你还在为beagle填充烦恼吗？老子头大之脑壳治疗版

上篇文章有bug，替换掉这个代码就行了

#用上篇文章的代码，拿到一致性都是相同的，仔细一看没改填充后的文件
for sample in $sp; do
   bcftools gtcheck -g sites_gt.vcf.gz $filled_vcf -s "$sample" |grep "$sample" | awk '{print $2,$4}' | tail -1 | awk '{result = ($2 - $1) / $2; print result}' >> gt_${i}.txt
 done

填充小剧场

和师兄交流一下，他说没用过bcftools做过填充一致性，

舔脸问：你咋做的，亲爱的师兄

师兄说：自己写代码

我：哦莫，我就不想写。。。

师兄瞥了我一眼

我：写！现在就开写，我是您忠实的拥趸者！

旁边人：好大一只舔狗。

我：啥舔狗，有我甜吗？

#填充一致性
#先把填充后的剥干净，就是脱光
bcftools annotate -x INFO,FORMAT/DS filled_data_1.vcf.gz | sed 's:|:/:g'| grep -v '^#' | cut -f 10- > filled_new_file.txt
#在把用来验证的真实的数据，也脱光
bcftools annotate -x INFO,FORMAT/DS st.vcf.gz | sed 's:|:/:g'| grep -v '^#' | cut -f 10- > st_new_file.txt 
#脱光后你看我我看你，同型号就是1，不同的就是0，把1相加就是所有同型号的
awk 'FNR==NR {a[FNR]=$0; next} {split(a[FNR], arr1); split($0, arr2); for(i=1; i<=NF; i++) { if (arr1[i] == arr2[i]) printf "1 "; else printf "0 " } print ""}' st_new_file.txt filled_new_file.txt | awk '{ count += gsub(/1/, ""); } END { print count }'
#然后统计一下你的所有样本位点数之和，用上面的结果比一下。

嘤嘤嘤嘤嘤，加群吧，以后解决问题方便点！

微信七天就过期了，所以选择呆鹅