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RSS订阅原创 单细胞高分文章代码分享6 樊嘉 高强 团队泛癌中性粒细胞
中性粒细胞是最丰富和最有效的病原体防御者，在不同类型的癌症中发挥相反的功能。然而，考虑到中性粒细胞的半衰期很短，探索中性粒细胞如何在癌症中采用特定的命运仍然具有挑战性。在这里，我们生成并整合了17种癌症类型(143名患者的225份样本)的单细胞中性粒细胞转录本。中性粒细胞表现出非凡的复杂性，有10种不同的状态，包括炎症、血管生成和抗原呈递。值得注意的是，抗原呈递程序与大多数癌症的良好存活率相关，并可由亮氨酸代谢和随之而来的组蛋白H3K27ac修饰而激活。
2024-05-19 11:51:03
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原创 单细胞高分文章代码分享5 泛癌ITH (NMF分解)
元程序涵盖了不同的细胞过程，包括通用的(例如，细胞周期和应激)和谱系特定的模式，我们将其映射到转录ITH的11个特征。大多数癌细胞的代谢程序与非恶性上皮细胞中发现的相似，这表明很大一部分恶性ITH程序甚至在肿瘤发生之前就是可变的，反映了其起源细胞的生物学特性。综上所述，我们已经组装了一个全面的泛癌单细胞RNA测序数据集，该数据集可以通过策展的癌细胞图谱网站获得，并利用该数据集对转录的ITH进行系统的表征。代码：https://github.com/tiroshlab/3ca。
2024-05-19 11:48:18
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原创 单细胞高分文章代码分享4 王凌华团队泛癌T细胞代码
在这里，我们展示了来自16种癌症类型的308,048个转录本的T细胞的单细胞图谱，揭示了以前未描述的T细胞状态和不同亚群的滤泡辅助T细胞、调节T细胞和增殖T细胞。在各种癌症类型的肿瘤微环境中，TSTR细胞都可被原位检测到，主要位于肿瘤床或周围肿瘤边缘的淋巴细胞聚集体或潜在的三级淋巴样结构中。我们还发现，免疫检查点阻断治疗后，肿瘤内的CD4/CD8+细胞中热休克基因的表达显著上调，特别是在无反应的肿瘤中，这表明TSTR细胞在免疫治疗抵抗中可能发挥作用。
2024-05-18 23:32:26
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原创 单细胞高分文章代码推荐3 单细胞胰腺癌
参考文献：Single cell transcriptomic analyses implicate an immunosuppressive tumor microenvironment in pancreatic cancer liver metastasis。上一篇单细胞高分文章代码一 张泽民老师T细胞泛癌文章代码忘记写地址了，补在这：https://zenodo.org/records/5461803。
2024-05-18 23:20:48
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原创 单细胞高分文章代码2 张泽民老师T细胞泛癌文章代码
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2024-05-08 00:57:00
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空空如也
空空如也
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