- 博客(4)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 批次校正-单细胞转录组分析批次效应的校正scRNA-02
而批次效应，就是因为每个批次的实验方法等不同造成同一个类型的细胞的某些（非细胞类型的关键基因）基因表达量存在较大的差异，使得在聚类可视化的时候，明明是同一个类型的细胞，却因为批次没有聚在一起。那么我们对这些同学进行分类（单细胞转录组细胞分群），就是根据他们的这些特征情况，计算每个同学之间的相似性，比如肤色相同的同学更相近，如果在肤色相同的情况下，他们的体重也相近，那么他们的关系就更加接近...对于单细胞转录组分析来说，每个细胞就是每个同学，每个特征就是每个基因。什么是单细胞转录组分析的基因表达模式呢？
2023-08-31 16:48:24
206
原创 深度学习第一天（01）
随着神经网络技术的发展，在生物信息分析领域引入了深度学习方法首先，什么是神经网络呢？膝跳反射告诉我们：1、不同的神经元，各司其职，它们会接收外界的信息，并且做出反应2、神经元之间会相互交互，而且不总是通过大脑中枢神经来中转信息喝水判断水温是否合适告诉我们：3、神经元，不是对所有外界的消息都会立即反应的，它会存在一个阀值，信息超过了阀值，它才会激活，没有超过阀值，它就处于睡眠状态捡起钞票与对树叶不理不睬告诉我们：4、神经元，不是对外界所有的信息都会做出反..
2021-11-22 15:55:22
785
原创 linux脚本中的循环数组更新问题
arr_1=(0)arr_2=(0)echo ${arr_1[*]}sed -i 's/^M//g' datasets_listcat datasets_list|while read line #循环开始doarr=(${line//\\t/})cdna=${arr[1]}cdna1=$(find $cdna|xargs ls -Rd|grep 1.fq.gz)cdna2=$(find $cdna|xargs ls -Rd|grep 2.fq.gz)arr_1=("${arr_1[.
2021-11-16 10:32:16
724
1
原创 Rstudio与python的连接，使用Seurat的runumap函数时的一系列问题
生物信息初学者rstudio中的疑问刚开始接触单细胞测序分析，学习Seurat的基本流程时，到了非线性降维分析这一步时，遇到了诸多的麻烦；在Seurat里会用到RunUMAP（）函数，这个函数的应用需要一个python环境的搭建。首先下载了anaconda这个软件，进行虚拟python环境的搭建：1.选择Create,新建一个python环境，默认选择Python版本2.在右侧的菜单里选中not installed，搜索以下的包并一一安装这些包是UMAP的官方文档中要求搭建的Py
2021-06-22 19:34:33
1260
2
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人