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RSS订阅原创 RAxML下载与使用与ML建树原理
根据经验，使用一个核心/线程每500个DNA位点模式，如果有更少的，那么最好使用 sequential 版本。MPI用于跨计算机通信和协调分布式内存系统中的多个进程，而Pthreads则用于在单个计算机上创建并发执行的多个线程，而且MPI版的功能不完整。并不是线程越多，程序越快，因为等待输入解析和彼此通信的时间也会变多（Amdahl法则）。按CPU运行速度（x86架构的新旧）：标准版，SSE3，AVX和AVX2。按并行实现方式：单线程，MPI，Threads，MPI+Threads。），8核还是要快点。
2023-03-03 11:44:22
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原创 python之subprocess模块
当我们将stdin、stdout或stderr参数设置为PIPE对象时，子进程将自动创建一个新的管道，并将其绑定到相应的标准输入、标准输出或标准错误流。然后，父进程可以使用subprocess.communicate()函数或其他方法来向子进程发送数据并读取其输出。其中，第一个元素是子进程的标准输出，第二个元素是子进程的标准错误输出。Popen 对象支持与子进程的交互，并且可以使用 PIPE 对象进行标准输入、输出和错误流之间的通信。知识简单的执行命令，而不需要与父进程交互，子进程不需要长时间在后台运行。
2023-02-28 11:54:32
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原创 Biopython之下载
如果用handle.read()返回为#返回一个列表，列表元素为，其中只包含分子类型（如基因）但不包含基因名字。File "d:\python_workspace\建树\1获取与清理\demo.py", line 47, in record是一个字典，比较重要的键有‘count’，值为记录数目；eGQueryResult的值为一个列表，列表元素为字典，每个字典记录了一个数据库的搜索信息。
2023-02-11 23:08:05
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原创 Biopython之pairwise alignment
Alignments对象是一个迭代器对象，其中储存了所有可能的最佳比对结果，可以通过alignments[n]这种方式查看，这些比对结果都具有相同的比对分数alignments.score。#可以通过aligner.参数的方式设置比对参数。其中比对算法align.algorith根据参数设置，由程序自动选择，不能手动更改。
2023-02-11 10:48:09
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原创 R面向对象编程
S3类方法不包含在对象或类中，而是属于泛型函数（相当于一个函数族）。UseMethod创建泛型函数，包括两个参数，泛型函数名和对象。创建泛型函数后给其添加方法，格式为。通过函数创建类，实例化的S3对象只包含属性和一个指定其类的字符串，一个S3对象可以属于多个类。某个对象使用S3方法时，即搜索函数命->类名，如有即执行，以此事先面向对象。S3类类属性的引用使用$，S4类类属性的引用使用@。基于类层次结构：C++，JAVA。两种方式的逻辑有很大不同！
2023-02-07 15:39:46
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空空如也
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