单细胞数据整合-解决AnnData合并时ValueError: cannot reindex from a duplicate axis问题
项目场景:使用scanpy包进行单细胞数据分析时,往往需要整合多个样本的数据,也就是将多个AnnData对象合并为一个AnnData对象。例如将adata_1和adata_2合并为adatas,可行的一种方法是:import anndata as adadatas=[adata_1,adata_2]adatas = ad.concat(adatas, merge = "same")这样得到的adatas将adata_1和adata_2中的obs合并,且保留两个数据中相同的var_key(An
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2021-12-07 17:20:55 ·
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