点,则可能引发一个“ReferenceError”类型的错误。例如:

trace(xml.video.(sb == "无厘头妄想搞笑片")); // ReferenceError: Variable sb is not defined.
为了避免出错,我们可以使用attribute() 和 elements() 方法来识别具有匹配属性或元素的属性,如下面的代码所示:
trace(xml.video.(elements("sb") == "无厘头妄想搞笑片"));
或者,我们也可以用hasOwnProperty()方法来检查对象是否具有指定的属性:
trace(xml.video.(hasOwnProperty("synopsis") && synopsis== "无厘头妄想搞笑片"));
此外,我们也可以用try…catch来忽略错误或对错误进行相应处理:
try
{
       	trace(xml.video.(synopsis == "无厘头妄想搞笑片"));
}
catch(err:ReferenceError)
{
       	//忽略或处理错误
}

5. 遍历XMLList

  • for…in遍历
var xml:XML =
<list>
       	<peoples>
              	<people>p1</people>
              	<people>p2</people>
              	<people>p3</people>
              	<people>p4</people>
       	</peoples>
</list>;
 
for(var s:String in xml.peoples.*)
{
       	trace(xml.peoples.*[s]);
}
 
输出:
p1
p2
p3
p4

[注意]for…in遍历XMLList时,计数器是一个从零开始递增的整数的字符形式(012N)而不是节点名称,这表明XMLList在内部是以索引 数组来保存XML子元素的,因此我们也可以用常规循环来遍历XMLList,循环次数取XMLList.length()。要特别小心哦,MXLList没有length 性,只有length()方法,用length()方法的时候不要忘了函数括号。

 

  • for…each…in遍历XMLList
var xml:XML =
<list>
       	<peoples>
              	<people>p1</people>
              	<people>p2</people>
              	<people>p3</people>
              	<people>p4</people>
       	</peoples>
</list>;

for each(var s:XML in xml.peoples.*)
{
       	trace(s);
}

输出:
p1
p2
p3
p4

6. 区别XMLnamelocalName,掌握XML命名空间的概念:

  • name()方法返回的是一个QName对象,而localName()方法返回的是一个本地节点名称字符串,用法示例如下:

var xml:XML =
<sbc:GameSwitcher xmlns:sbc="http://www.avocado.com/game/flash/sbc/gameswitcher">
    	<sbc:scrollbar xmlns:it = "http://scrollbar.com">
    	<it:item>
            	<it:upimg url="http://192.168.1.68/imgs/itemup">up</it:upimg>
               	<it:ovimg url="http://192.168.1.68/imgs/itemov">ov</it:ovimg>
               	<it:dnimg url="http://192.168.1.68/imgs/itemdn">dn</it:dnimg>
    	</it:item>
    	</sbc:scrollbar>
</sbc:GameSwitcher>;

trace(xml.name().localName); //GameSwitcher
trace(xml.name()); //"http://www.avocado.com/game/flash/sbc/gameswitcher::GameSwitche"

  • MXL命名空间的作用是:划分元素定义域,避免同名歧义。它在大项目和集中管理多个XML元素的XML文档中非常有用。下面我们来学习如何定义和使用XML的命名空间:

XML命名空间的定义格式为:[xmlns:prefix]=[uri],其中xmlns是定义MXL命名空间的关键字,prefix叫做命名空间的前缀,uri叫做命名空间的 统一资源标识符(Universal Resource Identifier)。具体使用方法如下:

var xml:XML =
<fgs:GameSwitcher
xmlns:fgs="http://www.avocado.com/game/flash/gameswitcher"
     	xmlns:sbc="http://www.avocado.com/game/flash/sbc/gameswitcher"
      	xmlns:tbj="http://www.avocado.com/game/flash/tbj/gameswitcher">                                
    	<sbc:scrollbar>
          	<item>
                	<upimg url="http://avogm.com/imgs/fgs/sbc/itemup">up</upimg>
                	<ovimg url="http://avogm.com/imgs/fgs/sbc/itemov">ov</ovimg>
                	<dnimg url="http://avogm.com/imgs/fgs/sbc/itemdn">dn</dnimg>
          	</item>
    	</sbc:scrollbar>
      	<tbj:scrollbar>
          	<item>
                	<upimg url="http://avogm.com/imgs/fgs/tbj/itemup">up</upimg>
                	<ovimg url="http://avogm.com/imgs/fgs/tbj/itemov">ov</ovimg>
                	<dnimg url="http://avogm.com/imgs/fgs/tbj/itemdn">dn</dnimg>
          	</item>
    	</tbj:scrollbar>
</fgs:GameSwitcher>;

上例中,我们在顶级标签GameSwitcher中定义了三个命名空间,第一个是“fgs”,统一资源标识符 为“http://www.avocado.com/game/flash/gameswitcher”,被应用到了顶级标签GameSwitcher中(应用命名空间的方法是,将命名空间前 缀加冒号后写在标签名称前面);第二个是“sbc”,统一资源标识符为“http://www.avocado.com/game/flash/sbc/gameswitcher”,被应用到 了第一个scrollbar中;第三个是“tbj”,统一资源标识符为“http://www.avocado.com/game/flash/tbj/gameswitcher”,被应用到了第二 scrollbar中。以下是使用上面定义的命名空间的示例代码:

trace("Namespace fgs:prefix="+fgs.prefix + " uri="+fgs.uri);
trace("Namespace sbc:prefix="+sbc.prefix + " uri="+sbc.uri);
trace("Namespace tbj:prefix="+tbj.prefix + " uri="+tbj.uri);
trace(xml.sbc::scrollbar);
trace("----------------");
trace(xml.tbj::scrollbar);

运行结果此处就不写了,内容太多,恐徒增篇幅。请把上面的代码粘贴到帧上运行一下,仔细留 trace(xml.sbc::scrollbar)trace(xml.tbj::scrollbar)的结果,我们发现,这两个输出结果的顶级标签中都包含了所有在GameSwitcher标签 中定义的命名空间。这说明上层命名空间在子元素中可见,因此,我们可以将所有的命名空间定义都集中到顶级标签上去写,方便后期查寻和修 改。那么反过来呢,子元素中的命名空间是否在上级可见?运行以下下面的示例看看吧:

var xml:XML =
<dac:data xmlns:dac="http://data.com" xmlns:asc="http://data.com/ascode">
       	<asc:code xmlns:fpc="http://data.com/ascode">
              	<fpc:flvplayer>var video:Video = new Video();</fpc:flvplayer>
       	</asc:code>
</dac:data>;

var dac:Namespace = xml.namespace("dac");
var asc:Namespace = xml.namespace("asc");
var fpc:Namespace = xml.namespace("fpc"); //取子元素中定义的命名空间,失败

trace(dac); //http://data.com
trace(asc); //http://data.com/ascode
trace(fpc); //null

dac = xml.asc::code.namespace("dac"); //取上级元素中定义的命名空间,成功
trace(dac); //http://data.com

  • QName是什么?有什么用?

QName的全名是Qualified Name,中文名称叫做“限定名”,是用来标识XML元素和属性的一种命名规范(该规范定义在E4X ECMAScript中)。QName由两部分内容组成:localNameuri。其中localName叫做本地名称,在默认命名空间的XML元素中,它就是XML 素的标签名;uri叫做统一资源标识符,指XML命名空间的uri内容。例如,有如下XML结构:

var xml:XML = <avo:list  xmlns:avo="http://www.avocado.com" xmlns:eur="http://www.avocado.com/eur">
<eur:video>
          	<artist name="苏菲玛索" sex="女" area="欧美"/>
          	<infomation name="飘" duration="3:12" quality="高清"/>
          	<synopsis>一段发生在美国南北战争时期的凄美爱情故事</synopsis>
</eur:video>
</avo:list>;

       其中“avo:list”部分就相当于一个QName对象,AS3在将XML文本解析成XML对象的时候会把它处理成一个QName对象。再使用XML对象 的方法时,我们就可以用QName对象去匹配XML元素了。示例如下:

var xml:XML =

<avo:list xmlns:avo="http://www.avocado.com/video"
      	xmlns:eur="http://www.avocado.com/video/eur"
      	xmlns:chs="http://www.avocado.com/video/chs">
      	<eur:video>
             	<artist name="苏菲玛索" sex="女" area="欧美"/>
             	<infomation name="飘" duration="3:12" quality="高清"/>
             	<synopsis>一段发生在美国南北战争时期的浪漫爱情故事</synopsis>
      	</eur:video>
      	<chs:video>
             	<artist name="葛优" sex="男" area="中国大陆"/>
             	<infomation name="大腕" duration="1:54" quality="高清"/>
             	<synopsis>贺岁喜剧大片</synopsis>
      	</chs:video>
</avo:list>

var chsQname:QName = new QName("http://www.avocado.com/video/chs", "video");
trace(xml.descendants(chsQname));

       上面的trace将输出<chs:video></chs:video>标签对中(含<chs:video>标签对)的所有内容。

       或者,你也可以用如下方式构造QName,来实现跟上面代码一样的操作:

var chsQname:QName = new QName(xml.namespace("chs"), "video");
trace(xml.descendants(chsQname));

OKAS3E4X的重要内容差不多就这些了,剩下一些函数,请自己F1

这是`samtools mpileup`命令的一些输入和输出选项: 输入选项: - `-6, --illumina1.3+`: 指定质量值采用Illumina-1.3+编码方式。 - `-A, --count-orphans`: 不丢弃异常的read pair。 - `-b, --bam-list FILE`: 指定一个包含多个BAM文件名的文件,每行一个文件名。 - `-B, --no-BAQ`: 禁用BAQ(基于位置的比对质量)。 - `-C, --adjust-MQ INT`: 调整mapping quality的值,建议使用50,禁用则使用0。 - `-d, --max-depth INT`: 每个文件的最大深度,避免过多的内存使用,默认为8000。 - `-E, --redo-BAQ`: 在运行时重新计算BAQ值,忽略现有的BQ值。 - `-f, --fasta-ref FILE`: 指定一个已建立索引的参考序列文件。 - `-G, --exclude-RG FILE`: 排除在文件中列出的read group。 - `-l, --positions FILE`: 跳过未列出的位置(chr pos)或区域(BED)。 - `-q, --min-MQ INT`: 跳过比对质量小于INT的比对结果,默认为0。 - `-Q, --min-BQ INT`: 跳过碱基质量/BAQ值小于INT的碱基,默认为13。 - `-r, --region REG`: 指定生成pileup的区域。 - `-R, --ignore-RG`: 忽略RG标签(一个BAM文件对应一个样本)。 - `--rf, --incl-flags STR|INT`: 必需的标志:跳过未设置掩码位的read,默认为空。 - `--ff, --excl-flags STR|INT`: 过滤标志:跳过设置了掩码位的read,默认为“UNMAP,SECONDARY,QCFAIL,DUP”。 - `-x, --ignore-overlaps`: 禁用read pair的重叠检测。 输出选项: - `-o, --output FILE`: 将输出写入到指定的文件中,默认为标准输出。 - `-O, --output-BP`: 输出read上的碱基位置。 - `-s, --output-MQ`: 输出mapping quality。 - `--output-QNAME`: 输出read的名称。 - `-a`: 输出所有位置(包括深度为0的位置)。 - `-a -a`(或`-aa`): 输出全部位置,包括未使用的参考序列。
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