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原创 从零开始用docker做新冠病毒基因组数据质检
首先从NCBI上,随便下载一个新冠病毒基因组原始数据:SRR18893768.fastq。从容器中拉出结果,再用filezilla传回本地,可以用浏览器打开html文件看质控结果。中搜索“fastqc”,复制页面右边的Docker Pull Command。用filezilla将这个文件上传到linux系统的云服务器。Ctrl+P+Q退出容器后,输入。ctrl+P+Q 退出容器。运行镜像,创建容器并进入。
2022-09-27 17:20:02 370
原创 docker进入images 查看images目录
生信分析中fastqc不是一个持续运行的软件,而且需要在软件根目录中运行,所以如果需要用docker运行fastqc,就需要进入fastqc镜像的根目录。运行biocontainers/fastqc:v0.11.9_cv8这个镜像,创建容器,进入容器。exit是退出且停止容器 或者Ctrl+P+Q退出且保持容器运行。进入f94d2c317477这个容器。
2022-09-23 11:37:14 1557
原创 ubuntu升级重启指令
由于更新系统需要用到管理员权限,因此要么使用"su -"直接切换到root用户下,然后再更新。输入sudo apt update,低于16.04版本的ubuntu输入sudo apt-get update,然后回车输入用户密码。然后使用sudo apt upgrade进行更新操作。这一步根据你的网络状况以及需要更新的软件数量的不同,花费的时间也不同。根据提示,可以看看有哪些可更新的软件:apt list --upgradable。此时以普通用户身份登录。更新完成之后会有一些不需要的旧组件需要清除。
2022-08-22 10:47:35 320
空空如也
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