我的第一次RNAseq分析

从师姐那儿拿到了整个大概的protocol

0. 预处理。  将公司给的fastq格式的文件变成clean.fastq。去掉一些不合格的reads

1.比对。 运用以下命令生成一个参考基因组。我有师姐之前留下的基因组文件，名叫GCF_000002035.5_GRCz10_genomic.fna，我也不知道这是个什么格式。从ensemble上下载的目标基因组是.fa格式的。

cd /public/home/iemb315/Danio_genome
/public/opt/sc/program/STAR-STAR_2.4.1c/source/STAR \
--runThreadN 12 --runMode genomeGenerate --genomeDir ./ \--genomeFastaFiles ./GCF_000002035.5_GRCz10_genomic.fna
得到：

[iemb315@node100 ~/Danio_genome]$ls -shl
total 15G
   0 -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315    0 Mar  6 22:23 Aligned.out.sam
8.0K -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315 6.2K Mar  8 09:56 chrLength.txt
 24K -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315  22K Mar  8 09:56 chrNameLength.txt
 16K -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315  16K Mar  8 09:56 chrName.txt
 12K -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315  12K Mar  8 09:56 chrStart.txt
1.3G -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315 1.3G Mar  6 21:51 GCF_000002035.5_GRCz10_genomic.fna
1.6G -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315 1.6G Mar  8 10:30 Genome
4.0K -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315  538 Mar  8 09:55 genomeParameters.txt
   0 -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315    0 Mar  6 22:23 indexForCFpe100.log
104K -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315 104K Mar  8 10:30 Log.out
   0 -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315    0 Mar  6 22:23 Log.progress.out
4.0K -rw------- 1 iemb315 iemb315  234 Mar  6 22:23 nohup.out
 11G -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb315  11G Mar  8 10:30 SA
1.5G -rw-rw-r-- 1 iemb315 iemb31