生信脚本练习(10)找出fasta文件中最长的转录本

这篇博客介绍了如何在fasta文件中通过脚本找出每个基因的最长转录本,强调了基因名与转录本的区别,并提供了解决思路,即使用字典记录基因及其对应的转录本,并通过max()函数确定最长转录本。
摘要由CSDN通过智能技术生成

这里写图片描述

>TRINITY_DN3760_c0_g2_i1 len=284 path=

这是一个一个fasta文件的示例。
这个文件中,TRINITY_DN3760_c0_g2是基因名。
没错,TRINITY_DN3760_c0_g2和TRINITY_DN3760_c1_g2是不同的基因。
而i1,i2是不同的转录本,现在要找出一个基因唯一最长的那个转录本,短的都不要。

# 17.8.11 
import os
import re
os.chdir("c:/")
def readfasta(filename):
    fa = open(filename, 'r')
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要将一个多序列的fasta文件合并一个以">"开头的序列,可以按照以下步骤进行操作: 1. 首先,找到fasta文件以">"开头的目标序列的标题行和序列行。这可以通过查找文件以">"开头的行来实现。 2. 将目标序列的标题行和序列行提取出来,并保存为一个新的fasta文件。 3. 如果需要合并多个fasta文件的目标序列,可以重复上述步骤,将每个fasta文件的目标序列提取出来,并添加到同一个新的fasta文件。 请注意,合并fasta文件时,需要确保每个序列的标题行以">"开头,并且序列行没有换行符。另外,合并后的fasta文件应该符合fasta格式的规范。 希望这个回答对您有帮助!\[1\]\[2\] #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [一条命令实现fasta序列多行变单行](https://blog.csdn.net/weixin_44022515/article/details/104257520)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *3* [C#,生信软件实践(03)——DNA数据库GenBank格式详解及转为FASTA序列格式的源代码](https://blog.csdn.net/beijinghorn/article/details/130487663)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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