生物信息化
文章平均质量分 67
iteye_8260
这个作者很懒,什么都没留下…
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DNA Movie
DNA原创 2011-05-25 23:01:50 · 122 阅读 · 0 评论 -
生物信息学网站
[b]通用的生物信息学门户[/b]www.ncbi.nlm.nih.gov美国国家生物技术信息中心主页。是关于公开数据库、生物信息学工具盒应用的资源,链接了许多有关生物信息学软件的有用站点和资源www.ebi.ac.ukEMBL欧洲生物信息学研究分支,生物学数据库和软件资源,其中大部分有精彩的教程支持www.expasy.chExPAS(expert pro...原创 2010-06-07 06:51:52 · 606 阅读 · 0 评论 -
生物信息学数据库
[b]综合数据库[/b]★ INSD,国际核酸序列数据库(International Nucleotide Sequence Databank)。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。★ EMBL库,欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 http://www.ebi.ac.uk/embl.html ★ GenBank ,美国国家生物...原创 2011-04-09 23:16:18 · 2218 阅读 · 0 评论 -
SMITH WATERMAN算法
1.1 序列相似性比较生物信息学中,对各种生物大分子序列进行分析是一件非常基本的工作。从序列的片段测定,拼接,基因的表达分析,到RNA和蛋白质的结构功能预测,物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列相似性的比较。在遗传物质长期的演化过程中,原本相同的DNA序列由于其中一条序列缺失了几个片断,或增加了几个片断,或某段子序列发生了位置的变化等,从而导致他们发生了不同,这两条序列不一定能进行精确的...原创 2011-04-09 23:20:35 · 1372 阅读 · 0 评论 -
生物信息学所用的方法和技术
一、数学统计方法数学统计在生物信息学中是一种最常用的方法。例如,在分析DNA语言中的语义、分析密码子使用频率、利用马尔可夫模型进行基因识别。二、动态规划方法动态规划(Dynamic Programming)是一种通用的优化方法,其基本思想是:在状态空间中,根据目标函数,通过递推,求出一条从状态起点到状态终点的最优路径(代价最小的路径)。动态规划在生物信息学研究中用得最多的方面是DNA序列或...原创 2011-04-09 23:45:54 · 1796 阅读 · 0 评论 -
Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST
Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。1,Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对Standard protein BLAST is designed for protein searches.Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样,目的是要找到相似的区域。2,PSI-...原创 2011-04-10 23:08:02 · 3403 阅读 · 0 评论 -
基因的哲学
[b]勤俭节约是美德[/b]相对于真核生物(高等动植物),原核生物(细菌等)表现得非常节俭,这是与他的生存环境分不开的。真核生物生存能力强,有的能够自己选择环境,比如说动物。而原核动物就没有这么好的生存条件了,成天饱一顿饿一顿,运气好时飘到垃圾堆里饱餐一顿,运气不好就饿肚子吧。于是他不得不节俭起来,连对待决定自己遗传和生存的基因也毫不手软,能简则简。基因是由碱基对组成的,每种生物都有4个碱基,...原创 2011-04-10 23:18:28 · 430 阅读 · 0 评论