生物信息初学者rstudio中的疑问
刚开始接触单细胞测序分析,学习Seurat的基本流程时,到了非线性降维分析这一步时,遇到了诸多的麻烦;
在Seurat里会用到RunUMAP()函数,这个函数的应用需要一个python环境的搭建。首先下载了anaconda这个软件,进行虚拟python环境的搭建:
1.选择Create,新建一个python环境,默认选择Python版本
2.在右侧的菜单里选中not installed,搜索以下的包并一一安装
这些包是UMAP的官方文档中要求搭建的Python基本环境所需要的包,到这里几乎就有了一个基本的python环境;
回到Rstudio,打开上方菜单的tools,在tools中选中全局配置,在全局配置中选中python配置,选择刚刚搭建的python环境;
install.packages("tensorflow")
install.packages("reticulate")
library(tensorflow)
library(reticulate)
use_condaenv("r-reticulate")#使用以上搭建的r-reticulate(也在anaconda中可以配置的)的python环境
py_install(packages='umap-learn')
代码运行至此,都没有报出什么错误,然而到了真正要用的函数时,代码出现了问题:
Rstudio提示没有RunUMAP()函数,查看了许多的文档和方法,找不到解决的办法......