单细胞高分文章代码分享5 泛癌ITH (NMF分解)

于 2024-05-19 11:48:18 发布
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分类专栏： 单细胞代码 单细胞 文章标签： r语言
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文献来源 Hallmarks of transcriptional intratumour heterogeneity across a thousand tumours

每个肿瘤包含不同的细胞状态，这是肿瘤内异质性(ITH)的基础，而ITH是癌症治疗的核心挑战 。最近的几十项研究已经开始通过单细胞RNA测序来描述ITH，但每项研究通常只描述了一小部分肿瘤，并提供了转录ITH 的狭隘视角。在这里，我们对来自77项不同研究的数据进行整理、注释和整合，以揭示涵盖24种肿瘤类型的1,163个肿瘤样本中ITH的转录模式。在恶性细胞中，我们确定了41个共识的Meta程序，每个程序由数十个基因组成，这些基因在许多肿瘤的细胞亚群中协同上调。元程序涵盖了不同的细胞过程，包括通用的(例如，细胞周期和应激)和谱系特定的模式，我们将其映射到转录ITH的11个特征。大多数癌细胞的代谢程序与非恶性上皮细胞中发现的相似，这表明很大一部分恶性ITH程序甚至在肿瘤发生之前就是可变的，反映了其起源细胞的生物学特性。我们进一步将元程序分析扩展到六种常见的非恶性细胞类型，并利用这些类型来绘制肿瘤微环境中的细胞-细胞相互作用图。综上所述，我们已经组装了一个全面的泛癌单细胞RNA测序数据集，该数据集可以通过策展的癌细胞图谱网站获得，并利用该数据集对转录的ITH进行系统的表征。


代码包括单细胞NMF分解分群、TCGA相关分析

代码：https://github.com/tiroshlab/3ca

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生信百晓生
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