金金金鱼-CSDN博客

原创合并不同样本vcf报错？之那是你没遇到对的人

在这个两个vcf合并遇到了问题，同一个位点有的是GC,有的是CG等，不能合并，公说公有理，婆说婆有理，现在引入第三方介入，参考基因组用来校正ref。2、下载了1000个体的vcf，合并本来的200个体的vcf。1、首先过滤了40样本的vcf（被填充）

2024-03-13 23:52:52 519 1

原创 R语言谁还不会批量读取和批量出图？以snp密度图为例

我：那是在进行科学预测，把握事物的发展规律，只是从咱们自己老祖宗的方法论去看待的问题，与马克思角度有着异曲同工之妙。同桌：哦，那你给我从咱老祖宗的方法论，分析一下我对象长什么样子，在哪里，何时可以遇到。一生苦短，到老了什么都会忘记，能记得的寥寥，所以不要为难现在的自己哦！我让看看谁还不会批量读取和批量出图！我们是党员不搞封建迷信。

2024-03-07 16:31:24 462 1

原创你的vcf的snp位点是不是还没有名字，那可真是。。。。

来创建一个唯一的 SNP 名称，并将其添加到。这个命令将使用 SNP 的染色体和位置信息（我os:不要就不要呗，凶什么，嘤嘤嘤。作为J人的我，不能忍受没有规划。俺这个要另谋出路了，做点自由职业。他：我现在要你能给我吗。填充做不出来你怎么解决。我：哪个结果什么时候要。

2024-03-04 11:49:13 490 1

原创 gatk gvcf合并之CombineGVCF

我发现CombineGVCF很慢，每次都加几个样本，我都是从头再合并，忽然想到为啥我不用合并后的60个样本，再去合并新添的10个呢！肯定省钱省力省时间！

2024-03-03 14:46:09 852 4

哼，让你看看我怎么从vcf一步到SNP染色体上的分布图，哼不就是均匀性吗？少年事，拔剑意气，青年事，挥剑快意，想必中年事，就是收剑茫然吧。上星期组会讲了下beagle填充，然后组会的时候，我......：来你打开微信，让你看看我写的代码。我.....老师再给我个基会，我还能再挣扎一下。人生不如意，常有二三，岁月蹉跎，忘记一二。你怎么填这么大，DR2会高吗？你怎么没考虑染色体均匀性？哪个群体遗传你做了吗？

2024-03-02 19:51:05 598

原创你还在为beagle填充烦恼吗？老子头大之脑壳治疗版

和师兄交流一下，他说没用过bcftools做过填充一致性，现在就开写，我是您忠实的拥趸者！嘤嘤嘤嘤嘤，加群吧，以后解决问题方便点！上篇文章有bug，替换掉这个代码就行了。微信七天就过期了，所以选择呆鹅。舔脸问：你咋做的，亲爱的师兄。我：哦莫，我就不想写。旁边人：好大一只舔狗。我：啥舔狗，有我甜吗？

2024-02-24 11:34:55 421

原创你还在为beagle填充烦恼吗？是的，老子头大

第一天列计划，第二天开始做，小小beagle能难倒老子吗，一顿操作猛如虎，原来是能的。写好了，注释一写，感觉自己真特么拉，写的都是什么玩意....老子非要写成一个脚本代码，这个脚本也就改了几十遍吧！为啥过不去心理这坎，哦因为老子不想简单一步步完成。不写估计我自己都不记得了！

2024-02-23 21:42:35 687 2

原创转录组 snp gatk 学历过程

我用HC call 完竟然没有0/0基因型解决方案加上-ERC BP_RESROUCES（可能拼错了）参数可以拿到

2022-01-04 19:17:19 545

jinning3825的博客