想快速绘制SNP染色体上的分布图吗？组会补救版

上星期组会讲了下beagle填充，然后组会的时候，

你怎么没考虑染色体均匀性？

你怎么填这么大，DR2会高吗？

你最近怎么回事？

哪个群体遗传你做了吗？

我......：来你打开微信，让你看看我写的代码

他：滚

我.....老师再给我个基会，我还能再挣扎一下。

哼，让你看看我怎么从vcf一步到SNP染色体上的分布图，哼不就是均匀性吗？

#把你vcf的前两列提出来，每个点都应该被认真对待，我真是平平无奇小作家，还会把这两列组成染色体名字
bcftools query -f '%CHROM\t%POS\n' AW14_xinpian_tian.vcf.gz | awk '{print $1"_"$2,$1,$2}' > output.txt
#画图R，我反正直接用LINUX的R画的
library(CMplot) #一定安装这个包，因为包治百病。
mydata <- read.table("output.txt") #乖，宝贝听话，别加其余参数，就这样输入。
CMplot(mydata, plot.type = "d", bin.size = 1e3, col = c("darkgreen", "yellow", "red"))#组会补救版图就出来了！

人生不如意，常有二三，岁月蹉跎，忘记一二。

少年事，拔剑意气，青年事，挥剑快意，想必中年事，就是收剑茫然吧。

真牙酸的句子。