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原创 Python CT图像预处理——nii格式读取、重采样、窗宽窗位设置

Python CT图像预处理

2022-06-21 16:52:49 17337 5

原创 Ubuntu创建新账户及配置已有CUDA、Conda等环境

如何创建Ubuntu新账户及配置已有的CUDA、Conda等环境

2022-06-21 13:17:30 1873 1

原创 Ubuntu 20.04深度学习开发环境配置CUDA+CUDNN+PyTorch

Ubuntu 20.04深度学习开发环境配置CUDA+CUDAN+Anaconda+PyTorch

2022-06-13 19:48:53 1930 2

原创 COCO数据集Keypoint标注格式梳理和使用COCO-Annotator在自有数据集上进行标注

这里写自定义目录标题COCO数据集Keypoint标注格式COCO数据集官网Keypoint Detection关键点检测COCO数据集Keypoint标注格式COCO数据集官网COCO全程是Common Object in COntext,是CV里很常用的一个数据集。COCO官网:https://cocodataset.org/#homeKeypoint Detection关键点检测...

2022-03-28 20:04:42 19664 10

原创 Linux系统crontab定时执行Shell脚本常用命令和踩坑记录

文章目录crontab定时执行Shell脚本打开cron的log功能踩坑记录加解决方案crontab是cron的配置文件,可将其成为作业列表。crontab定时执行Shell脚本常用指令:#省略-u username表表示操作当前用户的crontab -u username  #编辑工作表([-u username]可以缺省)   crontab -u username -e#列出工作表里的命令([-u username]可以缺省) crontab -u username -l#删除工作

2021-12-16 16:12:32 3747

原创 PyTorch1.8跑通CenterNet

文章目录环境安装拜读了Objects as Points这篇论文,也想应用在自己的项目中。论文地址:https://arxiv.org/abs/1904.07850官方代码:https://github.com/xingyizhou/CenterNet因为文章发表于2019年,当时原作者使用的PyTorch版本还是0.4.1,也就导致了现在用上了PyTorch1.x版本的朋友再编译和使用的时候有会踩到一些坑。主要问题出在src/lib/models/networks/DCNv2中文件的编译问题上。

2021-12-03 16:38:11 1833 1

原创 DLA:Deep Layer Aggregation论文和代码学习

文章目录论文学习Iterative Deep AggregationHierarchical Deep Aggregation网络结构![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/fb147ce654a845abb19414a581008bd3.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZHJvaWRzYW5zZmFsbGJhY2s,shadow_50,text_Q1NETiBA5qOu5bC85aup6LGG6IWQ,size_20,

2021-12-02 20:18:13 2418 2

原创 PyTorch模型转ONNX后再转TensorRT遇到的几个报错

这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题,有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能,丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Markdown编辑器你好! 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Mar

2021-10-11 13:38:20 7987

原创 python+opencv2快速找出一组点包围的区域中的所有点

文章目录使用场景概述方法介绍和代码分享使用场景概述假设你手头有一组点的坐标,你想找出这组坐标包围构成的多边形区域中的所有坐标点,即从边界生成分割掩模,也即cv2.findContours的反向操作。先说这个需求的出发点,假设有一个我们有以下如图所示的AI自动分割的结果,蓝色的边界线是根据分割的二值掩模使用cv2.findContours确定并显示出来的。直观的一种修改模式(非AI辅助的情况下),人手拖拽边界点即可扩大或缩小边界。方法介绍和代码分享由于边界包含了过多且密集的点,使得在后续判定修改的

2021-08-21 17:13:43 2918

原创 PyQt5实现UI自适应屏幕大小且可缩放

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2021-08-05 20:17:47 27787 5

原创 PyTorch模型训练梯度反向传播遇到的几个报错解决办法

文章目录相关代码报错1:RuntimeError: element 0 of tensors does not require grad and does not have a grad_fn报错2:IndexError: invalid index of a 0-dim tensor. Use `tensor.item()` in Python or `tensor.item()` in C++ to convert a 0-dim tensor to a number这篇是关于PyTorch模型训练时

2021-07-08 16:41:33 6925 2

原创 PyTorch模型转TensorRT

文章目录转换步骤概览环境参数PyTorch转ONNXONNX转TensorRT转换步骤概览准备好模型定义文件(.py文件)准备好训练完成的权重文件(.pth或.pth.tar)安装onnx和onnxruntime将训练好的模型转换为.onnx格式安装tensorRT环境参数ubuntu-18.04PyTorch-1.8.1onnx-1.9.0onnxruntime-1.7.2cuda-11.1cudnn-8.2.0TensorRT-7.2.3.4PyTorch转ONNX

2021-06-15 11:17:12 2596 7

原创 设置ssh转发远端visdom可视化到本地

文章目录在本地和远端安装visdom建立ssh连接远端启动visdom绘制本地启用visdom服务器在本地查看visdom绘制内容本文参考github链接,亲测可用。做一个记录。在本地和远端安装visdom首先,在本地和远端都先安装好visdom包。pip install visdom建立ssh连接在本地建立和远端的ssh链接(注意转发端口设置)ssh -N -f -L localhost:8097:localhost:8097 username@remotesystemip这样就将远端

2021-06-05 11:10:53 482

原创 Python调用FFmpeg,Pyinstaller打包exe运行时弹出CMD控制台黑框解决办法

文章目录问题描述抑制输出(静默运行)彻底抑制CMD黑框弹出问题描述Windows10平台PyInstaller打包exe用Python和PyQt写了一个小工具,其中其中应用ffmpy调用ffmpeg进行了RGB转YUV444,计算PSNR和SSIM。代码如下:RGB转YUV444def convertYUV444(img_path,H,W,output_path): size = '{}x{}'.format(W,H) ff = FFmpeg(inputs={img_path

2021-05-25 15:57:21 3738 4

原创 解决matplotlib导致内存泄漏问题

同样的深度学习模型在linux运行没有遇到内存泄漏的问题,迁移到Windows就出现了问题。报错信息为:numpy.core._exceptions.memoryerror unable to allocate查了一下GPU Memory使用量没有爆(爆也不是提示这个信息),使用率正常。开始查问题是不是出在CPU上。观察发现随着代码的运行时长增加,CPU内存占用在持续地缓缓地上涨,内存占满时,则报错程序停止。设置断点进行观察,发现深度学习模型部分并不会造成内存的增加,引起内存上升的部分存在于对模型输

2021-05-17 18:51:04 3640 6

原创 PMTrans:Pyramid Medical Transformer

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2021-05-13 20:09:42 556

原创 conda下载PyTorch速度慢:国内源,添加国内源和删源以及直接下载等操作

文章目录查看配置查看配置查看conda所有配置信息conda config --show

2021-05-06 16:13:47 3894

原创 python使用pytesseract实现图像OCR

python使用pytesseract识别图中的文字。以识别和提取下图为例。要实现对图中文字的自动识别和提取。

2021-04-30 15:36:26 1208 1

原创 ffmpeg配合python实现RGB到YUV444的转换

要通过python将RGB转成YUV444。文章目录安装ffmpeg安装ffmpy在pythong中使用ffmpeg实现RGB到YUV444的转换RGB到YUV的转换python读取YUV文件opencv提供了RGB转YUV的工具,如果不在乎是哪一种YUV采样方式,直接使用以下的方式即可:import cv2img = cv2.imread(img_path)img_YUV= cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2YUV)img_YCrCb = cv2.cvtColo

2021-04-09 15:57:53 2821

原创 PyInstaller打包exe可执行文件详细教程

文章目录PyInstallerPyInstaller安装pip安装pip升级PyInstaller使用如何让PyInstaller把额外的文件打包进来写本文的初衷是,自己在使用PyInstaller过程中踩了很多坑,花了很多时间搜了很多教程,最后才实现了打包的exe软件能够在自己以及其他人的Windows PC上都正常运行。代码是一个交互式的医学影像标注软件,GUI通过PyQt 5,深度学习算法基于PyTorch实现,调用了基于TensorFlow的crop_and_resize实现的一个外部包RoIA

2021-03-26 15:59:56 3153 9

原创 PyTorch预训练模型修改、增删特定层

文章目录PyTorch 官方模型库修改特定层增删特定层在构建深度学习网络的过程中,经常会遇到需要对预训练模型进行修改和增删特定层的操作。torchvision.models提供了丰富的模型满足不同任务的选择,因此在构建网络结构时,无需从头开始复现某个网络结构,只需在官方库的基础上进行修改即可。PyTorch 官方模型库pytorch提供的模型可以通过以下链接查询:https://pytorch.org/vision/stable/models.html,分为分类、分割、目标检测实例分割与关键点检测和

2021-03-15 15:54:11 13934 14

原创 LMANet论文学习笔记

文章目录论文笔记Local Memory Attention for Fast Video Semantic Segmentation,ETH Computer Vision Lab的一篇工作:论文地址: 点这里代码目前未放出,如有放出会及时在这里更新。这篇工作主要围绕着如何将现有的对静态图像的语义分割网络拓展到对视频的语义分割。对于我个人来说,是非常appealing的一个工作。论文笔记论文提出了一个simple and general简单且通用的模块,可用于几乎所有对静态图像的语义分割网络,

2021-03-04 16:47:19 343 1

原创 PyTorch模型参数初始化

文章目录PyTorch默认模型参数初始化总体来说,模型的初始化是为了让模型能够更快收敛,提高训练速度。当然,也算一个小trick,合理设置是能够提升模型的performance的,当然这就有点炼丹了。先说明一下,非特殊情况,其实大可不必太关注模型参数初始化。PyTorch默认会进行初始化,如Conv2d,BatchNorm2d和Linear。当然如果有特殊考虑,恰当的初始化是能够给模型Performance有加成的。下面介绍一下PyTorch默认的参数初始化,可以选用的初始化方法以及对整个模型如何进行参

2021-03-03 16:18:51 2508

原创 CMSA-Net论文和代码笔记

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2021-03-02 15:53:43 1090 2

原创 使用pydicom将图片存为DICOM文件

文章目录DICOM标准图片转存为DICOM文件示例因为项目需要,需要将图片转存为DICOM格式。在网上没有找到特别好的示例,pydicom的也不是非常全面。DICOM标准在网上找到一个较为详细的DICOM标准相关资料网页。包含DICOM标准、字段解释等很详细的信息。大家可以根据目录找自己感兴趣的信息相关字段的查询表可以快速找到字段定义、含义和值的合理设定。图片转存为DICOM文件示例一下为我自己试验过,可以成功完成图片转存,且转存出的DICOM文件可以通过MicroDicom正常打开预览、p

2021-02-23 15:39:41 3280 4

原创 Pytorch Gradient Checkpoint使用示例

文章目录gradient checkpointgradient checkpoint使用示例GPU使用情况监控训练深度学习模型过程中,经常会遇到CUDA error: out of memory(OOM)的问题。有一些简单粗暴但不elegent的解决办法:减小Batch Size, e.g 32 →\rightarrow→ 16减小输入的大小,e.g.332 ×\times× 332 ×\times× 3 →\rightarrow→ 224 ×\times× 224 ×\times× 3换一块显存

2021-02-03 17:46:37 7883 1

原创 PyTorch获取模型参数和warm-up

文章目录PyTorch 获取模型参数PyTorch 获取模型参数计算模型所有参数量:total_params = sum(p.numel() for p in model.parameters())print(f'{total_params:,} total parameters.')计算trainable参数量:total_trainable_params = sum(p.numel() for p in model.parameters() if p.requires_grad)prin

2021-01-28 11:08:39 3141

原创 DANet中的Position和Channel Attention Module个人经验整理

文章目录DANet中的Position Attention ModuleDAN中的Channel Attetnion Modulenn.Softmax(dim=-1)的理解torch.bmm的理解工作参考借鉴了Dual Attention Network for Scene Segmentation中的Position Attention Module(PAM)空间位置注意力模块和Channel Attention Module(CAM)通道注意力模块。arXiv:https://arxiv.org/a

2021-01-26 16:51:49 4232 12

原创 CV论文Ablation Study表格Latex实用工具

文章目录Latex插入表格自动缩放表格使表格不超出页面范围表格单元换行的实现在单元格中插入打勾和打叉设置文字颜色基于自己经验,在CV论文Ablation Study Quantitative Comparison中常用到一下Latex的一些功能,特整理如下。Latex插入表格latex插入表格可通过以下代码实现\begin{table}[htbp] \centering \caption{Ablation Study} \label{ablation} \begin{tabular}{|c|

2021-01-25 20:02:24 1722

PyQt5实现UI界面及内部控件自适应屏幕大小显示

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2021-08-05

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