从零开始用docker做新冠病毒基因组数据质检

已于 2022-09-27 17:45:18 修改
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文章标签： docker ubuntu
于 2022-09-27 17:20:02 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/iq1009/article/details/127073503
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本文介绍如何从零开始使用Docker在Ubuntu服务器上进行新冠病毒基因组数据的质量检查。通过下载NCBI的数据，上传到服务器，安装Docker，拉取FastQC镜像，运行容器，并将数据拷贝进容器进行质检。最后，导出质检结果并返回本地查看。这种方法避免了环境配置的复杂性，但频繁的数据传输增加了操作难度。
摘要由CSDN通过智能技术生成

首先从NCBI上，随便下载一个新冠病毒基因组原始数据：SRR18893768.fastq
在这里插入图片描述

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用filezilla将这个文件上传到linux系统的云服务器。
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安装docker
在dockerhub中搜索“fastqc”，复制页面右边的Docker Pull Command
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在服务器中输入

docker pull staphb/fastqc#下载fastqc镜像

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