Combine xml files into xls(for TCGA clinical data) on MacOs
去TCGA官网搜索你想要的数据关键词并把xml添加购物车。
例如我搜索LIHC
进入界面之后下拉
下载三个文件,分别是 gdc-client,gdc-manifest和metadata
3.把三个文件放到一个新的文件夹里比如我的是TCGAdata1,打开终端运行以下命令(manifest和metadata需要替换)
等待下载完成,下载完成之后再次使用终端 使用cd 命令进入刚才的文件夹,运行以下命令,将所有的xml文件提取出来生成一个新的文件夹 total在
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2021-07-27 16:35:55 ·
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