fMRI
Iris_bysshqx17
这个作者很懒,什么都没留下…
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神经影像(核磁共振)概念及数据分析学习
一、神经影像数据是什么?以前的医生检查人有没有病,可以看气色,有没有外伤,有没有鼻歪眼斜,口角流涎之类的现象,然后再把个脉,根据心跳和气运行的顺畅来判断身体哪里出现了问题。但是这些方法难以得到直观的身体内部的情况。毕竟不是人人都像尝百草的神农有一个透明的肚子。后来人们发现,通过声波或者光波透过不同物体后消减或反射回来的量的不同可以区分不同的物体。于是一些隔墙观物的影像学技术就得到了发展。而神经影...原创 2019-07-25 21:53:36 · 6472 阅读 · 1 评论 -
GRETNA使用流程
准备首先,我是从GRETNA的Github官网上下载的GRETNA-master这个版本。其次,安装的方法就是解压,然后把解压的文件夹添加到matlab的路径中,注意路径不要有中文,特殊符号或者空格。第三,我没有使用GRETNA来做数据的预处理。作为参考我的预处理是通过SPM12和DPARSF来完成的。最后使用的文件夹FunImgARWSDCF中每个被试一个文件夹,一个文件夹中一个Filte...原创 2019-09-16 19:34:49 · 13658 阅读 · 11 评论 -
预计的数据分析流程以及一些问题
1.数据预处理(到smooth)SPM12 (去掉前10层,时间层校正,头动校正,功能像结构像对齐,结构像分割,Normalise到标准空间,Smooth)2.数据预处理之detrend和filter,回归掉CSF和WM的协变量,然后用Scrubbing去头动伪迹,24PF去头动伪迹GRETNA(大概需要整理一下文件夹的结构,所以这个软件需要的文件夹结构是怎样?)或者DPARSF或者...原创 2019-09-09 21:38:35 · 4617 阅读 · 2 评论 -
FSL预处理功能像数据
简介FSL和AFNI以及SPM一样,是一款常用的神经影像数据处理软件。目前FSL已经出到6.0版本,我们可以通过FSL的官网来学习如何安装和使用FSL。这里是官方的安装指导页面。要注意的是,FSL的安装是基于Python2的,并且FSL需要运行在Linux系统上。使用windows的用户可以通过虚拟机,双系统或者像我一样在移动硬盘上装一个Linux系统来使用FSL。关于功能磁共振图像的预处理...原创 2019-09-05 23:14:34 · 8064 阅读 · 7 评论 -
ICA-AROMA 使用攻略
ICA-AROMA是什么ICA-AROMA是一种用来去除静息态功能磁共振(rfMRI)和任务态功能磁共振(fMRI)中的头动噪声的工具。它是基于ICA(独立成分分析)的一种方法,但是不需要重新训练数据集。因此适合在大数据时代应用于不同的机器扫出来的不同批的核磁数据。ICA-AROMA发布的原文献是:ICA-AROMA: A robust ICA-based strategy for remo...原创 2019-09-05 19:40:57 · 2508 阅读 · 6 评论 -
SPM12 核磁数据预处理 傻瓜攻略
人生最痛苦的事不是没得选择,而是选择太多而不知道究竟哪个是对的。这份傻瓜攻略写给我自己,因为我真的服了自己的脑子了。咋么能这么傻呢?希望有人看到这篇文章之后可以不需要再看其它的文章就可以顺利地从头分析到尾。也希望我不要下一次分析的时候又忘了这些经验。当然,要是想知道原理之类的还是要出门左拐。SPM(Statistical Parametric Mapping)已经拥有挺久的历史了,这个软件出...原创 2019-09-01 23:15:53 · 53195 阅读 · 47 评论 -
.hdr/.img文件转nii.gz(利用Matlab和SPM)
步骤1:参考CSDN博主「咸鱼酱」,使用Matlab和SPM软件包将hdr/img格式的文件转成nii格式 原文链接:CSDN博主「咸鱼酱」的原创文章:https://blog.csdn.net/Lyrassongs/article/details/88544903%%img2nii.m--------------------------------------------%Script t...原创 2019-08-28 14:16:30 · 4353 阅读 · 3 评论 -
功能连接图谱
Yeo的图谱,2011年发表,引用有2400+次Thomas Yeo, B. T., Krienen, F. M., Sepulcre, J., Sabuncu, M. R., Lashkari, D., Hollinshead, M., … & Fischl, B. (2011). The organization of the human cerebral cortex estima...原创 2019-08-15 22:42:13 · 1877 阅读 · 1 评论 -
fMRI数据处理软件一览
SPM官网:https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/AFNI官网:https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/download_links.html#download-current-precompiled-afni-binariesFSL官网:https://fsl.fm...原创 2019-08-15 18:39:26 · 4796 阅读 · 0 评论 -
fmriprep环境配置
按照官网上的说法,fmriprep的使用有以下四种路径:OpenNeuro.orgDocker ContainerSingularity ContainerManually Prepared Environment (Python 3.5+)第一个网站打不开,遂放弃。第二和第三由于不懂Container是什么,遂放弃。于是只好选择学过皮毛的python。这一途径按照官网的说法是不推荐...原创 2019-08-19 17:24:14 · 1360 阅读 · 0 评论 -
独立成分分析(ICA)在静息态功能连接中的应用
Pruim, R. H., Mennes, M., van Rooij, D., Llera, A., Buitelaar, J. K., & Beckmann, C. F. (2015). ICA-AROMA: A robust ICA-based strategy for removing motion artifacts from fMRI data. Neuroimage, 112...原创 2019-08-09 19:06:03 · 4405 阅读 · 0 评论 -
成像技术的历史和背景
本文为文末所指文献的部分原文翻译,只用于个人学习,需要使用内容请引用原文献文章是2011年的,近年来核磁技术发展迅速,一些内容已经发生变化。与酒精相关的大脑变化的第一个证据来自结构性脑成像。20世纪60年代末 70年代初,Godfrey Hounsfield因发展了颅脑电脑断层扫描(cranial computerized tomography ,CT)而被授予1979年的诺贝尔生理学或医学奖...原创 2019-08-06 15:19:20 · 1579 阅读 · 0 评论 -
用Python试一下PCA和SVM
python之whl文件下载地址:https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/Python教程之RUNOOK:https://www.runoob.com/python3/python3-data-type.htmlPython教程之廖雪峰大神:https://www.liaoxuefeng.com/wiki/1016959663602400环境w...原创 2019-09-17 22:55:37 · 1468 阅读 · 0 评论