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RSS订阅原创 jupyter notebook配置-解决Anaconda虚拟环境中iRkernel连接失败的问题
iRkernel连接失败：做单细胞分析最常用的软件包就是R语言的Seurat了。Seurat要求R语言版本不低于4.0，但我的集群服务器上只有R 3.6.0，而且我没有管理员权限，无法直接升级服务器上R的版本。因此，我创建了一个R 4.1.1的Anaconda虚拟环境，并安装了jupyter notebook和jupyter iRkernel（安装方法参考这篇），希望从笔记本浏览器打开jupyter notebook编辑运行R。从本地成功连接服务器并打开jupyter notebook界面，已经可以创建
2021-12-17 12:39:13
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原创 单细胞数据整合-解决AnnData合并时ValueError: cannot reindex from a duplicate axis问题
项目场景：使用scanpy包进行单细胞数据分析时，往往需要整合多个样本的数据，也就是将多个AnnData对象合并为一个AnnData对象。例如将adata_1和adata_2合并为adatas，可行的一种方法是：import anndata as adadatas=[adata_1,adata_2]adatas = ad.concat(adatas, merge = "same")这样得到的adatas将adata_1和adata_2中的obs合并，且保留两个数据中相同的var_key(An
2021-12-07 17:20:55
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空空如也
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