vioplot

这篇博客展示了如何利用R语言的vioplot库进行数据可视化,特别是在比较正常和肿瘤样本中不同免疫细胞比例时的应用。通过读取数据、设置图形参数并循环绘制vioplot,博客详细解释了如何添加统计测试结果,并呈现了显著性差异。
摘要由CSDN通过智能技术生成

library(vioplot)
setwd("/Users/elijah/Desktop/23.vioplot")        
normal=96                                                 
tumor=89                                                     

rt=read.table("/Users/elijah/Desktop/23.vioplot/CIBERSORT.filter.txt",sep="\t",header=T,row.names=1,check.names=F)   #读取输入文件

#pdf("vioplot.pdf",height=8,width=15)            
par(las=1,mar=c(10,6,3,3))
x=c(1:ncol(rt))
y=c(1:ncol(rt))
plot(x,y,
     xlim=c(0,63),ylim=c(min(rt),max(rt)+0.02),
     main="",xlab="", ylab="Fraction",
     pch=21,
     col="white",
     xaxt="n")

#对每个免疫细胞循环,绘制vioplot,低TMB用绿色表示,高TMB用红色表示
for(i in 1:ncol(rt)){                 #for 1 到 22 列
  if(sd(rt[1:normal,i])==0){          #如果从

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