plink做SNP筛选和GWAS

1.vcf转ped/map:

plink --vcf spirits.recode.vcf --recode --out test

2.统计每个snp的MAF，并将maf < 0.05; miss > 0.2的SNP筛选出来并过滤掉。

plink --file 513lines_4429snps_110506 --freq --out test
plink --file 513lines_4429snps_110506 --maf 0.05 --geno 0.2 --out test --recode

3.针对508lines_traits.txt文件中的性状进行全基因组关联分析
用excel编辑获取fid，iid文件以及表型文件：
选择个体文件：
1 L1
2 L2
3 L3
4 L4
5 L5
6 L6
7 L7
8 L8
9 L9
10 L10

FID     IID     T1      T2      T3
1       L1      4.5514  4.0234  1.5055
2       L2      2.4888  2.2576  1.4878
3       L3      4.9849  3.413   1.1411
4       L4      7.9829  5.8398  1.31127
5       L5      1.7586  3.088   1.7824
6       L6      2.2273  4.0377  1.943
7       L7      8.1565  4.6783  0.6993
8       L8      2.8122  3.6162  1.33192
9       L9      2.3489  4.4685  1.9838

命令：

plink --bfile test --keep keep.txt --recode --out use_test
plink --allow-no-sex --file use_test --pheno phe.txt --assoc --adjust --all-pheno --out test

生成.qassoc.adjusted，.qassoc，分别是校正p值和原始p值