MrXun_-CSDN博客

原创史上最全 CP2K 7.1.0 安装教程

安装环境简介：CPU：AMD EPYC 7542 32-Core ProcessorOS：CentOS 7.8.2003MPI：OpenMPI 4.0.4GCC：10.2.0真正从零开始安装（新机器，只安装了 OpenMPI 和 Gcc），理论上此方法适用于所有机器。OpenMPI 和 Gcc 这两个的安装并没有什么难度，唯一需要注意的就是在安装 OpenMPI 时需要开启一个选项，用于支持旧版本的语法，否则可能会出现一些语法错误，到时候只能通过修改源代码才能安装成功，非常麻烦。下载 CP2.

2020-09-23 15:54:14 10442 16

原创在Linux下安装软件常见的BUG

CXXABI… not found（1）strings /xxx/libstdc++.so.6 |grep CXXABI 先查看一下是否有你需要的版本（2）从系统的库里查看是否有高版本的 libstdc++.so.6.xx ，一般是在/usr/lib64里（3）将高版本的重新链接 ln -s libstdc++.so.6 libstdc++.so.6.xx 注意替换xx为你需要的版本...

2020-01-08 13:56:32 7643 4

原创 CMAQ-5.3 安装教程

CMAQ（Community Multiscale Air Quality 通用多尺度空气质量）模型，是美国环保局开发的第三代空气质量预报和评估系统（Models-3）的核心组成之一。是一套三维欧拉网格化的大气化学和传输模拟系统，能够模拟整个对流层的臭氧，酸沉降，能见度和细颗粒物。整个模式遵循 “一个大气” 理念，可以同时处理从局地到半球的不同空间尺度的多个复杂的空气质量问题，作为一个有效的第三...

2019-09-20 13:33:21 10811 22

原创 python 3.x 中无法导入 build_py_2to3

cannot import name 'build_py_2to3' from 'distutils.command.build_py' 的解决办法

2022-12-15 09:06:55 1700

原创安装好 pymatgen 后无法导入 IDPPSolver

安装好 pymatgen 后无法导入 IDPPSolver

2022-10-27 15:59:30 967

原创远程登录Windows的WSL子系统

很多文章要么只有安装 wsl 和 ssh，要么只有设置端口转发，完全不能一篇文章解决标题中的问题由于最近不在办公室，需要远程登录办公室的电脑，这样可以节省很多时间去配置各种命令回归正题，首先你需要确定你可以远程访问你的 windows 电脑（不能远程访问的可以退出了），而 wsl 可以看作和 Windows 在同一“路由器”下的电脑，远程登录需要开启“路由器”的端口转发功能，将 wsl 的 ssh 端口转发到远程可以访问的“路由器”网段下我这里的 wsl 是 ubuntu 系统，如果你是其他系统，.

2022-02-22 09:57:28 3294

原创 openbabel 3 以及 python openbabel 安装教程

软件简介Open Babel 是一个化学工具箱，旨在讲化学数据的多种语言。这是一个开放的协作项目，允许任何人搜索、转换、分析或存储来自分子建模、化学、固态材料、生物化学或相关领域的数据。安装环境OS ：Redhat 6gcc 4.4.7 （系统默认版本）安装依赖库可以先跳过该步骤，后续出现对应的问题再来重新安装swig 4.0.1 （optional）由于系统自带的 swig 工具版本太低，在安装时没法正确的识别新语法，故这里需要先安装 swig ，如果你执行 swig -versi

2021-09-01 10:09:06 11813 3

原创 p4est 2.3.2 安装

软件简介p4est 软件库使自适应八叉树的集合的动态管理，方便地称为八叉树的森林。 p4est 旨在并行工作并扩展到数十万甚至数百万个处理器内核。它被世界各地的研究人员积极维护和使用。安装环境intel mpi 2018intel mkl 2018lua 5.4.3gcc 7.3.0依赖库安装安装 lua 库从官网下载安装包tar zxf lua-5.4.3.tar.gz cd luavim Makefile将 INSTALL_TOP 改为你需要安装的目录make &amp

2021-07-23 10:32:43 1640

原创 petsc 库安装

软件简介petsc 是一套数据结构和例程，用于通过偏微分方程建模的科学应用的可扩展（并行）解决方案。它通过 CUDA 或 OpenCL支持 MPI 和GPU，以及混合 MPI-GPU 并行性。PETSc（有时称为 PETSc/Tao）还包含 Tao 优化软件库。安装环境intel mpi 2018intel mkl 2018gcc 7.3.0安装 petsc从官网下载安装包tar zxf petsc-3.13.4.tar.gzcd petsc./configure --prefix=

2021-07-23 10:15:01 1368

原创 Linux R 中安装生物信息相关软件包

相关工具准备condaR 基础环境配置安装 Rconda create -n bio -c conda-forge r-base这里可以选择你需要的 R 版本安装 R 基础工具类软件包R> install.packages("BiocManager")> install.packages("devtools")安装一些常用的软件包使用 BiocManager 安装BiocManager::install("BioBase")BiocManager::inst

2021-07-22 11:15:01 951

原创 conda 中手动安装 cpan 的模块

问题描述：perl 中使用 cpan 安装 XML::LibXML 模块出现失败，提升 x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc: 没有那个文件或目录错误原因：在 conda 中的 perl 会自动调用 conda gcc，而不是使用系统中的 gcc解决方法：手动安装所需模块，方法如下修改编译器为系统中自带的 gcccd ~/.cpan/build/xxxxx #(xxxxx为刚才自动下载的模块的文件夹)perl Makefile.PLvim Makefile将 C

2021-06-24 10:50:50 980

原创 perl 中使用 cpan 工具

cpan 常用命令查看所有已安装的包perldoc perllocal# 或instmodsh# 或find `perl -e 'print "@INC"'` -name '*.pm'查看某个已安装包的位置以DBD::mysql为例perldoc -l DBD::mysql卸载已安装的包cpan 工具没法直接像 conda 等其他工具一样直接 cpan uninstall xxx我们可以使用上面的查询命令找到你需要删除的包，找到对应位置后直接使用 rm 命令删除整个

2021-06-24 10:45:50 1076

原创从源码编译安装 TensorFlow C++ 库和 DeepMD-kit

TensorFlow 在 python 下的安装还是比较方便快捷的，直接使用 pip 或者 conda 就可以一键安装，而要想使用 tensorflow 的 C++ 接口就需要在系统中编译安装 tensorflow 的库文件。不仅如此，如果想使用一些现成的工具时还是需要用到 tensorflow 的 C++ 库，安装步骤不算复杂，只是中间会有一些坑，在这里我简单记录一下。安装 bazel编译 TensorFlow在 GitHub 上 clone 你需要的版本git clone -b v2.4.1 h

2021-06-11 14:11:01 2302 2

原创 ALPS 2.3.0 安装教程

简介The ALPS project (Algorithms and Libraries for Physics Simulations) is an open source effort aiming at providing high-end simulation codes for strongly correlated quantum mechanical systems as well as C++ libraries for simplifying the development of suc

2021-04-30 15:44:36 1760 4

原创常见数学库下载网址收录

ioapihttps://www.cmascenter.org/ioapi/documentation/all_versions/html/AVAIL.html#v31zlibhttps://zlib.net/szib （这里只有 2.1.1 版本的 szip）https://support.hdfgroup.org/doc_resource/SZIP/HDF5 （可能需要注册登录）https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5netcdf-chttps

2021-04-14 16:19:09 376

原创使用 PGI 编译器安装 ioapi 3.1

软 / 硬件版本PGI 20.7netcdf-c 4.7.4netcdf-fortran 4.5.3cpu : Intel Xeon® E5-2680 v3安装 netcdf参考以前的文章我这里使用的是之前用 intel 编译器编译的 netcdf ，在编译 ioapi 时并没有重新使用 pgi 编译器重新编译，暂时没有出现问题，后续有出错会再更新安装 ioapi修改配置文件总共有 4 处文件需要修改./Makefile./ioapi/Makefile./io

2021-04-14 15:59:05 1139

原创 CESM 2.1.3 安装配置文件详解

配置文件路径CESM 2.x 版本配置文件路径在 $CESM_ROOT/cime/config/cesm/machinesCLM 5.0 的配置文件也在上述路径下 $CLM_ROOT/cime/config/cesm/machines配置文件详解config_machines.xml<machine MACH="custom"> <DESC> User Defined </DESC> <NODENAME_REGEX> User Def

2021-04-01 16:21:53 4118 3

原创 ESMF 8.0 安装

其实安装并不复杂，由于我在安装时被网上的参数误导，导致我一直卡在一个地方，我一度怀疑 ESMF 的源码有问题，故写篇文章记录一下，也为后面的朋友们踩坑！下载在 GitHub 上下载源码即可！环境变量设置ESMF_HOME=/path/to/ESMF-8.0.1export ESMF_DIR=$ESMF_HOMEexport ESMF_COMM=intelmpiexport ESMF_COMPILER=intelexport ESMF_ABI=64export ESMF_INSTALL_PR

2021-04-01 10:19:47 4356 12

原创 CESM 1.2.1 安装配置文件详解

CESM 1.x 版本现在使用者还是很多，最近对配置方面的理解有了进一步的了解，故写了一篇文章为大家解惑，如果有不正确的地方欢迎指正！配置文件路径CESM 1.2 版本配置文件路径在 $CESM_ROOT/script/ccsm_utils/Machines配置文件详解config_machines.xml<machine MACH="custom"> <DESC>my defined</DESC> <OS>LINUX</OS&gt

2021-04-01 10:03:32 1644

原创阿里云轻量级服务器 centos 7 无法打开端口

被一个小问题搞了半天，特此记录一下阿里云控制台中打开你需要开放的端口firewall-cmd --zone=public --add-port=8889/tcp --permanentfirewall-cmd --reloadservice firewalld restartps：centos7 中无需修改 iptables

2021-03-01 08:37:29 297

原创 WRF 和 WPS 3.9.1 以及 wrf chem、wrf hydro安装

WRF 的安装其实没有什么难点，主要是依赖库比较繁琐，还有两个用的比较多的 chem 和 hydro，我在安装的时候在网上找的教程都不尽如人意，所以在这里总结一下机器配置以及编译器选择intel 编译器 2013 版本，包含 mpiicc、mpiifortgcc 4.4.7安装依赖库 #安装依赖库 Zlib netCDF HDF5 Libpng Jasper #例如在local文件夹下 $ mkdir Zlib netCDF HDF5 Libpng Jasper

2021-02-05 09:21:53 3293 8

原创 gromacs 2020.2 with plumed 安装

这里使用 intel 2018 + gcc 5.4.0 编译器由于需要软件安装时还需要使用 python ，所以我们还需要加载一个纯净的 python 环境（如果编译有问题可以使用 conda 新建一个虚拟环境）首先我们安装 plumed2 2.6.1，直接参考 CP2K 7.1.0 中的安装方法（还需要安装 gsl 库）即可加载 plumed 环境export PLUMED_ROOT=/path/to/plumed2/2.6.1/lib/plumed/export PATH=/path/to/p

2020-12-28 09:53:55 1723 4

原创 CP2K 7.1.0 使用 Intel 编译器安装

安装环境简介：IntelMPI 18.0.3GCC：5.4.0gcc 的版本只需要支持 c++11 都是可以的几乎需要从零开始安装，安装方法与 gcc + openmpi 方法有一些差别，之前编译的依赖库不能直接使用，都需要重新编译下载 CP2K 7.1.0 源代码，并查看需要的依赖库源代码在github 上，这里需要注意的点是你需要用 git 命令下载源代码 $ git clone --recursive https://github.com/cp2k/cp2k.git cp2k如果

2020-12-16 08:38:32 3083 2

原创 unraid 折腾日记以及虚拟旁路由教程

在 smzdm 的社区中跟着阿文菌大佬学习了很多 nas 的知识，最近自己也在咸鱼上收了个二手 itx 主机做nas，配置就是普通的 i3 8100 （被大佬疯狂安利），8G 内存最看好的就是这个机箱，正常能放四块硬盘，如果把电源再换成小电源的话还能再放进去一个硬盘架，应该还能再多装两块硬盘现在刚装了两块东芝的 P300 ，一块数据盘，另一块做检验盘，不太好的一点是这个盘的声音确实是有点太大了，以后可能会选择更静音的盘。不过等我全部设置好了之后可能会放在弱电箱那边，应该就听不见了 hhhunraid

2020-12-14 16:52:06 6333

原创 Docker 学习笔记 2 ：运行 Docker 的 HelloWorld 以及一些基础的命令

> 以下所有的命令都是基于 Windows 下 WSL 创建的 Ubuntu 18.04 ，如果你在尝试下面的命令中出错的话可以自行搜索解决，也欢迎留言讨论交流基础命令解释直接在命令行中输入 docker 即可看到下列信息，目前我们只关注一些常用的命令即可$ docker run # 启动一个实例$ docker stop # 停止$ docker restart # 重启$ docker ps # 查看所有的实例$ docker images # 查看已经下载

2020-12-04 10:31:52 239

原创 Hexo 博客建议使用指南

本文只介绍简单的命令，用于自己记忆使用，如果有问题欢迎留言讨论搭建环境系统：Ubuntu 18.04.5 LTSnode ：v12.14.1npm ： 6.13.4hexo ： 5.2.0hexo-cli ： 4.2.0我是从 deepin 系统切换到 Windows 中，并使用 WSL 搭建的 Ubuntu 环境安装 nodejs从官网下载好指定版本的二进制包然后解压即可使用部署 hexo$ cd hexoBlog$ npm install会自动安装好所有依赖常用命令以下命

2020-12-02 16:14:02 144

原创 Docker 学习笔记 1 ：在 Windows 中为 WSL 安装 Docker 并使用阿里云容器镜像服务

最近准备入手一套 NAS ，于是乎决定先研究一下大名鼎鼎的 Docker 容器安装 Docker 到 WSL 中在第一步安装的时候就被坑了一把（安装了这么多软件没想到啊…）因为我选择的 Linux 版本是 Ubuntu 18.04 ，于是乎我就直接在 Ubuntu 中 apt 尝试安装，结果发现服务根本起不起来。而且报错的原因还是什么系统内核需要升级，吓得我赶紧 apt remove…后面我才发现只需要在官网下载 Windows 版本，然后在里面直接选择开启 WSL 即可，搞来搞去结果搞得更复杂了

2020-12-02 15:30:35 970

原创 cmake 编译时的一些常见命令和选项

在 cmake 中一些选项都变得又臭又长，现在特写一篇文章记录下一些常见的命令和选项常见软件的安装步骤$ cd /path/to/soft$ mkdir _build$ cd _build$ cmake ..$ make $ make install然后在此文件夹中可以看到生成了很多文件一般 cmake 的安装路径会写在 cmake_install.cmake 文件中，默认应是在 /usr/lcoal 中常用的选项-DCMAKE_INSTALL_PREFIX= 指定安装路径，相当于

2020-11-20 09:17:34 929

原创 gcc.8.3 出现 cannot find ‘ld‘ & 安装 binutils-2.31

在使用 mvapich2 和 gcc 8.3 编译软件时出现了 cannot find ‘ld’ 的错误，经过排查发现是系统库里的 binutils 软件包版本太低，所以只能重新安装个高版本的 binutils下载安装 binutils-2.31$ wget https://ftp.gnu.org/gnu/binutils/binutils-2.31.tar.gz$ tar zxf binutils-2.31.tar.gz# 使用 gcc -v 查看下 gcc 的安装配置，我的配置如下使用内

2020-11-10 09:28:05 1713

原创 python 3.7.7 环境中安装 PyNIO

今天在安装 pynio 的时候发现，如果使用 conda 安装会提示你 pynio 只能在 python 2.7.x 的环境中安装而使用 pip 则直接提示没有 pynio于是只能通过源码来编译 pynio下面写几点需要注意的地方$ git clone https://github.com/NCAR/pynio.git$ cd pynio# 如果你没有安装 numpy 请先安装 numpy$ pip install numpy$ python setup.py install在编译的最

2020-11-03 15:22:13 4726 7

原创 amber 16 安装

从官网下载好 amber16 以及 amber16Tools 的安装包安装串行版本$ tar xjf amber16.tar.bz2$ tar xjf amber16Tools.tar.bz2# 这一步会将两份文件解压到一个文件夹 amber16 中$ cd amber16$ ./configure --skip-python intel # 我这里使用 intel 编译器且不需要 python 组件，你可以选择 gnu 以及去掉 --skip-python 选项等等$ source am

2020-10-29 15:50:05 989

原创 deepin 15.11 安装最新版微信（3.0.0）

参考了网上一些方法，不过大多数都是旧教程，下面直接开讲安装 Wine 5.0先卸载旧版的 Wine如果当前的系统中已经安装有 wine, 但版本不是 5.0, 可以考虑先卸载再安装（否则可能提示无法安装 5.0 版本）。卸载方式如下 :$ sudo apt-get --purge remove wine wine32 wine64安装 5.0 版 wine根据系统版本选择相应的配置下载，基本流程一致:添加仓库在 /etc/apt/sources.list 文件下添加仓库$ sudo v

2020-10-21 10:49:08 2151 2

原创 LAPACK 动态库安装

安装包直接从官网下载即可，下面只介绍安装步骤一般来说软件或库的安装只需要编译静态库的 lapack 和 blas 就可以了，今天在安装 QUIP 时竟然必须使用 lapack 动态库才能成功，否则一直安装失败$ cd lapack-3.8.0$ mkdir _build$ cd _build$ cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=RELEASE -DBUILD_SHARED_LIBS=ON$ make如果你使用的是 make 直接安装只会生成libblas.a等静态库，

2020-10-20 16:40:21 3303

原创各类国外软件国内下载镜像合集

Github网上之前盛传的修改 host 方法似乎并没有什么用，下面提供几个告诉下载、clone 的方法chrome 插件：Github 加速和 Gitzip from github油猴插件： github 增强 - 高速下载pip最直接的方法，在 pip install xxx 后面加上-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple some-package例如：$ pip install numpy -i https://pypi.tuna.

2020-10-16 11:00:17 2242

原创 nest-simulator 安装教程

NEST 是用于强化神经网络模型的模拟器，其重点是神经系统的动力学，大小和结构，而不是单个神经元的确切形态。NEST 的发展由NEST 计划协调。NEST 非常适合任何大小的尖峰神经元网络，例如：信息处理模型，例如哺乳动物的视觉或听觉皮层网络活动动态模型，例如层状皮层网络或平衡随机网络学习和可塑性的模型NEST 在 Linux 下的安装流程比较简单，主要是要注意一些编译选项下载$ git clone https://github.com.cnpmjs.org/nest/nest-simul

2020-10-10 09:54:36 1757 4

原创 Linux 下 R 安装 mxnet （每个坑都踩，哭了）

目前为止我见过最恶心最恶心的软件包，没有之一，先上一个安装成功的图先吐槽一波，想直接看过程的往下翻谢谢点击官网看了一下 Linux 下只能通过源码编译，当你兴致冲冲的看完 build from source 后准备看看如果生成 R 包，https://mxnet.apache.org/get_started/build_from_source#install-the-mxnet-package-for-r ，好家伙，链接都不带跳转一下的，好吧，那我先做第一步好了。从官网下载好 apache-mxnet-

2020-09-27 17:02:11 1265

pylion 源码安装包

7.1_stable.tar.gz

lammps-stable_29Oct2020.tar.gz

空空如也