纪念下在googlecolab上为一个项目配置环境的经历

写代码的二次猿

已于 2022-02-27 15:18:44 修改

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文章标签： pytorch linux 人工智能

于 2022-02-25 14:27:38 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/imqyt/article/details/123131683

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此前读到一篇药物靶点亲和度预测的文章，决定复现下试试，不料环境极其难配置，尤其Rekit这个库包，配了3天仍然出错。记录下过程。

第一步安装Anaconda环境：

!wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py37_4.9.2-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-py37_4.9.2-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-py37_4.9.2-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit==2020.09.2

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

我用的是python=3.7的环境

第二步：安装torch

!pip install networkx
!pip install torch
!pip install scipy
!pip install torch_sparse
!pip install torch-cluster
!pip install torch-spline-conv
!pip install torch_scatter
!pip install torch_geometric

对于后面的四个软件包，本来我用官网的命令一起安装的，而且安装成功，但仍然说我没安装

!pip install torch-scatter torch-sparse torch-cluster torch-spline-conv torch-geometric -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.10.0+cpu.html

很无奈，就一句一句安装，

部装完了，终于好了，这个时候，一件悲催的事，colab不分配GPU给我了，我屮艸芔茻

补充查看版本以及是是否可用

import torch
print(torch.__version__)
print(torch.cuda.is_available())

!pip install "/content/torch_cluster-1.5.9-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl"
!pip install "/content/torch_scatter-2.0.9-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl"
!pip install "/content/torch_sparse-0.6.12-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl"
!pip install "/content/torch_spline_conv-1.2.1-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl"