科学编程系列之 04 JAX势能计算，如何计算两个原子之间的 Lennard-Jones 势？使用JAX基于python进行分子动力学展示（教程含源码）

简介

两个原子之间的 Lennard-Jones 势由以下方程定义：

其中，V®是势能与两个粒子之间的距离的关系r。ε参数是势阱的深度，表示吸引力的强度。σ参数是粒子间电位为零的有限距离，表示原子的有效直径。第一项描述在较长距离占主导地位的范德华吸引力，第二项解释由于电子轨道在非常短的距离内重叠而产生的泡利排斥力rcut。是截止半径，超过该半径电位将被视为零。截止通常用于限制相互作用的范围，以提高效率和物理精度。

对于粒子系统N，总势能U是所有粒子对的成对相互作用的总和，如下所示：

其中，是原子与原子rij之间的距离。我们必须确保每对粒子只考虑一次（不重复计算），并且忽略自相互作用。ij

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