TopDom找TAD

1.根据bin的上游与下游的互作情况计算出$bin(i)$的$binsignal(i)$,公式如下：

$conf.frep$表示两个bin之间的互作频率；
2.找拐点：根据每个bin的$binsignal$用分段函数拟合出所有bin的主要趋势，函数表达式为 $F_j=L_j-E_j$，其中$L_j$是线的长度，$E_j$是拟合的残差；因此这就可以看出不是长度越长越好，要还要考虑残差的影响；从起点开始出发后，当我们发现有比当前更好的点，就更新线；当没有时，就保留当前的线。
3.找局部最小点：然后我们需要找到局部最小点，它们通常有两个特征：1）先下降后上升；2）相邻两个拐点间区域最小；
4.假定$bin_i$，我们定义其上游区域内的互作和下游区域内的互作为$' within.interactions'$的互作，上游与下游之间的互作为$'between.interactions'$，我们用秩和检验检验两者得到P-value;
5.再通过计算每两个bin之间的互作频率，然后根据在这个遗传距离上的所有互作频率算出标准化的值；
6.筛选出带有P-value<0.05的局部最小值点就是TD的边界点，然后划分出TD。
文献：

Shin H, Yi S, Chao D, et al. TopDom: an efficient and deterministic
method for identifying topological domains in genomes[J]. Nucleic
Acids Research, 2015, 44(7):e70-e70.]
(https://academic.oup.com/nar/article/44/7/e70/2467818/TopDom-an-efficient-and-deterministic-method-for)
软件网址（http://zhoulab.usc.edu/TopDom/）