plink格式的坑

最新推荐文章于 2024-03-01 13:38:54 发布
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plink格式的坑1

当我使用plink格式文件通过emmax进行全基因组关联分析后，想看基因型与表型之间的正负关联关系。于是，我天真的认为基因型tped文件中的“2 2”就是1/1，“1 1”就是0/0。结果对应到vcf文件中，发现怎么着都对不上，然后我通过仔细研究bfile的bim格式文件，明白plink在转12基因型时，将第一个出现的等位基因视为1，第二次出现的视为2。也就是说22不一定是啥，可能是0/0，也可能是1/1。因此，如果想找基因型与表型的关系，还是看vcf文件吧！

hzau_yang
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plink 使用手册
02-04
基因型数据的数据格式转换,plink是一个免费的全基因组关联分析，其分析的基础是基因型数据和表型数据，通过整合gplink和Haploview，使的结果可视化。（PLINK (1.07) Documentation 英文）
plink的文件格式
ziixiaoshenwang的博客
09-09 2411
plink文件格式介绍
PLINK-GWAS学习1------了解数据格式
sweet_yemen的博客
08-18 1242
这个文章是学习与踩坑记录，包括一些处理流程以及遇到的坑的解决方法。
plink格式文件的介绍及相互转换
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hucy_Bioinfo
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Plink常用的文件格式有两套：map/ped 和 bim/fam/bed。两组文件均没有列名，且每一列表示的意思是一定的。几种格式之间可以相互转换。推荐使用BED/BIM/FAM这种格式，读取速度快。
plink常用文件格式转换
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03-01 504
记录变异位置信息第一列 染色体编号第二列 SNP名称第三列 遗传距离第四列 snp物理位置。
plink.exe程序包
07-08
plink
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07-23
plink.exe
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06-14
标题中的“plink一键下载”指的是在Windows操作系统中获取并使用PLink工具的过程。PLink是PuTTY套件的一部分，PuTTY是一个免费的SSH、Telnet和Serial客户端，广泛用于远程登录和管理Linux或Unix服务器。 **PLink的...
plink.exe 工具
08-22
通过plink可在windows下实现远程自动登录服务器并执行命令！
生信分析预处理：plink两种格式识别与转换
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11-16 1468
生信分析预处理：plink两种格式识别与转换 文件格式1 bed fam bim 是一组的： bed bed文件采用二进制的方式保存文件，代表的数据意义和其他两个文件对应； bim 1.第一列是染色体信息 2.第二列是snp的名字 3.第三列是摩尔距离，文件中说可以用0，没关系 4.第四列是物理距离 5.第五列是次要等位基因 6.第六列是主要等位基因 举例： fam 举例： 文件格式2 ped 和 map 是一组的 ped 举例 每一行是一个个体，前六列是固定的，从第七列开始后面就是每个snp
菜鸟生信学习第三节笔记：plink常用功能
jxm的博客
05-03 1万+
由哈佛大学的Shaun Purcell开发的一个免费，开源的全基因组关联分析软件。1.数据提取，合并、提取特定SNP、样本、基因组某段区域的基因型3.；2. 数据（计算样本杂合度和SNP位点杂合度、最小等位基因频率MAF）3. 格式转换；4. 遗传参数4.1 计算最小等位基因频率4.2 计算杂合度4.3 计算LD、过滤R24.4 计算亲缘关系IBS，构建G矩阵；4.5 计算近交系数 ( 统计样本ROH)；5. PCA6. plink将关联分析结果里的SNP注释：参考。
NGS基础---Plink文件格式ped/map和bed/bim/fam
cfc424的博客
09-08 8785
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plink把ped、map转换成bed、bim、fam二进制文件时发生的错误
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10-05 1026
ped中的ATCG必须是双等位且与map中的行数相等，例如map中有10行，则ped中必须有10对ATCG.
GWAS中常用格式“ped/map”和“tped/tfam”
Larkin_0612的博客
01-19 3345
GWAS需用文件格式ped/map和tped/tfam介绍
将 impute 之后的文件转化为 tped 的 plink 格式
jcg519的博客
11-11 2029
#/usr/bin/python #!-*- coding:utf-8 -*- #--author--=='cjiang' ##############trans the impute  file to tped file ######  ############## the impute file ########## ''' --- rs149630736:
GBS hapmap 格式 转化为Plink格式：tassel vcftools方法汇总
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07-31 4764
参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境：linux系统 2. 安装软件 首先，要安装anaconda或者miniconda，然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法： https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel git clone https...
如何运行plink软件--三种方法
邓飞----育种数据分析之放飞自我
06-08 8805
有小伙伴问我：同样的问题还有：你以为plink软件像word或者Excel一样？或者你以为plink软件像Python或者R语言一样？它只是一个软件，一个只能在命令行添加参数的软件，没有图形界面，没有快捷方式，不能用鼠标点击的软件。现在我提供三种方法，来运行plink软件。首先是下载软件：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/ 下载到本地，解压即可。比如windows系统，解压下如下：很多人都是先在windows键找到cmd，然后再进入相关文件夹，其实有个简单的方法：
GWAS - 基因型与表型的关联分析流程
upyours00的博客
06-21 1万+
这里介绍的SNP数据与单一表型的相关分析流程 一、准备plink文件 ped和map文件转换为bed、fam、bim plink --file mydata --out mydata --make-bed mydata为ped和map的文件名，不需要加后缀 make-bed表示生成plink可以处理的二进制文件 二、准备表型文件 表型文件.pheno 前两列是FID and IID，第三列是表型Phenotype。 如果准备了表型文件，那么运行plink的同时会忽略原来 .fam 里的表型。 假如有多种表
plink示例学习
Mistletoe-Sachel
09-30 1128
安装好的plink带有一个Demo，输入下面语句执行： ./plink --file toy --freq --out toy_analysis --file 代表输入文件，只需要输入文件的前缀即可。 Input data : '--file toy' tells PLINK to use the genomic data in the text files toy.ped and toy.map. --freq 表示要进行运算，这里指的是统计等位基因的频率。 Calculati..
怎么用plink软件进行vcf格式转为ped格式
03-26
Plink可以将VCF格式的文件转换为PED格式的文件。以下是步骤： 1. 下载和安装Plink软件，打开命令行界面。 2. 将VCF文件输入到Plink命令中：plink --vcf yourfile.vcf --make-bed --out yourfile。 3. 创建PED文件：plink --file yourfile --recode --out yourfile。 4. 将输入文件进行样本的过滤或者提取，修改不同的参数，例如：plink --file yourfile --keep my_samples.txt --recode --out my_samples。 注意：在进行任何文件格式转换时，请确保备份好原始文件。

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