使用spikeinterface进行spike sorting

最新推荐文章于 2024-08-16 08:33:31 发布

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文章标签： python 算法神经网络

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_44526370/article/details/126404962

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SpikeInterface是一个Python框架，它统一了多种spike sorting技术。通过安装和导入所需模块，我们可以读取数据、定义电极配置、进行sorting，并使用可用的sorting方法。最后，提取waveform并检查结果。

摘要由CSDN通过智能技术生成

SpikeInterface是一个Python框架，旨在将现有的spike sorting技术统一到单个代码库中，具体可以参考《SpikeInterface, a unified framework for spike sorting》

使用spikeinterface之前我们需要安装，使用以下命令进行安装：

pip install spikeinterface
pip install probeinterface

本文将使用spikeinterface来测试一个简单的示例。

首先我们导入我们需要用到的模块：

import spikeinterface as si
import spikeinterface.extractors as se
import spikeinterface.toolkit as st
import spikeinterface.sorters as ss
import spikeinterface.comparison as sc
import spikeinterface.widgets as sw
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from pathlib import Path
import probeinterface as pi
from probeinterface.plotting import plot_probe
import spikeinterface.full as si

给定数据路径，并指定读取数据的参数