Biopython之pairwise alignment

最新推荐文章于 2023-12-29 01:24:21 发布

kuroooko

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文章标签： python 开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/kuroooko/article/details/128980651

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文章介绍了如何在Python中使用Bio库的PairwiseAligner对象进行序列比对，包括全局和局部比对算法，并展示了如何设置比对参数和获取最佳比对结果。Alignments对象存储所有最佳比对，具有相同的比对分数。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1. 生成`PairwiseAligner对象`

from Bio import Align

aligner = Align.PairwiseAligner()
print(aligner.__repr__())#了解该对象的基本信息
print(aligner)#打印参数
#设置比对参数
...

输出结果：

Pairwise aligner, implementing the Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, Gotoh, and Waterman-Smith-Beyer global and local alignment algorithms
Pairwise sequence aligner with parameters

wildcard: None
match_score: 1.000000
mismatch_score: 0.000000
target_internal_open_gap_score: 0.000000
target_internal_extend_gap_score: 0.000000
target_left_open_gap_score: 0.000000
target_left_extend_gap_score: 0.000000
target_right_open_gap_score: 0.000000
target_right_extend_gap_score: 0.000000
query_internal_open_gap_score: 0.000000
query_internal_extend_gap_score: 0.000000
query_left_open_gap_score: 0.000000
query_left_extend_gap_score: 0.000000
query_right_open_gap_score: 0.000000
query_right_extend_gap_score: 0.000000
mode: global

可以通过aligner.参数的方式设置比对参数。其中比对算法align.algorith根据参数设置，由程序自动选择，不能手动更改。

2.生成Alignments对象

Alignments对象是一个迭代器对象，其中储存了所有可能的最佳比对结果，可以通过alignments[n]这种方式查看，这些比对结果都具有相同的比对分数alignments.score。

Alignments对象可以被重复遍历

from Bio import Align

seq_1 = "GAACT"
seq_2 = "GAT"
aligner = Align.PairwiseAligner()

#setting parameters
#
alignments = aligner.align(seq_1,seq_2)
print(alignments)
print(alignments.__dict__)
print(len(alignments))
print(alignments[0],alignments[1])

输出结果：

<Bio.Align.PairwiseAlignments object at 0x000001D2AA949DA0>#<对象名 object at 内存地址>
{'seqA': 'GAACT', 'seqB': 'GAT', 'score': 3.0, 'paths': <Path generator object at 0x000001D2AC004D68>, 'index': -1}
2
GAACT
||--|
GA--T
GAACT
|-|-|
G-A-T