Python：数值区间处理（py-part）

问题描述1

存在多个不连续的数值区间，如 [1,10] 、[20,50] 、[100,200] … ，此时该如何高效判断一个数值在这些区间内？

问题描述2

生物学数据分析中，有时需要判断 SNPs 是否在 ChIPseq 或 ATACseq 的 peak 区域内，并删除掉不在这些区域内的 SNPs。在这些需求中， peak 区间的数量可能达到数万之多，如何仅用一次循环就能达到目的？

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安装 py-part 包

pip install py-part

py-part 使用方法

from part import Interval

（1） 生成左闭右开的单个整数区间

interval = Interval[int](lower_value=10, upper_value=20)
print(interval)

# [10;20)

bool_ = 12 in interval
print(bool_)

# True

（2） 默认情况下，生成的区间为左闭右开，可以通过 upper_closed 和 lower_closed 进行设置。如下，生成左开右闭的区间。

interval = Interval[int](lower_value=10, upper_value=20, upper_closed=True, lower_closed=False)
print(interval)

# (10;20]

（3） 生成字符区间

interval = Interval[str](lower_value="abc", upper_value="def", upper_closed=True)

# ['abc';'def']

（4） 两个区间是否存在交集判断

a = Interval[int](lower_value=10, upper_value=20)
b = Interval[int](lower_value=15, upper_value=30)

# 判断a与b区间是否存在交集
a.overlaps(b)

# True

（5） 判断两个区间是否具有相同的起点或终点

a = Interval[int](lower_value=10, upper_value=20)
b = Interval[int](lower_value=15, upper_value=30)

# 判断a与b区间的起点是否相同
a.starts(b)

# False

# 判断a与b区间的终点是否相同
a.finishes(b)

# False

（6） 利用 FrozenIntervalSet 构造多个区间

from part import FrozenIntervalSet

每个区间用一个元组表示，所有区间通过列表传递给 FrozenIntervalSet 函数。例如：

a = FrozenIntervalSet[int]([2, (6, 7), (8, 9, None), (10, 11, True, True)])

print(a)
# [2;2] | [6;7) | (8;9) | [10;11]

其它方法参照官方文档