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落花逐流水
从事人工智能,模式识别与智能系统
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ThinPlateSpline(TPS)理论和代码
TPS 薄板样条函数 资源整理原创 2023-10-10 23:16:37 · 302 阅读 · 0 评论 -
ITK学习笔记(十二) SimpleITK获取二值图像bbox
ITK学习笔记(十二) SimpleITK获取二至图像bboxsitk_ seg_ img = sitk . ReadImage( m )bbox =get_ bbox_ from mask(sitk_ seg_ _img)原创 2022-03-29 23:27:13 · 1233 阅读 · 0 评论 -
ITK学习笔记(十一) SimpleITK相关使用
ITK学习笔记(十一) SimpleITK相关使用参考:【SimpleITK】医疗影像分割结果评价指标计算参考:Python SimpleITK.GetArrayViewFromImage方法代码示例参考:itk中的特征提取算法(二)参考:ITK:提取二值图像中连接区域的边界参考:ITK:提取二进制图像中斑点的内部和外部边界...原创 2022-03-29 23:13:08 · 916 阅读 · 0 评论 -
ITK学习笔记(十) 深度学习分割后处理,填补孔洞
ITK学习笔记(十) 深度学习分割后处理,填补孔洞深度学习分割结果可能有误分割的部分,包括孔洞、赘余、多连通域等。下面的例子是孔洞的样例。常识告诉我们,这个器官内部是没有孔洞的,因此,我们通过后处理的方法把它填上,可以提高分割准确度。这种三维孔洞,我们希望有一种便捷方法,可以直接填补这种三维孔洞。可以使用 SITK 的二值孔洞填补方法。 sitk.BinaryFillholesitk.BinaryFillhole注意: 该函数只针对二值图像(值为0或1)import SimpleITK as原创 2022-03-29 17:04:48 · 2227 阅读 · 0 评论 -
ITK学习笔记(九) simpleITK重采样数据到固定尺寸
ITK学习笔记(九) simpleITK重采样数据到固定尺寸这个重采样不是重采样Spacing ,却是重采样size,为了达到所有的数据一致的size例如:(880, 880, 12) 采样统一的(880,880,16)因为假如3DUnet网络数据设置了输入格式为(N, C, 16, xxx,xxx), 可以把每个数据的size都重采样(16,xxx,xxx),然后输入网络。如果直接设置Size 为(16,xxx,xxx),多余的层SimpleITK会用0来填充,达不到真正的采样。所以通过上面对Sp原创 2022-03-24 22:28:18 · 6526 阅读 · 5 评论 -
ITK学习笔记(八) ITK高斯混合模型 GMM EM
ITK学习笔记(八) ITK高斯混合模型 GMM EM1、高斯混合模型2、变分贝叶斯高斯混合3、ITK中的GMM、EM1、高斯混合模型sklearn.mixture是一个能够学习高斯混合模型、抽样高斯模型和从数据中估计模型的包。同样,也提供了帮助决定正确组件数量的方法。一个高斯混合模型是一个概率模型,它假设所有的数据点是从有限未知参数的高斯分布的混合生成的。可以将混合模型当作泛化的k均值聚类,以融合关于数据协方差和潜在高斯中心的信息。高斯混合GaussianMixture对象实现了expectio原创 2022-02-16 17:22:47 · 547 阅读 · 0 评论 -
ITK学习笔记(七) ITK旋转方向位置不变
# -*- coding : UTF-8 -*-# @file : resample_change_direction.py# @Time : 2022-02-14 16:19# @Author : wmzimport osimport numpy as npimport SimpleITK as sitkdef getFiles(path, suffix): return [os.path.join(root, file) for root, dirs, files in原创 2022-02-14 20:33:43 · 2943 阅读 · 0 评论 -
ITK学习笔记(六) ITK计算 EuclideanDistance
ITK学习笔记(六) ITK计算 EuclideanDistance1、代码2、CMakeLists.txt3、测试输出1、代码#include "itkImage.h"#include "itkImageFileReader.h"#include "itkSignedMaurerDistanceMapImageFilter.h"#include "itksys/SystemTools.hxx"#include <sstream>//#define ENABLE_QUICKVIE原创 2022-01-25 11:30:54 · 698 阅读 · 0 评论 -
ITK学习笔记(五) ITK计算质心
ITK学习笔记(五) ITK计算质心通过LabelGeometryImageFilter可以求Label Image各个区域的质心和BoundingBox。然而,如果图像的spacing不是1,它并不会考虑进去,因此得到的结果并未我们所愿的。针对这个问题,有人实现了相关的模块(itkOBBLabelMap),可以解决这个问题,将其添加到源码,然后重新配置和编译即可。(原文链接https://blog.csdn.net/Q1302182594/article/details/50447802)QList原创 2022-01-17 23:22:50 · 525 阅读 · 0 评论 -
ITK学习笔记(四)基于C++和ITK获取3D医学图像的最大连通区域
ITK学习笔记(四)基于C++和ITK获取3D医学图像的最大连通区域1、代码2、效果1、代码#include "itkConnectedComponentImageFilter.h"#include "itkImage.h"#include "itkImageFileReader.h"#include "itkImageFileWriter.h"#include "itkImageRegionIterator.h"#include "itkLabelShapeKeepNObjectsImage原创 2021-12-28 16:16:50 · 1808 阅读 · 3 评论 -
ITK学习笔记(三)cmake 添加多个基于ITK的可执行文件
ITK学习笔记(三)cmake 添加多个基于ITK的可执行文件1、CMakeLists.txt2、get_filename_component 用法1、CMakeLists.txtcmake_minimum_required(VERSION 2.8 FATAL_ERROR)project(testfilter)set(ITK_DIR D:/ProgramFiles/ITK-5.2/lib/cmake/ITK-5.2)FIND_PACKAGE(ITK REQUIRED)INCLUDE(${ITK原创 2021-12-28 14:32:23 · 449 阅读 · 0 评论 -
ITK学习笔记(二)最大圆度连通域提取
ITK学习笔记(二)最大连通域提取1、代码1.1 code1.2、生成的mask图片1.3、打印信息关于编译部分可以参考我的:VTK学习笔记(十)基于VTK和ITK程序1、代码1.1 code#include "itkImage.h"#include <vtkSmartPointer.h>#include <vtkPNGWriter.h>#include "itkScalarConnectedComponentImageFilter.h"#include <it原创 2021-12-28 11:46:46 · 1070 阅读 · 0 评论 -
VTK学习笔记(十)基于VTK和ITK程序
VTK学习笔记(十)基于VTK和itk程序1、程序2、CMakeLists.txt3、哪里使用了VTK1、程序下面程序是一个基于ITK的连通域分析程序#include "itkImage.h"#include <vtkSmartPointer.h>#include <vtkPNGWriter.h>#include "itkScalarConnectedComponentImageFilter.h"#include <itkImageToVTKImageFilter原创 2021-12-27 20:29:16 · 1242 阅读 · 0 评论 -
SimpleITK 图像配准
SimpleITK 图像配准在网上找的资源,效果不佳,等清楚了函数和原理再细改,调试效果。# -*- coding : UTF-8 -*-# @file : regist.py# @Time : 2021-11-12 17:00# @Author : wmzimport SimpleITK as sitk# Utility method that either downloads data from the MIDAS repository or# if already down原创 2021-11-12 18:03:21 · 5404 阅读 · 2 评论 -
SimpleITK三维图像分析
SimpleITK三维图像分析1、去除3D 小连通域2、【医学图像处理】之腹部骨骼提取(SimpleITK)1、去除3D 小连通域在一些计算机视觉任务中,需要对模型的输出做一些后处理以优化视觉效果,连通域就是一种常见的后处理方式。尤其对于分割任务,有时的输出mask会存在一些假阳(小的无用轮廓),通过3D连通域找出面积较小的独立轮廓并去除可以有效地提升视觉效果。二维图像连通域一般包括 4连通、8连通。对于三维数据一般包括6连通、18连通和26联通。下面的代码只保留最大3D连通域。# -*- cod原创 2021-10-19 11:17:43 · 2172 阅读 · 4 评论 -
SimpleITK读写nii.gz文件
SimpleITK读写nii.gz文件1、读写nii.gz文件2、对于神经网络输出概率生成二值图保存1、读写nii.gz文件## using simpleITK to load and save data.import SimpleITK as sitkitk_img = sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz')img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print("img shape:",img.shape) ## save out原创 2021-10-18 22:01:26 · 1484 阅读 · 0 评论 -
SimpleITK图像对齐
ITK图像对齐1、使用SimpleITK对齐图像1、使用SimpleITK对齐图像在看voxelmorph的代码,看到图像对齐部分,记录一下。下面是从voxelmorph项目中截取的一段保存图像的函数。函数输入分别是:配准后的图像、固定图像、要将配准图像保存的名字。将图像对齐的操作需要将对齐的图像的原点、方向、间距设置成与 被对齐的图像一致。def save_image(img, ref_img, name): img = sitk.GetImageFromArray(img[0, 0,原创 2021-10-13 10:43:26 · 1279 阅读 · 2 评论 -
nrrd文件格式转NIFTI
nrrd文件格式转NIFTI1、NRRD批量转换成NIFTI2、Python SimpleITK读取nii.gz文件3、nii.gz格式1、NRRD批量转换成NIFTInii与nii.gz格式的关系标准NIfTI图像的扩展名是.nii,包含了头文件及图像资料。由于NIfTI格式和Analyze格式的关系,因此NIfTI格式也可使用独立的图像文件[.img]和头文件[.hdr]。单独的.nii格式文件的优势就是可以用标准的压缩软件[如gzip],而且一些分析软件包[比如FSL]可以直接读取和写入压缩的.原创 2021-10-12 11:42:17 · 3905 阅读 · 0 评论 -
ITK学习笔记(一)ITK的使用
ITK官方文档原创 2021-09-26 19:11:37 · 3862 阅读 · 1 评论 -
SimpleITK使用
参考:https://simpleitk.org/参考:https://github.com/SimpleITK/TUTORIAL/blob/master/02_images_and_resampling.ipynb原创 2021-08-05 22:46:10 · 676 阅读 · 0 评论