Ubuntu系统下HDF5源码安装使用步骤（基于ubuntu22.04版本）

HDF5源码安装使用步骤（基于ubuntu22.04版本）

概要：Ubuntu22通过源代码安装HDF5

HDF5是一种针对大量数据进行组织和存储的文件格式。经历了20多年的发展，HDF格式的最新版本是HDF5，它包含了数据模型，库，和文件格式标准。以其便捷有效，移植性强，灵活可扩展的特点受到了广泛的关注和应用。

1.首先是在官网下载源代码进行编译安装

https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/source-code/

2.解压文件，进入该文件夹

2. 在ubuntu系统的home中的用户文件夹新建文件，将其拷贝带新建的文件夹中，使用解压指令进行 （tar -zxvf hdf5-1.14.4-2.tar.gz）,解压完成进入该文件夹（cd hdf5-1.14.4）
3. 执行一系列的安装操作，ubuntu22.04没有自带gcc 和 g++编译器需自己安装，可以使用指令
   （sudo apt update,sudo apt install build-essential）
   编译器安装出现其他问题可自行去网上查询解决方案。
4. 源代码编译流程，依次执行下面的命令，执行命令之前确保自己进入hdf5-1.14.4。具体的下载的代码参考官网，若官网代码更新升级，代码版本可能会变化！执行以下指令进行安装。

sudo ./configure --prefix=/usr/local/hdf5 --enable-cxx
sudo make
sudo make check
sudo make install
sudo make check-install

如果安装步骤1出现“line 3: $'\r': command not found”等报错问题，使用下面的额命令把当前文件里的所有包含windows风格的行结束符的文件转换成unix风格的行结束， 使用指令： find . -type f -exec dos2unix {} \,进行解决。

5. 安装完成之后，在ubuntu系统下进入/usr/local/ 在这个目录下发现hdf5文件夹，并进入这个文件，发现/bin /include /lib /share目录的话，安装成功

验证测试，并用C++代码，创建一个HDF5数据！

提示：这里可以编写测试代码，这里以C++代码为例，首先是确保自己的ubuntu系统安装vim编辑器（sudo apt install vim）,若出现例如软件依赖错误，可自己网上查找解决方案！也可以使用vi编辑器。也可以安装其他的代码编辑平台，如VScode等，这里我以vim编辑器进行演示。（提示：需要使用者有一定的vim操作基础

C++代码案例：

	#include <H5Cpp.h>
	#include <iostream>
	
	using namespace H5;
	using namespace std;
	
	int main() {
	    try {
	        // 创建一个新的HDF5文件
	        H5File file("test.h5", H5F_ACC_TRUNC);
	        
	        // 创建一个简单的数据空间
	        hsize_t dims[2] = {4, 6};
	        DataSpace dataspace(2, dims);
	        
        // 创建一个整数类型的数据集
	        IntType datatype(PredType::NATIVE_INT);
	        datatype.setOrder(H5T_ORDER_LE);
        
	        // 创建数据集
	       DataSet dataset = file.createDataSet("dataset", datatype, dataspace);
       
        // 写入数据
	        int data[4][6];
	        for (int i = 0; i < 4; i++)
	            for (int j = 0; j < 6; j++)
                data[i][j] = i * 6 + j;
	        
        dataset.write(data, PredType::NATIVE_INT);
        cout << "HDF5 file created and dataset written successfully!" << endl;
	        
	   } catch (FileIException &e) {
	        cerr << "File Exception: " << e.getDetailMsg() << endl;
    	} catch (DataSetIException &e) {
	        cerr << "Dataset Exception: " << e.getDetailMsg() << endl;
    	} catch (DataSpaceIException &e) {
       cerr << "Dataspace Exception: " << e.getDetailMsg() << endl;
    	} catch (DataTypeIException &e) {
        cerr << "Datatype Exception: " << e.getDetailMsg() << endl;
	    }
	    
    return 0;
	}

执行指令：g++ test.cpp -o test -I/usr/local/hdf5/include -L/usr/local/hdf5/lib -lhdf5_cpp -lhdf5
指令详细解释：-I 选项用于指定额外的头文件搜索路径。这里告诉编译器在 /usr/local/hdf5/include 目录中查找头文件。
-L 选项用于指定额外的库文件搜索路径。这里告诉编译器在 /usr/local/hdf5/lib 目录中查找库文件。
-l 选项用于指定要链接的库。这部分告诉编译器链接名为 hdf5_cpp 的库。
执行完这个指令后会在当前文件夹下会输出一个，test文件。如何执行这个文件，
方法1：确保你的 LD_LIBRARY_PATH 环境变量中包含HDF5库的路径。你可以在终端中临时设置这个变量：
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH

如果你希望永久设置这个变量，可以将它添加到你的 .bashrc 或 .zshrc 文件中：

echo 'export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

方法2：将HDF5库的路径添加到系统的库路径中。创建一个新的配置文件，例如 /etc/ld.so.conf.d/hdf5.conf，并将HDF5库的路径写入其中：

echo "/usr/local/hdf5/lib" | sudo tee /etc/ld.so.conf.d/hdf5.conf

然后运行 ldconfig 以更新库缓存：sudo ldconfig
方法3：（推荐使用这个）在运行程序时指定库路径：LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/hdf5/lib ./test
出现如下输出，代表验证成功，并创建了一个test.h5的数据模型

创建成功后的HDF5数据如何查看

` 提示：

对于这个test.h5文件如何查看，在ubuntu系统中，使用指令：sudo apt install hdf5-tools
安装工具包，执行：h5dump test.h5 显示数据结构。
`

额外补充

如果你熟悉Python，可以使用h5py库来读取HDF5文件并查看数据。以下是一个简单的Python示例：需要自己安装h5py库

import h5py

# 打开HDF5文件
with h5py.File('test.h5', 'r') as file:
    # 列出所有的组
    keys = list(file.keys())
    print("Keys: %s" % keys)
    
    # 遍历所有键并打印它们的形状和部分内容
    for key in keys:
        dataset = file[key]
        print(f"Shape of {key}: {dataset.shape}")
        print(f"Data of {key}: {dataset[:10]}")  # 打印前10个数据

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