iRkernel连接失败:
做单细胞分析最常用的软件包就是R语言的Seurat了。Seurat要求R语言版本不低于4.0,但我的集群服务器上只有R 3.6.0,而且我没有管理员权限,无法直接升级服务器上R的版本。因此,我创建了一个R 4.1.1的Anaconda虚拟环境,并安装了jupyter notebook和jupyter iRkernel(安装方法参考这篇),希望从笔记本浏览器打开jupyter notebook编辑运行R。
从本地成功连接服务器并打开jupyter notebook界面,已经可以创建R语言的notebook。
不幸的是,新创建的R notebook一直显示“内核正在启动,请等待”,稍后又显示“连接失败”,无法运行R语言。