Bioconda安装与使用

个人学习笔记，转载链接如下：
作者：Hypdoctor链接：http://www.jianshu.com/p/b42e5d8127db

Bioconda是一个自动化管理生物信息软件的工具，就像APPstore、360软件管家一样。
Bioconda的优点是安装简单，各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离，非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境

下载和安装miniconda
bioconda的使用首先需要安装miniconda
(从中科大源安装miniconda3最新版)

wget https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下载完成后，在终端键入bash命令进行安装：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

之后按照提示点击回车，输入要安装的位置，或者输入yes
输入yes后，还没有完成最后安装，还需要source一下：

echo "export PATH=$HOME/Miniconda3/bin:"'$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc　　

输入“conda list”来查看已经安装的软件：

添加channels

conda config --add channels conda-forge　　　
conda config --add channels defaults　　　
conda config --add channels r　　　
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

先添加的channel优先级靠后，故最后添加清华bioconda源地址，然后是中科大源，最后为官方源。
科大有bioconda源了 ，可以将其优先级设置为最高
目前只有清华的源可以用，可以暂时删除科大bioconda源（20190731）
conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 删除channel

查看已经添加的channels：

conda config --get channels

创建名为bioinfo的环境

conda create -y --name bioinfo python=3

激活bioinfo环境

source activate bioinfo

更新miniconda

conda update conda

卸载miniconda　　　　删除miniconda的整个文件夹：
rm -rf ~/miniconda
#这个命令不靠谱，需要去root文件夹中确认要删除的miniconda文件夹的名称,从环境变量中去掉miniconda：打开~/.bashrc文件，删掉最下面的miniconda的路径，关闭并保存

5.利用Bioconda安装生物信息软件
要通过conda安装软件，首先从这里（https://bioconda.github.io/）查找该软件是否被conda支持。如果支持，只需输入以下命令即可安装：

conda install fastqc（软件名）

curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt | xargs conda install -y
用list进行安装会出bug，可以手动安装，一个一个来。biostar里面提供的软件不是很合适，可以自己调整。

安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置：或者再次查看已安装软件列表“conda list”

conda默认安装软件的最新版本，如果想安装指定版本的某个软件，可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本

星号标记的表示是已经安装的版本。要安装其他版本，输入：

conda install 软件名=版本号

这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。

更新指定软件：

conda update 软件名

卸载指定软件：

conda remove 软件名

创建环境

conda create -y --name wes python=3

查看系统中已有的环境

conda info -e 
conda env list

删除某个环境(名为name的环境)

conda remove -n name --all