Rstudio与python的连接,使用Seurat的runumap函数时的一系列问题

生物信息初学者rstudio中的疑问

刚开始接触单细胞测序分析,学习Seurat的基本流程时,到了非线性降维分析这一步时,遇到了诸多的麻烦;

在Seurat里会用到RunUMAP()函数,这个函数的应用需要一个python环境的搭建。首先下载了anaconda这个软件,进行虚拟python环境的搭建:

1.选择Create,新建一个python环境,默认选择Python版本

2.在右侧的菜单里选中not installed,搜索以下的包并一一安装

这些包是UMAP的官方文档中要求搭建的Python基本环境所需要的包,到这里几乎就有了一个基本的python环境;

回到Rstudio,打开上方菜单的tools,在tools中选中全局配置,在全局配置中选中python配置,选择刚刚搭建的python环境;

install.packages("tensorflow")

install.packages("reticulate")

library(tensorflow)

library(reticulate)

use_condaenv("r-reticulate")#使用以上搭建的r-reticulate(也在anaconda中可以配置的)的python环境

py_install(packages='umap-learn')

代码运行至此,都没有报出什么错误,然而到了真正要用的函数时,代码出现了问题:

Rstudio提示没有RunUMAP()函数,查看了许多的文档和方法,找不到解决的办法......

 

 

 

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