nrrd文件格式转NIFTI

1、NRRD批量转换成NIFTI

nii与nii.gz格式的关系
标准NIfTI图像的扩展名是.nii，包含了头文件及图像资料。由于NIfTI格式和Analyze格式的关系，因此NIfTI格式也可使用独立的图像文件[.img]和头文件[.hdr]。单独的.nii格式文件的优势就是可以用标准的压缩软件[如gzip]，而且一些分析软件包[比如FSL]可以直接读取和写入压缩的.nii文件[扩展名为.nii.gz]。

简而言之，nii格式和.nii.gz格式是一个东西，freesurfer中可以直接调用除了dicom和.nii.gz也可以直接调用.nii
3D slicer, MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像，但是我们还是习惯于操作NIFTI格式的数据，于是就有了NRRD转换成NIFTI的需求。
代码中baseDir可以修改成指定的目录，files里面*后面的部分，改为自己匹配的文件名。

import os
from glob import glob
import numpy as np
import vtk


def readnrrd(filename):
    """Read image in nrrd format."""
    reader = vtk.vtkNrrdReader()
    reader.SetFileName(filename)
    reader.Update()
    info = reader.GetInformation()
    return reader.GetOutput(), info


def writenifti(image,filename, info):
    """Write nifti file."""
    writer = vtk.vtkNIFTIImageWriter()
    writer.SetInputData(image)
    writer.SetFileName(filename)
    writer.SetInformation(info)
    writer.Write()


if __name__ == '__main__':
    baseDir = os.path.normpath(r'G:/aurora-nrrd/')
    files = glob(baseDir+'/*label.nrrd')
    for file in files:
        m, info = readnrrd(file)
        writenifti(m,  file.replace('label.nrrd', 'label.nii'), info)

参考：NRRD批量转换成NIFTI

2、Python SimpleITK读取nii.gz文件

 
import SimpleITK as sitk
labelImage = sitk.ReadImage(in_file) #in_file是nii.gz文件的路径
imag_results = sitk.GetArrayFromImage(labelImage)
spacing = labelImage.GetSpacing()
origin = labelImage.GetOrigin()
print('spacing is:', spacing) # spacing和orgin是写入的内容
print('origin is:', origin)

参考：Python SimpleITK读取nii.gz文件

3、nii.gz格式

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。

使用nibabel
由于使用nibabel图像会旋转90度，所以读取保存的时候还得保存映射信息，3维图像格式为（z, x, y）

读取nii.gz文件

img = nib.load('xxxxx.nii.gz')
img_affine  = img.affine
img = img.get_data()

保存nii.gz文件

nib.Nifti1Image(img,img_affine).to_filename('xxxxx.nii.gz')

使用sitk
使用sitk读取nii时，读取出来的还是图片格式，可以使用他自带的函数进行处理，不过速度比较慢，建议使用GetArrayFromImage转换成numpy格式再处理，3维图像格式为（x, y, z）

读取nii.gz文件

img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')
img = sitk.GetArrayFromImage(img)

保存nii.gz文件

out = sitk.GetImageFromArray(img)
sitk.WriteImage(out,'xxxxx.nii.gz')

在numpy数组和nibabel或sitk中相互转换时，要注意数据的格式，一般保存为int或uint类型。比如输入nii为16位有符号整型时，我们可能需要转换成0~255灰度图，可用如下代码：

img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')
img = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(img),sitk.sitkUInt8)
img = sitk.GetArrayFromImage(img)

参考：python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件