Combine xml files into xls(for TCGA clinical data) on MacOs
去TCGA官网搜索你想要的数据关键词并把xml添加购物车。例如我搜索LIHC进入界面之后下拉下载三个文件,分别是 gdc-client,gdc-manifest和metadata3.把三个文件放到一个新的文件夹里比如我的是TCGAdata1,打开终端运行以下命令(manifest和metadata需要替换)等待下载完成,下载完成之后再次使用终端 使用cd 命令进入刚才的文件夹,运行以下命令,将所有的xml文件提取出来生成一个新的文件夹 total在
复制链接