1. python3 运行脚本出现TypeError: a bytes-like object is required, not 'str’
解决方案:
将line.strip().split(",") 改为 line.decode().strip().split(",")
转自https://blog.csdn.net/faihung/article/details/90516180
2. PyBioMed的安装
注意需要在python2的环境下安装
1)首先下载openbabel
最简单的方法是下载Ananconda2,然后利用conda安装
conda install -c openbabel openbabel
2)然后下载rdkit
conda install -c conda-forge rdkit
3)安装PyBioMed
先去https://github.com/gadsbyfly/PyBioMed/blob/master/PyBioMed/download/PyBioMed-1.0.zip
这里下载PyBioMed-1.0.zip
解压之后,进入setup.py所在的文件夹中
python setup.py install
到此,即完成了PyBioMed的安装。
3.在linux中同时安装anaconda2和anaconda3
由于windows运行多个任务时很卡,因此打算在linux上装以上的软件,其实最一开始就应该这么操作,但一直觉得很麻烦就没有装,导致许多任务一直搁置也没跑成功。这个安装步骤来自一个博主,亲测有效。
转自:
https://blog.csdn.net/qq_21578125/article/details/80245760