生物信息脚本练习（3）gb文件转换

最新推荐文章于 2021-08-05 21:51:55 发布

Hao222222222222

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分类专栏： bioinfo 文章标签：脚本生物

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本文链接：https://blog.csdn.net/hxoxh/article/details/76388700

版权

本文介绍了一个将genebank（GB）文件转换为FASTA格式的脚本实例，具体涉及从NCBI获取特定序列并进行转换。虽然当前脚本针对单个GB文件且基于序列行数切片，但文中提及存在使用正则表达式实现更通用方法的可能性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

这是个genebank的序列文件

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000012.12?report=genbank&from=25204789&to=25252093&strand=true

这个文件需要转换成fasta格式的文件，脚本如下：

import re
output = open("data3.txt","w")  
with open("sequence.gb","r") as f:
    read = f.readlines()
title = read[0]
t

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这是个genebank的序列文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000012.12?report=genbank&from=25204789&to=25252093&strand=true这个文件需要转换成fasta格式的文件，脚本如下：import reoutput = open("data3.txt","w") with open("
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