FLASH 模拟程序学习笔记（1）

FLASH 简介

！！！ 这个不是大家熟知的动画flash哈～～

FLASH是一个芝加哥大学开发的高性能辐射流体模拟程序，用来模拟等离子体中发生的物理过程。可以在FLASH的主页去申请。申请时需要填写下自己的研究背景，以获得代码的许可。这个程序是用Fortran语言开发的，但是具有良好的数据结构，进行大型的模拟计算还是非常容易入手的。使用FLASH请致谢：

The software used in this work was in part developed by the DOE NNSA-ASC OASCR Flash Center at the University of Chicago.

FLASH提供了非常详细的说明文档，以及许多例子程序：

• 说明文档: ihsbabc@126.com
• HEDP模拟
• 流体/磁流体模拟

FLASH的计算能力包括（从FLASH主页上翻译过来的）:

• 物理求解器：

  • 流体力学
  • 磁流体力学
  • 状态方程
  • 辐射转移
  • 扩散和热传导
  • 激光能量沉积
  • 不透明度
  • 粒子处理
  • 核烧蚀
  • 引力
  • 宇宙学
  • 磁阻/电阻
  • 原初化学

• 基本结构:

  • Driver:
    – Split
    – Unsplit
  • Grid:
    – Uniform Grid（均匀网格）
    – AMR(自适应网格，PARAMESH）
    – AMR（Chombo)
  • GridParticles:
    – 拉格朗日框架
  • GridSolvers:
    – MultiGrid
    – Multipole
    – Barnes-Hut Tree
    – PFFT
    – Direct Solvers for Uniform Grid
  • IO:
    – HDF5
    – PnetCDF
  • MultiSpecies
  • RuntimeParameters
  • Monitor:
    – Hooks for TAU
    – MPI定时器

FLASH的安装

安装系统要求：

最基本的当然需要一个linux计算机（具有多核的服务器最好啦）：

• F90（Fortran 90）编译器（如GNU的gfortran）
• C编译器 （如GNU的gcc，Intel的icc等）
• MPI库（openmpi或者MPICH）
• HDF5（如果要使用FLASH并行IO的能力）
• NetCDF库（并行IO需要）
• chombo库（AMR网格计算需要，安装可参考网址）
• HYPRE库（扩散求解器需要，安装可参考网址)
• IDL语言(ITT Visual Information Solutions，可选，分析结果时可以用FLASH提供的IDL工具fidlr3.0)
• GNU make编译工具gmake
• Python语言（方便进行结果分析）

安装及测试：

FLASH在所有需要的库装上后，就可以直接编译运行。具体步骤如下：
- 从FLASH官网获得程序（FLASHX.Y.tar，X.Y为版本号，如4.2）

tar -xvf FLASHX.Y.tar

• 安装上述需要的库（最好都装上）
• 进入解压的文件夹FLASHX.Y，设置安装的库的路径，位置如下：

cd sites/Prototypes/Linux
vim Makefile.h

修改MPI_PATH, HYPRE_PATH, ZLIB_PATH, NCMPI_PATH等。
如果操作系统为其他，则选择相应的sites下的操作系统的Makefile.h。也可以定制自己的系统的配置文件，参考用户说明手册

• 返回FLASH程序的主目录，运行（python脚本setup所在的目录）：

./setup Sedov -auto

如果没有安装HDF5库，可以使用下列命令，无输出测试：

./setup Sedov -auto +noio

• 此命令会生成一个object文件夹，进入次文件夹，编译：

cd object
make （如果有多核，为加快编译速度，可以使用make -j 10）

• 正常情况下，程序应该能够正常执行了, 使用如下命令执行：

mpirun -np 8 flashX

X代表版本号X.Y中的X，如版本号为4.2，则X为4.

有的并行计算机如集群采用一些集群管理软件，如pbs，可以按相应的方法进行提交。对于一些集群，执行命令可能类似于下列命令：

mpiexec.hydra -n 8 -f nodesfile flashX

• 正常情况下，可能输出下列结果：

  • sedov.log: log文件，记录运行时参数，如运行时间，编译时间等
  • sedov.dat: 积分物理量随时间的值，如总质量、总能量、总角动量等
  • sedov_hdf5_chk_000*：每隔一定时间记录一次的断点文件，可以用来进行重新计算。
  • sedov_hdf5_plt_000*：一些关键物理量如温度、密度、压强等的信息，用来进行可视化分析

  到此，如果这些输出都正常了，说明FLASH基本就装成功了。

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