生信入门操作
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不断进步的咕咕怪
烂笔头
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macs2的参数和使用
MACS2 是 ChIP-seq 数据分析的标准工具,能够帮助你快速识别基因组中的富集区域(peaks)。根据不同的实验类型(如窄峰、宽峰或无对照实验),你可以灵活调整参数。原创 2024-09-26 09:35:53 · 747 阅读 · 0 评论 -
Chip-seq数据分析处理流程
以上步骤详细展示了如何处理的 ChIP-seq 数据,使用hg38参考基因组进行比对、峰值调用,以及对富集区域进行基序分析。该段描述了实验的整个过程,从样品制备、免疫沉淀到 DNA 纯化和测序库构建。接着介绍了如何使用Bowtie将测序数据比对到参考基因组,如何通过MACS2调用 G4 的富集区域(峰值),以及使用MEME-ChIP进行基序分析。这些步骤有助于识别基因组中可能形成 G-四链体结构的区域,并分析其功能。原创 2024-09-26 09:35:50 · 793 阅读 · 0 评论 -
生信操作文件类型
在整个操作流程中,你会接触到多个文件类型,从原始的测序数据(SRA、FASTQ)到比对文件(SAM、BAM),以及用于可视化的覆盖度文件(bedGraph、BigWig)。通过这些文件类型的协作,能够完成从数据比对到最终基因组浏览器可视化的完整过程。原创 2024-09-12 23:15:01 · 610 阅读 · 0 评论 -
比对生成view
通过以下步骤,你可以从 SRA 数据集中提取与NOP56使用prefetch和下载和转换 SRA 数据。使用 BWA 或 Bowtie2 将序列比对到人类参考基因组。使用samtools提取NOP56基因对应的染色体区域数据。使用 IGV 等工具进一步分析提取的 BAM 文件。原创 2024-09-12 09:21:57 · 474 阅读 · 0 评论 -
手动下载工具后设环境变量(ubuntu)
临时修改环境变量可以使用,仅对当前会话有效。永久添加到PATH可以通过编辑 .bashrc文件,使 BLAST 在每次启动终端时都能自动加载。验证安装是否成功可以通过运行确认。原创 2024-09-10 10:25:54 · 425 阅读 · 0 评论 -
处理sra数据
SRA Toolkit是ncbi下载.sra文件和转换.fastq文件的极好工具。原创 2024-09-09 09:46:19 · 337 阅读 · 0 评论