功能连接图谱

最新推荐文章于 2024-12-30 16:57:49 发布
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分类专栏： fMRI 文章标签： fMRI 核磁 数据分析
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博客介绍了Yeo图谱、Brainnetome atlas、Gordon图谱等常用脑图谱的发表时间、引用次数及相关文章信息，还给出了Brainnetome atlas官网。同时提出图谱如何使用的问题，并提及神经影像的图论分析工具GRTNA。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

Yeo的图谱，2011年发表，引用有2400+次
Thomas Yeo, B. T., Krienen, F. M., Sepulcre, J., Sabuncu, M. R., Lashkari, D., Hollinshead, M., … & Fischl, B. (2011). The organization of the human cerebral cortex estimated by intrinsic functional connectivity. Journal of neurophysiology, 106(3), 1125-1165.
Brainnetome atlas，2016年发表的文章，包含两个半球共246个子区域，引用290+次
官网：http://atlas.brainnetome.org/index.html
Fan, L., Li, H., Zhuo, J., Zhang, Y., Wang, J., Chen, L., … & Fox, P. T. (2016). The human brainnetome atlas: a new brain atlas based on connectional architecture. Cerebral cortex, 26(8), 3508-3526.

另外一个，2014年发布，引用390+次的
Gordon, E. M., Laumann, T. O., Adeyemo, B., Huckins, J. F., Kelley, W. M., & Petersen, S. E. (2014). Generation and evaluation of a cortical area parcellation from resting-state correlations. Cerebral cortex, 26(1), 288-303.

问题：图谱要怎么用？

GRETNA: a graph theoretical network analysis toolbox for imaging connectomics
GRTNA，神经影像的图论分析

如何画一个漂亮的功能连接矩阵图
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
07-20 3329
下面将介绍一种画功能连接矩阵热力图的程序。该程序使用简单，有了改代码再也不用担心类似下图的矩阵热力图。 以下几幅图都是来自一些神经、精神、心理学的顶级期刊，包括nature medicine，nature communications、brain等。这些图是以矩热力图的形式展示的功能连接或者统计学结果图。我们可以看到属于不同的网络的节点的连接被一些网格线分割开，很容易让别人识别脑网络。 那么这种图是怎么做出来的呢？本期我们将给大家介绍一个专门用于做这种矩阵热力图的程序，并教大家如何使用改程序做出高清
标准化人脑分区
cc1609130201的博客
04-01 751
使用本文提出的格式化方法,存储库的任何用户都能够找到每个图谱的来源、图谱中存在多少不同的ROI、每个ROI的位置和大小、图谱的分割与其他图谱的比较方式,以及不同图谱的ROI所覆盖的区域之间是否存在显著相关性。在这种情况下,应该使用NULL作为区域的标签。使用Neuroparc中提供的Python脚本,该脚本使用了AFNI和FSL的函数,计算了图谱对之间的Dice系数。我们的团队致力于将广泛选择的流行人脑图谱整合到一个经过策划的开源库中,在那里按照标准化协议存储它们,并附有元数据,这可以作为未来图谱的基础。
手把手教你画漂亮的功能连接矩阵图（附代码）
悦影科技
07-12 6246
《本文同步发布于“脑之说”微信公众号，欢迎搜索关注~~》 科研图片的重要性是非常重要的，审稿人看到一个低质量的或者欠美观的图片，很可能影响文章的审稿。本期我将介绍一种画功能连接矩阵热力图的程序。该程序使用简单，有了改代码再也不用担心类似下图的矩阵热力图。 以下几幅图都是来自一些神经、精神、心理学的顶级期刊，包括nature medicine，nature communications、brain等。这些图是以矩热力图的形式展示的功能连接或者统计学结果图。我们可以看到属于不同的网络的节点的连接被一些网格线分割
【茗创科技】最酷的脑功能连接图--Circos安装教程
u011661076的博客
06-22 2172
大家好，这里是 “茗创科技” 。茗创科技专注于脑科学数据处理，涵盖（EEG/ERP, fMRI,结构像,DTI,ASL, ,FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑电课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。你还在用这些方式呈现脑功能连接图吗？这样？ 这样？ 或者这样？ 想知道如何让自己绘制的功能连接图更好看，在一众论文中脱颖而出，吸引审稿人的目光吗？想把自己从审美疲劳中解放出来，画出像下面这样的图吗？ 那么就必
常用功能连接
weixin_40262196的博客
11-09 271
快速安装pip Windows查看CUDA版本号 CUDA官网 亲测有效 Anaconda环境安装GPU版本Pytorch WIN10下PyCharm+Anaconda+PyTorch-GPU+CUDA9.2+cuDNN7.2环境搭建 Anaconda环境安装GPU版本Pytorch python读取csv文件报错，原因是编码方式不是UTF8 ...
基于ICA和图论方法的脑电β波静息态功能连接 (2015年)
05-26
In order to explore normal EEG beta (13~25 Hz) rhythm functional connectivity in resting state， this paper proposed an analysis algorithm which combined independent component analysis (ICA)，graph theory， hierarchical cluster analysis and standardized low-
提取fMRI的时间序列，构建功能连接矩阵的matlab代码
06-02
步骤一： 对采集的功能磁共振成像数据进行许多预处理步骤，包括切片之间的时间校正、重新对准、图像配准、基于分割的归一化和空间平滑。需要注意的是预处理步骤的选择和顺序可能会影响最终图指标测量的范围。 ...
使用llama-index连接neo4j知识图谱 达成大模型构建查询知识图谱功能
Silver__Wolf的博客
05-31 4994
我们的目标是使用Llama-Index来连接到Neo4j，以构建和查询知识图谱。通过这个过程，我们能够将文档中的信息转化为知识图谱，并通过模型进行查询。以下参考llama-index官方实现。
绘大脑发育图谱，找神经连接规律（发表在Nature期刊）
08-23
文章通过研究秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）全脑的发育过程，利用连续切片电子显微镜技术，重建了8个不同生长阶段的同基因个体的完整大脑连接图谱。尽管大脑的整体几何结构在从出生到成年的过程中保持稳定...
机器人专利知识图谱功能模块201907071
08-08
以下是该知识图谱的功能模块详解： 1.1 关键技术查询 用户可以输入特定的关键技术术语，系统会返回与之相关的丰富信息。这些信息包括： - 关键技术的详细介绍，可能从半结构化的在线资源（如维基百科）获取。 - ...
基于独立成分分析和相关分析的fMRI功能连接方法关 (2008年)
06-11
利用功能磁共振成像(functional magnetic resonance imaging,fMRD技术,深人研究和探讨独立成分分析 (independent component analysis,ICA)和相关分析在功能连接方面的应用,并应用于静息状态功能连接,考察在阿尔茨海默病(Alzheimers disease,AD)的病理条件下人脑默认网络(default mode network)的异常,从而加深对AD病理机制的理解和认识。
AAL模板划分的90大脑区域.xlsx
03-29
人类脑区划分模板对应，如有侵权请联系删除。
Yeo2011_7net
10-03
Yeo2011_7net
D3.js实现人物关系图谱有移动、拖拽、放大功能
04-28
在“D3.js实现人物关系图谱有移动、拖拽、放大功能”这个主题中，我们将深入探讨如何利用D3.js来创建交互式的人物关系网络图，并实现平移、缩放和拖拽等动态效果。 首先，理解D3.js的基础是关键。D3.js全称为Data-...
Nilearn从大脑图谱中提取时间序列及制作功能连接
clancy_wu的博客
11-08 5782
from nilearn import datasets dataset = datasets.fetch_atlas_harvard_oxford('cort-maxprob-thr25-2mm') atlas_filename = dataset.maps labels = dataset.labels print('Atlas ROIs are located in nifti image (4D) at: %s' % atlas_filename) # 4D data # One su
Yeo7与17网络AAL90脑图谱映射关系模板：脑科学研究的利器
gitblog_09700的博客
10-15 1586
Yeo7与17网络AAL90脑图谱映射关系模板：脑科学研究的利器 【下载地址】Yeo7网络与17网络的AAL90脑图谱映射关系模板 本仓库提供了一个资源文件，该文件包含了Yeo7网络与17网络的AAL90脑图谱的映射关系模板。该模板可以帮助研究人员在脑图谱分析中更好地理解和应用这些网络结构 ...
用于定量评估新型神经影像学结果的网络对应工具箱
cc1609130201的博客
12-30 157
NCT还包括在未来整合额外脑图谱的功能。NCT的采用将使网络神经科学研究人员更容易以标准化方式报告他们的发现,从而有助于研究的可重复性,并促进研究之间的比较以产生跨学科见解。本文发表在。
如何提取核磁共振成像BOLD-fMRI信号，以及计算功能连接矩阵？
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
05-09 4276
% Extract the Seed Time Courses SeedSeries = []; MaskROIName=[]; for iROI=1:length(ROIDef) IsDefinedROITimeCourse =0; if strcmpi(int2str(size(ROIDef{iROI})),int2str([nDim1, nDim2, nDim3])) %ROI Data MaskROI = ROIDef{iROI}; MaskRO
个体水平功能脑网络介绍
clancy_wu的博客
11-25 1320
个体水平功能脑网络计算方式如下： Parcellating cortical functional networks in individuals nature neuroscience, 2015 1.包含18网络的功能性皮层地图集首先在1000例健康受试者数据集的基础上进行评估，然后用freesurfer软件投影到个体水平的被试皮层表面。个体水平的被试bold信号随后平均的穿过顶点，落到每一个网络。这些基于地图的网络的时间序列被当成“参考序列”随后在优化程序中使用。 2.个体受试者在每一个顶点的功能
大脑图谱
最新发布
03-15
### 大脑图谱及其在IT应用与神经网络模型中的关联 大脑图谱是一种用于描述和分析人类或其他动物大脑结构和功能的技术体系。它通过整合多种数据源（如解剖学、生理学以及基因表达数据），构建出高分辨率的大脑三维地图，从而帮助理解复杂的神经系统工作机制。 #### 什么是大脑图谱？ 大脑图谱旨在全面描绘大脑的物理连接性和功能性活动模式。这种技术不仅限于静态解剖结构的研究，还扩展到动态的功能映射上。现代大脑图谱通常依赖先进的成像技术和计算方法，例如磁共振成像 (MRI) 和正电子发射断层扫描 (PET)[^1]。这些工具能够提供关于大脑不同区域之间相互作用的关键信息。 #### IT 技术在大脑图谱中的应用 信息技术对于推进大脑图谱研究至关重要。具体来说： - **大数据处理**：由于大脑图谱涉及海量的数据采集与存储，因此需要高效的数据库管理系统和支持大规模数据分析的能力。 - **机器学习与人工智能**：利用神经网络特别是深度学习算法可以从复杂的大脑影像数据集中自动提取有意义的特征[^3]。这种方法显著提高了自动化程度并减少了人为误差的可能性。 - **可视化软件开发**：为了使科研人员更直观地理解和探索所得结果，专门设计的交互式图形界面必不可少。 #### 神经网络模型的作用 神经网络作为一种强大的建模工具，在模拟真实世界现象方面表现出色。当涉及到大脑图谱时，它们被用来模仿某些特定类型的神经元行为或者整体皮质回路特性。以下是几个主要应用场景： - 使用卷积神经网络(CNNs) 进行图像分类任务可以帮助识别不同的脑区边界； - 循环神经网络(RNNs)，尤其是长短时记忆单元(LSTMs), 可以捕捉时间序列信号的变化趋势，适用于EEG/MEG记录下的电位波动解析； - 图形神经网络(GNNs) 则非常适合表征具有拓扑关系的对象集合——比如由多个节点组成的全脑连通矩阵[^1]. ```python import torch from torch_geometric.nn import GCNConv class BrainGraphModel(torch.nn.Module): def __init__(self, input_dim, hidden_dim, output_dim): super(BrainGraphModel, self).__init__() self.conv1 = GCNConv(input_dim, hidden_dim) self.conv2 = GCNConv(hidden_dim, output_dim) def forward(self, data): x, edge_index = data.x, data.edge_index x = self.conv1(x, edge_index) x = torch.relu(x) x = self.conv2(x, edge_index) return x ``` 上述代码展示了一个简单的基于PyTorch Geometric库实现的图卷积网络架构例子，可用于分析大脑网络数据。
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