《 借助机器学习设计和筛选合成细胞中新兴蛋白质功能》

背景：

机器学习（ML）的应用为计算蛋白质设计领域带来了惊人的进步，使得针对工业和生物医药应用的蛋白质定向工程设计成为可能。

然而，为细胞核心相关的新兴功能设计蛋白质，比如能够在时空上自组织并因此构建细胞空间的能力，仍然极具挑战。
虽然在生成方面，条件生成模型和多状态设计正在兴起，但对于新兴功能而言，无论是计算上还是实验上，都缺乏专门为蛋白质设计项目所需的筛选方法

一、minDE系统

minDE是一种来自枯草杆菌的ATP依赖的解旋酶，属于Min系统的一部分。

Min系统在细菌中负责定位细胞分裂的位置，以确保细胞分裂的精确性。

Min系统包括MinC、MinD和MinE三个蛋白，它们共同作用以抑制细胞分裂蛋白FtsZ在细胞两极的形成，从而确保细胞分裂发生在细胞的中心位置。

MinD是一种ATP酶，它与MinC结合形成MinCD复合物，该复合物在细胞膜上扩散，并在ATP水解的作用下周期性地结合和解离。MinE则通过结合到MinCD复合物上，刺激MinD的ATP水解活性，导致MinCD复合物的解离。这个过程在细胞两极之间形成波动，从而抑制FtsZ在这些区域的聚集。

二、self-organization assay（自组织测定）

self-organization assay（自组织测定）是一种实验方法，用于研究分子或细胞如何在没有外部指导的情况下自主组织成有序的结构或模式。这种测定通常涉及将细胞或分子放置在一个简单的环境中，观察它们如何相互作用并自发地形成复杂的组织结构。

在生物学研究中，自组织测定常用于研究细胞外基质（ECM）蛋白、细胞骨架组件以及其他生物分子如何相互作用来形成组织和器官的复杂结构。这些测定有助于揭示细胞和组织形态发生的内在机制，以及这些机制如何在发育过程和疾病状态中受到调控。

在材料科学和化学领域，自组织测定也被用来研究分子如何自组装成纳米级结构，这对于设计和制造新材料以及理解分子间相互作用具有重要意义。

总之，self-organization assay是一种研究分子或细胞自主组织行为的实验方法，有助于深入了解生物系统的复杂性和动态性。

三、Cell-free expression（无细胞表达）

Cell-free expression，即无细胞表达，是一种在细胞外进行蛋白质合成的方法。这种方法利用细胞裂解液或重组表达的元件，如核糖体、tRNA、氨酰tRNA合成酶等，模拟细胞内的蛋白质合成环境。无细胞表达系统具有操作简便、成本低廉、反应快速等优点，广泛应用于蛋白质表达、功能研究、抗体生产等领域。

无细胞表达系统可以分为两类：一类是基于细胞裂解液的无细胞表达系统，另一类是基于重组元件的无细胞表达系统。前者利用细胞裂解液中的蛋白质合成元件进行表达，后者则利用重组表达的元件进行表达。

无细胞表达系统的优点：

1. 操作简便：无需培养细胞，简化了实验操作过程。
2. 成本低廉：不需要购买昂贵的细胞株和培养基，降低了实验成本。

四、Gene substitution（基因替代）

Gene substitution指的是基因替代，即一个基因被另一个基因替换的过程。在遗传学中，这通常涉及到等位基因之间的替换，这种替换可能会导致不同的表型或性状。

五、Phenotype screening

Phenotype screening是一种基于特定环境下，针对疾病的表观表现进行药物筛选的方法。在表型药物筛选中，具有活性的化合物通过不可知（不知道靶点，不知道作用机理）的途径激活“生理相关”的生物系统或细胞信号通路，这有助于发现新的信号通路以及分子机制和药物靶点，扩展可药用靶点/信号机制。

表型药物筛选具有以下优势：扩大“可药用”目标空间，通过观察药物对机体表型的改变，有助于发现新的信号通路以及分子机制和药物靶点，扩展可药用靶点/信号机制。一个典型的例子是以抑制HCV复制为原理的NS5A的调节剂daclatasvir，它是利用HCV复制子表型筛选发现的，而NS5A没有已知的酶活性，难以作为药物结合的靶点，然而表型药物筛选可以绕过这种限制。

总之，表型药物筛选是一种在特定环境下针对疾病表观表现进行药物筛选的方法，具有扩大可药用目标空间的优势，有助于发现新的信号通路和药物靶点。

六、时空上自组织并因此构建细胞空间的能力

这里提到的“在时空上自组织并因此构建细胞空间的能力”是指蛋白质能够以一种复杂的方式自我组织和动态变化，从而在细胞内部构建和调节空间结构。这种能力对于细胞内部的许多大型过程至关重要，例如细胞迁移或分裂。

具体到文档中提到的MinDE系统，这是一种在大肠杆菌中发现的蛋白质系统，其中MinD和MinE蛋白通过ATP驱动的反应-扩散动力学，在细胞膜上产生集中的蛋白质振荡，帮助确定细胞分裂的位置。这种振荡可以在体外封闭的脂质环境中重建，并且依赖于蛋白质、脂质和ATP之间的复杂相互作用。因此，MinDE系统被用作研究具有更高阶功能的生物系统的模型。