【python】spikeinterface安装步骤

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前言

spikeinterface集合了多种spike sorting的sorter，是一个强大的工具。本篇文章是根据spikeinterface官方文档的安装过程，存档方便下次重装环境，供大家参考。

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步骤

anaconda换源

清华源

1. anaconda base环境中创建.condarc文件，如已有直接下一步
   conda config --set show_channel_urls yes
2. 更改.condarc文件内容为以下：

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  deepmodeling: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/

spikeinterface安装

github地址

方法一：使用官方文档中的yml文件安装

按照spikeinterface官方github文档中installtion tips for beginner中readme.md的步骤安装，yml文件创建环境时，solving environment需要等上几分钟。

（更新）方法二：自行创建环境，pip安装

如果spikeinterface进行了版本更新，yml文件安装可能会出错，建议此时使用pip安装。

conda create -n si_env python=3.11
conda activate si_env
pip install spikeinterface[full,widgets]

optional: 安装spikeinterface-gui

github地址

conda acitvate si_env
pip install PySide6
pip install spikeinterface-gui

optional: 安装jupyter notebook

conda acitvate si_env
conda install jupyter 
pip install notebook 

windows系统中docker安装

环境：windows10/11

1. 在anaconda spikeinterface的环境中install docker包

conda activate si_env
pip install docker

2. 进入系统powershell命令行，安装wsl2。
   必须先安装或更新再下载docker desktop，随docker安装包下载的wsl不能正常运行。

wsl --install
wsl --update

安装或更新后

wsl --status

输出：
默认版本: 2

3. 前往docker网站下载docker-desktop for windows，下载设置按照默认
   安装完成后

wsl --status

输出：
默认分发: docker-desktop
默认版本: 2

4. 打开docker-desktop，skip掉登录，然后可以使用
5. 安装image
   进入命令行，下载需要用的image（例如使用spikeinterface文档中的kilosort3 sorter来验证）

docker pull spikeinterface/kilosort3-compiled-base

6. 下载后可以在docker的local库中看到image
7. .在anaconda spikeinterface的环境中（用si_env内核运行）使用如下code检测docker是否能正常使用

conda activate si_env
python testdocker.py

#testdocker.py
from spikeinterface.sorters import run_sorter
from spikeinterface.full import toy_example
test_recording, _ = toy_example(
    duration=30,
    seed=0,
    num_channels=64,
    num_segments=1
)
test_recording = test_recording.save(folder="test-docker-folder")

sorting = run_sorter(sorter_name='kilosort3', recording=test_recording,
                     output_folder="/tmp/kilosort3", docker_image=True)

print(sorting)

生成test-docker-folder，里面有模拟sort的信息，即完成