python
Hao222222222222
这个作者很懒,什么都没留下…
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Flask开发(1)
准备做网站了,一开始打算直接用wordpress,然后放到亚马逊云上面但是被老板鄙视了,问了我一大堆问题我都不会他说可以找台不用的电脑整天开着,或者放到学院的服务器上,主要是这样就不用花钱了呗我觉得技术上是可行的所以我要自己写代码了先从flask开始学起申请了一个域名叫做 www.43493.me 21块钱一年,狗爹网买的,不贵。但是两年就要100多是为啥呢我用原创 2017-04-17 21:08:57 · 359 阅读 · 0 评论 -
基于NCBI的blast小程序
第一次尝试用markdown来写博客 很新鲜的感觉任务首先老板给我一个任务 把一堆序列给我,让我比对,找出他们当中和cilia最为相关的。 是fasta格式的。解决方案1人工高通量 就是把它们上传到NCBI网站上,然后比对。 然后挨个点开看它们的结果,网速慢的话很让人抓狂解决方案2本地blast 这需要一台不错的电脑,我自己的固态硬盘一共才240G。我可以用我们的服务器,但是当原创 2017-05-16 09:50:38 · 3139 阅读 · 2 评论 -
flask开发(2)
################git 的问题,无法切换分支了$ git checkout 1aerror: Your local changes to the following files would be overwritten by checkout: hello.pyPlease commit your changes or stash them bef原创 2017-06-24 10:39:44 · 1740 阅读 · 0 评论 -
生信脚本练习(9)合并文件 ②
这个练习也是合并文件,但是只是合并两个文件这是样本信息:MegaID Chr Star Ref Alt Depth170602C304 1 861302 G A 635170602C304 1 906303 G T 290170602C304 1 985841 C T 56170602C304 1 985866 A G原创 2017-08-07 19:55:34 · 586 阅读 · 0 评论 -
生信脚本练习(6) 求read每个位点的cg分布
这是另外一题,也是cg含量, 但是是求一个fastq文件中每个read位点的cg分布情况 这个解法是逐行读取文件,比较优雅number = {}buffer = 200for i in range(buffer): kkk = i number[kkk] = 0 with open("Test1.fastq","r") as f: li原创 2017-08-07 19:35:53 · 712 阅读 · 0 评论 -
生信脚本练习(12)求fasta文件各序列长度并统计作图
题目要求是要从一个fasta文件中统计出每条序列的长度分布,并作图。代码如下:import osimport getpassimport matplotlib.pyplot as pltusr = getpass.getuser()os.chdir('c:/Users/' + usr + '/Desktop')seq_len = {}# 把fasta文件全部读取做成字典,键是带‘>’的那原创 2017-08-20 17:19:37 · 6378 阅读 · 1 评论 -
生信脚本练习(8)合并文件 ①
这道题有难度,要把这三个文件合并到一起。文件一1 161514631 T C|0.132632|(272,140,47,16)2 222301193 A C|0.078624|(260,115,23,9)3 89259567 A C|0.043716|(200,150,8,8) 4 55979552 G A|0.211921|(236,12原创 2017-08-07 19:46:03 · 678 阅读 · 0 评论 -
生信脚本练习(10)找出fasta文件中最长的转录本
>TRINITY_DN3760_c0_g2_i1 len=284 path=这是一个一个fasta文件的示例。 这个文件中,TRINITY_DN3760_c0_g2是基因名。 没错,TRINITY_DN3760_c0_g2和TRINITY_DN3760_c1_g2是不同的基因。 而i1,i2是不同的转录本,现在要找出一个基因唯一最长的那个转录本,短的都不要。# 17.8.11 import原创 2017-08-14 20:31:48 · 6903 阅读 · 1 评论