【医疗大模型】AI for Biomedicine in the Era of Large Language Models

总体概要

本文深入探讨了大型语言模型（LLMs）在生物医学领域的应用，特别是在文本数据、生物序列和脑信号处理中的潜力与挑战。文章通过介绍多种专门针对生物医学数据的LLMs，如SciBERT、ClinicalBERT、BioBERT等，展示了这些模型在提高基因表达预测、蛋白质结构预测、疾病爆发预测等方面的能力。同时，文章也指出了在确保模型可靠性、实现个性化以及适应多模态数据表示等方面的挑战。核心思想是强调LLMs在推动生物医学知识发现方面的重要性，并鼓励理论研究者和实践者探索其在实际科学应用中的潜力。

核心要点

1. AI在生物医学领域的广泛应用：

   • AI技术已渗透到生物医学的多个层面，从量子系统的偏微分方程求解到分子层面的化学和蛋白质结构预测，再到社会层面的传染病爆发预测。

2. 大型语言模型（LLMs）的兴起：

   • 以ChatGPT为代表的LLMs在自然语言处理任务中展现了卓越能力，引发了其在生物医学领域应用的探讨。

3. LLMs在生物医学数据中的应用：

   • 文章探讨了LLMs在三种关键生物医学数据类型上的应用：文本数据、生物序列数据和脑信号数据。

4. 文本数据的应用：

   • 介绍了多种专为生物医学文本数据设计的LLMs，如SciBERT、ClinicalBERT、BioBERT等，它们在生物医学信息提取和问答等任务中表现出色。

5. 生物序列数据的应用：

   • 讨论了LLMs在DNA、RNA和蛋白质序列分析中的应用，如Enformer、DNABERT等模型，它们在基因表达预测和结构预测等方面取得了显著成果。

6. 脑信号数据的应用：

   • 探索了LLMs在脑电信号（EEG）分析中的潜力，如BrainBERT、MMM等模型，它们在脑信号解码和脑机接口等领域展现出前景。

7. 挑战与未来方向：

   • 文章指出了LLMs在生物医学研究中面临的挑战，包括确保模型的可信度、个性化适应性以及处理多模态数据的能力，并提出了未来的研究方向。

段落概要

Introduction

本文介绍了在大型语言模型（LLMs）如ChatGPT的推动下，人工智能在生物医学领域的广泛应用前景。文章探讨了LLMs如何处理和分析生物医学数据，包括文本数据、生物序列和脑信号，并强调了在确保可信度、实现个性化和适应多模态数据表示方面所面临的挑战。通过深入分析这三个关键领域，文章旨在揭示LLMs在推动生物医学知识发现方面的潜力和挑战。

LLMs on Diverse Biomedical Data

文章中“2 LLMs on Diverse Biomedical Data”部分深入探讨了大型语言模型（LLMs）在多样化生物医学数据中的应用，涵盖了三个关键领域：文本数据、生物序列和脑信号。在文本数据方面，介绍了如SciBERT、ClinicalBERT等模型，它们在生物医学文献和电子健康记录处理中展现出卓越性能，推动了信息提取和问答等任务的发展。生物序列领域，LLMs如Enformer、DNABERT等在DNA、RNA和蛋白质序列分析中取得突破，有助于基因表达预测、结构预测和功能注释。脑信号方面，BrainBERT、MMM等模型在脑电信号处理中展现了潜力，支持脑-计算机接口和脑信号到文本的转换。这些进展不仅提升了生物医学研究的深度和广度，也揭示了LLMs在个性化医疗、多模态数据融合等方面的巨大潜力和未来挑战。

Conclusions and Future Directions

文章的“3 Conclusions and Future Directions”部分总结了大型语言模型在生物医学领域的应用，特别是在文本数据、生物序列和脑信号处理方面的进展。文章强调了这些模型在提高生物医学研究和医疗诊断效率方面的潜力，同时也指出了未来面临的挑战，包括确保AI辅助的生物医学洞察的可靠性、信任度，模型的可解释性和鲁棒性，以及如何处理模型对不同人群的偏见和数据隐私问题。此外，文章提出了个性化大型语言模型（LLMs）的需求，以适应个体差异，如不同人在相同情境下对同一词语的脑信号差异。最后，文章探讨了如何有效整合多模态和多组学数据，以构建一个强大的统一LLM，如Google的Med-PaLM-2所展示的，它能够集成图像、文本和基因组数据，提供专家级别的医疗问题回答能力。文章鼓励理论研究者和实践者关注这些实际应用，以推动LLMs在科学领域的进一步发展。